La presqu'île de Scandola pratiquement inaccessible par la terre se divise en deux domaines bien distincts de part et d'autre d'une grande faille courbe orientée quasi Nord-Sud qui va de la Marine d'Elbo à la Cala Vecchia. A l'Est de la fracture, on trouve des volcanites du premier cycle permien : tufs andésitiques, trachytes, ignimbrites dacitiques, pyroclastites et rhyolites. Ces roches et leur substratum sont découpés en panneaux polyédriques limités par des failles et recoupés par un système filonien radiaire (microgranites rouges, rhyolites et dolérites) centré sur le cauldron occidental. Le secteur ouest est composé de volcanites du second cycle permien : pyroclastites stratifiées, coulées basaltiques, coulées ignimbritiques, coulées basaltiques boueuses. Des lames et dômes rhyolitiques, ainsi que des dykes de microgranites alcalins, jalonnent le Nord du cauldron. Les pendages diminuent vers l'Ouest, vers le centre de la structure. Les orgues font partie des sills rhyolitiques passant parfois à des dômes. Ces sills forment des lames très épaisses et présentent un faciès et une minéralogie relativement constants. La rhyolite est fortement rubéfiée et fluidale. La structure de la mésostase (92 %) est variable : micropegmatitique, sphérolitique, fluidale à développements axiolitiques, microfelsitique (structures présentes simultanément dans un même échantillon). Les phénocristaux (8 % en moyenne) de feldspath potassique (4 %) de 2 à 3 mm de long, corrodés, orientés dans le sens de la fluidalité, hématisés, sont fortement albitisés. Le quartz (1 à 2 mm) plus corrodé, peu ou pas fragmenté, forme parfois des assemblages micropegmatitiques avec le feldspath potassique. Très rarement, de fines aiguilles de riébeckite se sont développées autour du quartz. La prismation de ces roches est bien développée et les prismes sont parfois spectaculaires comme dans le dôme de Punta Palazzo. Les prismes sont des structures liées à la contraction thermique et se développent perpendiculairement à la surface de refroidissement de la lave. A Scandola, les rhyolites se sont injectées dans les pyroclastites qui ont été par la suite basculées et sont verticales. De ce fait, les prismes rhyolitiques sont sub-horizontaux.