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Le territoire de la France métropolitaine, par sa grande superficie (550 000 km²), ses variations significatives de latitude, d'altitude, de distance à la mer (facteurs de diversification des climats), sa géologie très variée (facteur de diversification des sols), sans oublier les influences humaines, héberge des écosystèmes très variés. Il faut également ajouter les collectivités d'outre-mer, situés en zones tropicales, sub-tropicales ou sub-antarctique.
On distingue sur le territoire de l’Union européenne 6 grandes zones biogéographiques : atlantique, continentale, méditerranéenne, alpine, macaronésienne et boréale. La France est concernée par 4 de ces zones (les 4 premières citées), ce qui en fait le pays le plus diversifié de l’Union, devant l’Espagne et l’Italie (3 zones seulement chacun).
La zone atlantique concerne les 8 régions françaises ayant une façade maritime sur la Manche ou l’Océan Atlantique, ainsi que l’Ile-de-France, le Centre et l’essentiel de Midi-Pyrénées. C’est le domaine de la plaine et des collines basses, où l’on trouve notamment des forêts de type Chênaies-Charmaies, sur sols riches, à Jacinthe des bois (Hyacinthoides non-scripta), des landes plus ou moins humides, sur sols pauvres, à bruyères (Erica cinerea, E. tetralix, E. ciliaris), des grandes cultures, sur limons fertiles, dont la flore compagne s’est malheureusement appauvrie.
La zone continentale concerne les 4 régions frontalières de la Belgique, l’Allemagne ou la Suisse, ainsi que la Bourgogne, le Limousin, l’Auvergne et une partie de Rhône-Alpes. C’est le domaine des collines et des moyennes montagnes, où l’on trouve des forêts de type Hêtraies ou Chênaies-Hêtraies, avec des espèces sub-montagnardes, des vallons humides à Carex élevé (Carex pendula), des forêts alluviales à Orme lisse (Ulmus laevis), des « savarts » sur sols calcaires, des prairies pacagées et de vastes étangs ou lacs artificiels.
La zone méditerranéenne concerne les 3 régions bordées par la Méditerranée (Languedoc - Roussillon, Provence – Alpes - Côte d’Azur, Corse). C’est le domaine de l’Olivier (Olea europea), des Chênes vert et liège (Quercus ilex, Q. suber), des landes, sur sols acides, à lavande et à Cistes, des garrigues, sur sols neutres ou basiques, à Romarin (Rosmarinus officinalis). De nombreuses plantes ornementales, issues des régions du monde à climats méditerranéens ou voisins, y ont été introduites.
La zone montagnarde concerne les massifs des Alpes et des Pyrénées (essentiellement régions Rhône – Alpes, Provence – Alpes - Côte d’Azur et Midi – Pyrénées). C’est le domaine des forêts de Hêtre (Fagus sylvatica) ou de conifères (Picea abies, Abies alba, Larix decidua), des pelouses acidiphiles à Carex courbé (Carex curvula) et à Fétuques (Festuca varia, F. eskia, F. supina), des brousses à Rhododendron (Rhododendron ferrugineum) ou Aulne vert (Alnus viridis), des combes à neige et des éboulis à Arabettes (Arabis alpina, A. caerulea) et Tabouret (Thlaspi rotundifolium).
La France héberge environ 6000 espèces de Plantes supérieures (dites Trachéophytes, constituées des Ptéridophytes, des Gymnospermes, des Chlamydospermes et des Angiospermes) indigènes, ce qui la place juste derrière trois pays méditerranéens : l’Espagne (7500 espèces), l’Italie (5600 espèces) et la Grèce (5000 espèces). En revanche, elle devance des pays du nord comme l’Allemagne (3000 espèces) ou le Royaume-Uni (1400 espèces). 40 % des espèces européennes existent en France.
Si on ajoute à ces espèces indigènes les naturalisées (originaires d'un autre pays, introduits volontairement ou non et se comportant comme une espèce indigène), les subspontanées (échapées de culture, mais ne se propageant pas) et les accidentelles (apparaissant spontanément mais sporadiquement), ce sont quasiment 10 000 espèces de plantes vasculaires que l'on peut trouver dans notre pays.
En dehors de la flore vasculaire, la France métropolitaine abrite aussi de nombreuses plantes, dites non vasculaires. On en compte près de 3000 espèces : on y retrouve presque 900 espèces de mousses, environ 300 espèces d'hépatiques et quasiment 1700 espèces d'algues (rouges et vertes).
Dans le contexte ouest-paléarctique, la faune de France métropolitaine est riche et diversifiée, à chemin entre les pays du nord, relativement pauvres en biodiversité car couverts par les glaces il y a quelques 10 000 ans, et les pays méditerranéens à forte biodiversité.
Il est difficile de dire combien il y a d’espèces animales en France, ceci d’autant plus qu’il existe encore des groupes entiers d’invertébrés pour lesquels les connaissances sont très fragmentaires. Le nombre d’espèces d’invertébrés se chiffre en dizaines de milliers; rien que pour les insectes, on compte près de 40 000 espèces recensées actuellement. Les vertébrés, si on exclut les espèces introduites, domestiques et accidentelles, sont représentées par presque 1500 espèces, dont environ la moitié vit en milieu marin.
La France contient une bonne part de la biodiversité européenne. Elle héberge par ailleurs des populations importantes de certaines espèces, lui conférant ainsi une grande responsabilité vis à vis du patrimoine naturel européen. Par exemple, la France est le deuxième pays européen en nombre d’espèces d’amphibiens (55 % des espèces européennes). 58% des espèces d’oiseaux nidifiant en Europe se reproduisent en France.
Le nombre d’espèces animales introduites est difficile à évaluer chez les invertébrés. Pour ce qui concerne les vertébrés, entre 5 % et 10% des espèces sont introduites. Dans certains groupes, ce taux est très important et masque la biodiversité spécifique réelle. Ainsi, en ce qui concerne les poissons d’eau douce ou saumâtre, environ un tiers des espèces actuellement présentes sur notre territoire sont introduites.
Chez les vertébrés, seules une quinzaine espèces (soit environ 1 %) ne se trouvent qu’en France. Chez les invertébrés, ce taux est également faible. Certains groupes font cependant exception. C’est en Corse que l’on retrouve le plus d’espèces endémiques, suivi des Pyrénées et des Alpes.
Le degré de menace de la plupart des espèces d’invertébrés est inconnu. On sait toutefois que leurs milieux de vie subissent souvent de graves atteintes. Pour ce qui concerne les vertébrés, la situation est fortement contrastée d’un groupe à l’autre. On estime qu'environ 20% des vertébrés autochtones évalués jusqu'à présent sont menacés (selon la Liste rouge des espèces menacées en France), ce taux variant de 9 % pour les mammifères à 27 % pour les oiseaux. Par ailleurs le statut des poissons marins ou mollusques de France est inconnu.
La France occupe une place unique par la variété de ses collectivités d’outre-mer et donc de ses milieux naturels : du subarctique (Saint-Pierre-et-Miquelon) à l’Antarctique (Terre Adélie), en passant par les zones tropicales de trois grands océans. En dépit de surfaces terrestres limitées, et souvent insulaires, la biodiversité présente dans ces territoires est souvent remarquable et confère à la France une grande responsabilité au niveau international en matière de conservation.
Les biomes terrestres et marins des collectivités d’outre-mer (presque toutes situées en zone intertropicale) font partie de régions biogéographiques disparates : ces facteurs sont source de leur très grande diversité biologique, à la fois sur le plan international et par rapport à la France métropolitaine. Ainsi, plus de 95 % de la faune vertébrée et des plantes vasculaires spécifiques à la France est concentrée sur les 22 % de son territoire que représentent les collectivités d'outre-mer (Terre Adélie exclue).
La biodiversité atteint en outre-mer des niveaux exceptionnels, tant pour sa richesse que pour son originalité. Les collectivités d’outre-mer hébergent globalement plus d’espèces pour tous les groupes que la France métropolitaine. Si l’on ne considère que les espèces endémiques, pour lesquelles il est possible de calculer la diversité totale; il y a globalement 35 fois plus de plantes, 3 fois plus de mollusques, et 70 fois plus d'oiseaux endémiques en outre-mer qu'en métropole; enfin, tandis qu'aucun reptile ou mammifère n'est endémique de France métropolitaine, les collectivités d'outre-mer en hébergent respectivement une centaine et une dizaine d'espèces.
Cette biodiversité atteint des sommets : en Nouvelle-Calédonie, sur une surface à peine plus grande que la Picardie, on trouve près de 3000 plantes, plus de 5000 insectes, une centaine de reptiles, une vingtaine d'oiseaux et 6 mammifères endémiques ! A titre de comparaison, l'originalité de cette flore et de cette faune est du même ordre que celle de l'Europe ! De la même manière, l'île de Rapa en Polynésie Française, héberge sur une surface équivalente à quelques arrondissement de Paris (40 km²) au moins 300 espèces endémiques !
