Liste hiérarchisée et descriptifs des habitats des Cahiers d'habitats

L’habitat correspond à des cours d’eau assez courts, généralement assez pentus. Ils présentent un régime typiquement méditerranéen asséchant (oueds), avec des crues brutales très irrégulières, mais parfois fréquentes (crues cévenoles), entraînant des phénomènes importants d’érosion. On les trouve depuis l’étage méditerranéen montagnard jusqu’à l'étage thermoméditerranéen. Ce sont soit des têtes amont de bassin versant, soit, en milieu karstique ou calcaire fracturé, des cours médians soumis à des pertes conséquentes.
Les tronçons de rivière très asséchants sont généralement caractérisés par d’importants bancs de galets ou une granulométrie grossière. L’habitat semble exister également en canaux et fossés, sur les plaines littorales notamment, la granulométrie y est généralement plus fine.
Du point de vue édaphique, il est présent sur roches acides (Maures) mais aussi dans les Cévennes, sur calcaires (alentours de Montpellier, Marseille), sur substrats mêlés (poudingues du Var) ou sur systèmes alluviaux (Roussillon, une partie du Languedoc, littoral Corse).
Les eaux sont de trophie variable. Les variations de température sont en général importantes, avec une forte augmentation estivale.

La flore et les groupements représentés dans ces milieux et leurs facteurs de distribution sont mal connus, si bien que les informations présentées nécessitent encore des validations tant floristiques que phytosociologiques.
Les facteurs de variation majeurs sont :

La durée de l’assèchement et sa précocité :
Par définition, ces milieux s’assèchent régulièrement. Deux phases doivent donc être distinguées : la phase en eau et la phase d’assec. La durée respective de ces deux phases détermine les possibilités respectives de colonisation par les macrophytes aquatiques ou bien par les espèces ripicoles ou les accomodats d’émersion des macrophytes.

L’éclairement :
Dans les milieux éclairés, le développement des phanérogames et des algues est important.
Dans les milieux ombragés, les bryophytes sont plus abondantes.

La profondeur et les vitesses d’écoulement :
Profondeur et vitesse caractérisent le régime hydrologique dans un tronçon donné. Ils déterminent les successions de faciès d’écoulement, qui sont diversement colonisés par les végétaux aquatiques lors de la période en eau et par les végétaux pionniers terrestres ou les formes de résistance terrestres des macrophytes lors de la phase d’assec.
La profondeur détermine la structure de la végétation, avec un plus fort développement des plantes aquatiques en milieu moyennement profond.
La vitesse de courant s’exprime en terme de vitesse moyenne à une période hydrologique donnée, mais aussi en terme de capacité d’érosion et d’arrachage des macrophytes lors des crues.

La minéralisation et le pH :
Eaux calcaires : characées, Renoncule à feuilles chevelues, Berle à larges feuilles (Sium latifolium).
Eaux acides : abondance de bryophytes.

La trophie des eaux (et leur réchauffement) :
Eaux oligotrophes : bryophytes.
Eaux eutrophes : Leptodictyum riparium, Vallisneria spiralis, Callitriche platycarpa, Cladophora sp., avec de forts développements algaux.

En petites rivières, l’alternance des faciès d’écoulement se traduit par de fortes différences de végétalisation entre, d’une part, les vasques et, d’autre part, les radiers ou les plats courants.
En canaux asséchants, les macrophytes submergés et flottants forment des tapis denses lorsque les hélophytes ne sont pas trop envahissants, avec parfois beaucoup de Vallisnérie.
Quatre strates végétales principales peuvent coexister, elles sont pleinement développées dans les vasques :
- une strate submergée constituée de bryophytes, de Renoncules ou de Callitriches, mais aussi parfois de characées et d’Élodées, ainsi que des formes submergées d’amphiphytes ;
- une strate épiphytique avec des Cladophores et des Spirogyres ;
- une strate flottante constituée des feuilles de Callitriches et surtout de Lentilles d’eau ;
- une strate au-dessus de l’eau constituée des feuilles émergées d’alismatides dont le Plantain d’eau, mais surtout des espèces des parvo-roselières, Cresson, Ache, Glycérie flottante.
Les espèces des groupements pionniers colonisateurs des zones asséchées du Paspalo-Agrostion et des hélophytes des berges peuvent aussi caractériser temporairement le lit. Ces communautés du Paspalo-Agrostion sont probablement assez rares et fragmentaires en bordure des cours d’eau montagnards, car caractéristiques de dépôts limoneux enrichis en azote ; elles sont certainement plus fréquentes en bordure de fossés. Par ailleurs, des éléments du Bidention tripartitae et du Chenopodion rubri peuvent être assez abondants localement.

Les milieux et communautés sont assez faciles à distinguer en période d’assèchement (lit marqué, végétation éparse, avec des formes d’émersion de macrophytes et des colonisations éparses d’espèces ripicoles ou centripètes des hélophytes ripicoles).
Ce sont les cours d’eau en période non asséchée qui peuvent être confondus avec des systèmes n’ayant pas un régime typiquement méditerranéen asséchant (pour la végétation, se reporter alors aux habitats 3260-1, 3260-2, 3260-3, 3260-4 ou 3260-6 qui sont caractérisés par une permanence du débit, et, le plus souvent, par un régime moins irrégulier que celui des cours d’eau méditerranéens).
La distinction de cet habitat amont (habitat 3290-1) de celui de l’aval (habitat 3190-2) correspond aux critères suivants : l’essentiel des hydrophytes appartient au Ranunculion aquatilis, avec une dominance des Renoncules et Callitriches et petites espèces de Potamots ou de Zannichellie ; il est riche en bryophytes pour les rivières acides ; il ne possède pas les grands Potamots pectiné ou noueux (Potamogeton pectinatus, P. nodosus), ni des nymphaéides ou le Potamot nageant (Potamogeton natans).

Spontanée :
Une dynamique saisonnière importante est notable, associée aux cycles hydrologique et thermique, avec de très fortes variations hydrologiques pour les fossés et les secteurs les moins profonds qui s’assèchent en étiage, alors que les vasques encore en eau voient des proliférations algales importantes se développer.
L’évolution naturelle de ces milieux peu profonds est l’envahissement par les hélophytes et la végétation hygrophile des berges, les fortes crues pouvant arracher une partie des hélophytes qui ont pu coloniser le lit mineur.
On peut donc distinguer deux phases : une phase en eau et une phase en assec.
- Phase en eau
S’ils s’assèchent seulement en été, on aura une végétation aquatique printanière annuelle, voire des macrophytes pérennes, comme les bryophytes qui, par le phénomène de reviviscence peuvent supporter plusieurs mois d’émersion.
S’ils s’assèchent très précocement, ce sont surtout des algues macrophytes qui dominent dans ces milieux.
- Phase d’assec (dans le lit mineur)
Dans les milieux les plus typiquement méditerranéens, en fonction de la durée de l’assec, il y aura colonisation par les espèces du Paspalo distichi-Agrostion verticillatae.
Dans les secteurs méditerranéens montagnards, les hélophytes des berges (communautés du Phragmition communis, du Phalaridion arundinaceae, de l'Apion nodiflori…) colonisent le lit par multiplication végétative : Roseau commun (Phragmites communis), Massettes (Typha latifolia, T. angustifolia, T. domingensis), Rubanier dressé (Sparganium erectum), Cresson de fontaine (Nasturtium officinale), Baldingéra faux-roseau (Phalaris arundinacea)…
Dans les fossés thermoméditerranéens, une colonisation par l'Holoschoenus commun (Scirpoides holoschoenus) et la Canne de Provence (Arundo donax) est possible, surtout lorsque les cours d’eau restent asséchés plusieurs années consécutives.

Liée aux activités humaines :
L’entretien physique du milieu concerne surtout les canaux et les petites rivières de plaine, et consiste le plus souvent en un curage et un enlèvement des hélophytes. Des dynamiques de recolonisation végétale s’effectuent, mais sont assez mal connues pour les cours d’eau concernés. Des comparaisons pourraient être effectuées avec les données du réseau hydrographique de Camargue.
Les pompages accélèrent la colonisation du lit par les hélophytes et les plantes de berges : Baldingéra, Rubanier dressé, Agrostide stolonifère (Agrostis stolonifera), Holoschoenus.

Groupements à Glaucière jaune (Glaucium flavum, UE 3250).
Pelouses à Sérapias (Serapion, habitat 3120-1).
Communautés de l'Isoetion durieui (habitat 3170*-1) et du Preslion cervinae (habitat 3170*-2).
Formations à tufs (UE 7220*).
Fourrés à Laurier-rose (Nerium oleander, UE 92D0) et groupements à Arundo donax.
Végétation ripicole des canaux (hélophytes) ; groupements à Scirpoides holoschoenus.
Forêts riveraines des Populetea albae (UE 3280 et UE 92A0).
Saulaies à Saule pourpre (Salix purpurea, habitat 3280-2).
Saulaies à Saule drapé (Salix elaeagnos, habitat 3240-2).

L'habitat est développé dans le sud-est de la France, mais aussi sur le pourtour ouest-méditerranéen, ainsi qu’en Corse, où il serait important.

Espèce intéressante : Marchesinia mackaii (hépatique).

États à privilégier :
Tous les états trophiques de la phase aquatique peuvent correspondre à ces habitats, mais compte tenu de la rareté de l’habitat et de sa sensibilité aux altérations anthropiques, ils sont tous à prendre en considération. Les états les plus oligotrophes sont a priori à privilégier, car témoignant d’une bonne qualité d’eau.

Tendances évolutives :
Compte tenu du caractère asséchant de ces milieux (allant jusqu’aux vallons secs ou vallons obscurs vers l’amont), la tendance évolutive est le comblement avec une disparition de l’habitat aquatique. Toutefois, en fonction des cycles et perturbations hydrologiques, il y a reconstitution naturelle de l’habitat.
La « bonne santé de l’habitat » correspond à des systèmes plutôt oligotrophes, avec un rythme annuel de mise en eau-assèchement.

Menaces potentielles :
Comblement par l’homme ou busage.
Disparition de l’habitat due à une hypertrophisation, notamment près des reposoirs (zones de parcours) ou dans les plaines littorales (cultures) ou à l’aval d’agglomérations où l’essentiel du débit peut être assuré par les eaux usées ou les rejets de la station d’épuration ; dans ce cas, un comblement accéléré par les hélophytes ou un busage sont à craindre.
Milieux souvent utilisés comme dépotoirs.
Embroussaillement (consécutif à l’abandon dans des zones peu accessibles, il conduit à la disparition des communautés aquatiques).
Entretien avec des herbicides.
Captages d’eau et pompages.
Artificialisation pour la lutte contre les crues (endiguement, seuils, travaux éventuels de génie civil).
Prélèvements de granulats dans le lit majeur (et parfois encore dans le lit mineur).
Dégradation par piétinement du bétail et par ses déjections. Tourisme (VTT).

Nulles.

Ces milieux très asséchants sont extrêmement mal connus en France, hormis les « vallons obscurs » autour de Nice.
Des études de répartition et de fonctionnement hydrologique de l’habitat sont à entreprendre d’urgence : il s’agit probablement de l’habitat humide le plus mal connu, bien qu’il représente des linéaires probablement assez importants.
Des inventaires floristiques et faunistiques précis de ces têtes de bassins sont à réaliser d’urgence, incluant non seulement le lit sensu stricto, mais aussi la zone supra-aquatique (de battement des eaux et de suintements), ceci d’autant plus que les pressions anthropiques sont fortes et peuvent entraîner des disparitions d’espèces aquatiques méconnues. Une attention particulière devra porter sur les bryophytes.
Les questions scientifiques à travailler sont les suivantes :
- lors de la phase d’assec : dynamiques de colonisation, devenir des organismes aquatiques (formes d’émersion pour les plantes ou raccourcissement du cycle de développement, formes de résistance pour les animaux, régression des populations ou migrations vers des habitats refuges), devenir des diaspores ;
- lors de la remise en eau : influence des crues sur l’équilibre entre écotone-berge et lit mineur, érosivité des berges et dissémination des fragments de macrophytes des berges, devenir des diaspores émises par les pionnières, vitesses et modalités de recolonisation par les organismes aquatiques animaux et végétaux ;
- écologie du stress hydrique et stratégies adaptatives (un parallèle avec les mares temporaires serait probablement instructif) ;
- relations entre les deux phases hydrologiques quant à la défi- nition et à la pérennité de cet habitat.
Ceci ne peut passer que par la mise en place d’observatoires du fonctionnement de ce type d’écosystèmes.

 Bensettiti F., Gaudillat V. & Haury J. (coord.), 2002. « Cahiers d’habitats » Natura 2000. Connaissance et gestion des habitats et des espèces d’intérêt communautaire. Tome 3 - Habitats humides. MATE/MAP/MNHN. Éd. La Documentation française, Paris, 457 p. + cédérom. (Source)