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À l’échelle de la Bretagne et avec 359 espèces (153 pour la flore et 206 pour la faune) dont 138 espèces déterminantes, la diversité spécifique de ce secteur morbihannais est correcte mais pas exceptionnelle, au regard de d’autres secteurs bretons (les Glénan : 531 espèces, les Sept-Îles : 473 espèces, Rade de Brest - Proche Iroise : 405 espèces). Il en est de même pour la diversité biocénotique avec 28 faciès dont 10 rares.
À Houat-Hoëdic, la faune est représentée par une majorité de filtreurs, et c’est au Grand Coin que la proportion est la plus importante (79% de la faune totale).
Ce sont les Spongiaires qui présentent la plus grande diversité spécifique dans 7 des 8 sites (9 espèces à Er Pondeux, 35 au Grand Coin, 12 à l’Île Séniz, 13 à l’Île aux Chevaux, 29 à La Vieille, 17 à Groguéguez, 13 à La Chèvre et seulement 2 à Roc’h Melen).
