Logos SINP

FR4301323 - Basse vallée du Doubs

Site de la directive "Habitats, faune, flore"

Base de référence : octobre 2018.

Mise à jour annuelle de la liste SIC - publication au JO UE : 12/12/17 (à partir de la base : septembre 2016)

Identification du site

Type : B (pSIC/SIC/ZSC)

Code du site : FR4301323

Compilation : 30/11/1995

Mise à jour : 11/07/2014

Appelation du site : Basse vallée du Doubs

Dates de désignation / classement :

  • pSIC : première proposition : 31/12/1998
  • pSIC : dernière évolution : 31/12/1998
  • SIC : Première publication au JO UE : 07/12/2004
  • SIC : Dernière publication au JO UE : 07/12/2004
  • ZSC : premier arrêté : 27/05/2009
  • ZSC : Dernier arrêté : 27/05/2009
Texte de référence
Arrêté de création du 27 mai 2009 portant décision du site Natura 2000 Basse vallée du Doubs (zone spéciale de conservation)

Localisation du site
Coordonnées du centre (WGS 84) :
  • Longitude : 5,40333 (E 5°24'11'')
  • Latitude : 47,00611 (N 47°00'21'')
Superficie : 3 804 ha.
Pourcentage de superficie marine : 0 %
Altitude :
  • Min : 178 m.
  • Max : 208 m.
  • Moyenne : 190 m.
Régions biogéographiques :
Continentale : 100%

REGION : FRANCHE-COMTÉ
DEPARTEMENT : Jura (100%)
COMMUNES : Annoire, Asnans-Beauvoisin, Baverans, Brevans, Champdivers, Chaussin, Choisey, Crissey, Dole, Falletans, Gevry, Longwy-sur-le-Doubs, Molay, Neublans-Abergement, Parcey, Peseux, Petit-Noir, Rahon, Saint-Baraing, Villette-lès-Dole.

Carte de localisation

Description du site

Caractère général du site

Classes d'habitats Couverture
Prairies semi-naturelles humides, Prairies mésophiles améliorées 35%
Forêts caducifoliées 15%
Eaux douces intérieures (Eaux stagnantes, Eaux courantes) 13%
Prairies ameliorées 9%
Autres terres arables 7%
Landes, Broussailles, Recrus, Maquis et Garrigues, Phrygana 5%
Forêt artificielle en monoculture (ex: Plantations de peupliers ou d'Arbres exotiques) 5%
Pelouses sèches, Steppes 4%
Zones de plantations d'arbres (incluant les Vergers, Vignes, Dehesas) 3%
Marais (vegetation de ceinture), Bas-marais, Tourbières, 3%
Autres terres (incluant les Zones urbanisées et industrielles, Routes, Décharges, Mines) 1%

Autres caractéristiques du site

Lit majeur (inter-digues) de la basse vallée alluviale du Doubs qui se poursuit en Bourgogne.

Qualité et importance

Avec la Saône dont il est l'affluent principal, le Doubs est le plus important cours d'eau du centre-est de la France. Son histoire est mouvementée et sa vallée riche en activités humaines. Il naît sur le territoire de la commune de Mouthe, à 945 m d'altitude, d'une exsurgence au pied du massif boisé du Noirmont. 90 km à vol d'oiseau séparent la source de la confluence avec la Saône, mais une série de plis montagneux a fortement accru sa longueur.

Après un parcours montagnard encaissé dans le Jura plissé, le Doubs change d’orientation et se dirige vers le sud-ouest, dans une vallée relativement étroite. En amont de Dole, la pente diminue nettement et la rivière développe de nombreux méandres dans un lit majeur atteignant 2 km de large. A l'aval de l’agglomération, au niveau de Parcey, elle reçoit la Loue, son principal affluent, puis gagne la plaine de la Saône avec laquelle elle conflue à Verdun-sur-le-Doubs, à 180 m d'altitude, après une dénivelée totale de 765 m.

La majeure partie de la basse vallée du Doubs est tapissée d’alluvions récentes, d’origine jurassienne, composée à 90 % de cailloutis grossiers à éléments calcaires dominants. Aux environs de la confluence Doubs-Saône, ces alluvions reposent sur une formation d’origine fluvio-lacustre (graviers et galets calcaires plus ou moins silicifiés) dite de « St Cosme ». Cet ensemble constitue un riche aquifère continu, né de la vaste accumulation de matériel alluvial lors des variations spatiales de la confluence Doubs-Saône. La vitesse d’écoulement des eaux souterraines est rapide et rend ce vaste compartiment alluvial relativement vulnérable aux pollutions. La nappe alluviale principale est accompagnée par des nappes captives situées dans des lentilles argileuses (Rahon ou Asnans-Beauvoisin).

Le régime hydrologique est principalement de type pluvial. A la station de Neublans-Abergement, en 1994, le débit d’étiage était de 21 m3/s pour un débit de crue de 1130 m3/s. Le déroulement des crues est très variable et fonction de l’origine et de la puissance des écoulements. L’homme a tenté ici de maîtriser les caprices de la rivière en construisant des digues dès le Moyen-Age. Le système de digues actuel est suffisant pour maîtriser les crues cinquantenales et dans cet interdigue, le Doubs bénéficie d’un certain espace de liberté. En effet, en aval de Dole, la pente et la naturalité (caractère peu artificialisé) de la rivière (sans navigation ni alimentation de moulins) lui ont conservé son caractère, sa compétence naturelle et ses mécanismes d’érosion-sédimentation.

La multiplicité des situations topographiques, hydriques et pédologiques créées par la dynamique du Doubs, sa capacité à les rajeunir et les interrelations entre chenal principal, nappe et systèmes latéraux,  sont à l'origine d'une extrême diversité des associations végétales et des espèces.

Les formations ligneuses se composent : 

- de forêts riveraines très relictuelles du fait des anciens déboisements effectués dans la vallée et surtout de la granulométrie peu favorable des sols ;
- en liaison avec ces forêts riveraines, on rencontre des saulaies arborescentes où dominent le saule blanc, typiques des vallées alluviales à sédiments grossiers et à dynamique importante et des saulaies basses à saule gris, association préalpine d'un grand intérêt biogéographique. La disparition des formations arborées de saules est liée à la réduction de la dynamique fluviale sur certains tronçons (digues, enrochements de berges) et à l'abaissement de la nappe phréatique (extractions de graviers en particulier, enfoncement du lit du cours d’eau, pompages divers...).

Les milieux ouverts se composent de prairies et pelouses :
- le groupement dominant de la vallée est représenté par des prairies mésophiles appartenant à l’arrhénathérion ; elles sont fauchées en juin puis généralement pâturées ; 
- les sols les plus secs et les plus filtrants présentent des pelouses xérophiles peu développées et qui semblent se maintenir ; elles possèdent de nombreuses espèces subméditerranéennes rares ;
- les dépressions sont colonisées par un groupement équivalent au Cnidion (l'Oenanthion d'influence atlantique) décrit en Europe centrale, rarissime en France et riche en espèces rares ;
- les milieux humides à sols hydromorphes sont colonisées par des prairies hygrophiles à molinie bleue, très fragmentaires ; 
- les "mortes" abritent des phalaridaies (formation végétale à phalaris), groupement bien répandu et disséminé dans toute la vallée ;
- enfin, les lieux inondés toute l'année, abritent des formations à glycérie ainsi que des roselières élevées.

Le très haut intérêt de cette vallée porte sur l’originalité de la cohabitation des pelouses sèches rares et des prairies hygrophiles et mésophiles en secteur inondable.

Les groupements de végétaux aquatiques se développent dans les "mortes" et les anses calmes de la rivière : 
- parvoroselières ou groupements à prêle, butome en ombelle, sagittaire et oenanthe aquatique,
- formations végétales immergées, groupe-ments à potamot flottant, myriophylle et hottonie des marais,
- formations végétales flottantes (renoncules, nénuphars...).

En été et en automne des groupements originaux de végétation temporaire d'émersion, se développent avec la baisse du niveau de la rivière ; on observe des formations de type pionnier avec la très rare ache rampante et d'autres espèces très nitrophiles qui se trouvent sur des substrats sablo-vaseux. Ces groupements fugaces traduisent le caractère vivant et constamment renouvelé de la vallée. 
Les bancs de graviers, de sables et de galets présentent une végétation composite originale, en mosaïque, à caractère nitratophile marqué. Ce sont des groupements originaux, particulièrement bien développés dans la vallée du Doubs et qui semblent inexistants dans les vallées voisines.
Une végétation d'ourlets, installée au voisinage des saulaies et en clairière, couvre de grandes surfaces ; elle est dominée par les orties, les ronces et diverses lianes.

Cet éventail de milieux remarquables s'accompagne d'une faune riche et très intéressante :
- l'inventaire entomologique a permis de mettre en évidence une grande variété de peuplements d'insectes. 
- les poissons trouvent dans ce secteur une haute diversité d'habitats ("pools", radiers, mortes,...) qui ne se traduit cependant pas par une diversité maximum d’espèces, certaines ayant disparu (aloses) et d'autres étant en régression (ombre, brochet, bouvière et truite) voire en cours de disparition (apron). Soulignons toutefois qu’une trentaine d’espèces sont présentes, ce qui en fait une des stations les plus riches de toute la France. Les opérations de réhabilitation engagées depuis quelques temps semblent favoriser la reconstitution des peuplements pisciaires en accord avec les caractéristiques typologiques et la structure naturelle de la rivière ;
- les batraciens sont de bons indicateurs de la qualité écologique d'un milieu. 12 espèces, sur les 16 connues en Franche-Comté et en Bourgogne, ont été recensées dans ce secteur. La majorité est protégée au niveau national, voire européen ;
- l'avifaune est riche et variée (175 espèces dont 123 nicheuses). Les bancs de graviers sont indispensables au petit gravelot, à la sterne pierregarin et à l’oedicnème criard. Les berges abruptes de la rivière sont colonisées par le martin-pêcheur, le guêpier d'Europe et l'hirondelle de rivage, l’érosion latérale étant indispensable à leur maintien. Lorsqu’elles sont assez étendues, les roselières abritent les nids du héron pourpré et du blongios nain. Les formations forestières (ripisylve*, saulaies...) sont appréciées par la gorge-bleue à miroir, les pics, divers rapaces nocturnes et diurnes. Enfin, les prairies humides abritent le râle des genêts, le courlis cendré... Ce site est répertorié parmi les 8 Zones d’Importance Communautaire pour les Oiseaux de Franche-Comté en application de la Directive C.E.E. Oiseaux ;
- les mammifères sont bien représentés : chauves-souris (vespertilion de Daubenton, oreillard méridional...), rongeurs (musaraigne aquatique, musaraigne bicolore,...) et loutre (récemment découverte mais rare).


Vulnérabilité

La ressource en eau est menacée aussi bien qualitativement que quantitativement. Si la qualité du Doubs s'est améliorée depuis quelques années et passe d'une classe 2 à une classe 1B à l'aval, la situation est encore préoccupante. Des agglomérations riverains ne sont toutes pourvues de station d'épuration efficaces et la pollution d'origine agricole altère la qualité des captages en eau potable (nitrates et pesticides). Cette situation est aggravée par un abaissement sensible de la nappe consécutif à l'enfoncement ponctuel du lit du Doubs, aux pompages et aux extractions de matériaux alluvionnaires durant la deuxième moitié du XXe siècle. Ces dernières, désormais exclues du lit mineur, ont profondément modifié le cours d'eau, 100 ha de ballastière étant actuellement autorisés en lit majeur. 
L'enrochement des berges, substitué aux techniques traditionnelles, a entraîné une chute de la production piscicole (destruction des frayères, des formations végétales riveraines et des abris), une baisse de la biomasse d'invertébrés, une diminution du pouvoir épurateur. Ces protections de berges ont également pu altérer par endroits les capacités de mobilité latérale de cette rivière à la forte dynamique intrinsèque qu'est le Doubs et, en corollaire, diminuer sa capacité à régénérer des milieux alluviaux pionniers très riches (succession seuils-mouilles, zones humides latérales, mortes et bras) et des faciès uniques en terme de biotopes pour les espèces phares que sont le Guêpier, l'Oedicnème, la Sterne ou la Gorge Bleue- bancs alluviaux, rives abruptes sablonneuses pour les espèces nicheuses).
L'intensification agricole s'est traduite par une avancée des labours sur les prairies situées à l'intérieur de l'interdigue avec pour conséquence la disparition des prairies inondables et des espèces qui y sont inféodées. On assiste également à un abandon de l'entretien traditionnel et régulier de la ripisylve* et de certaines prairies qui évoluent vers un stade forestier ou finissent en populiculture.
D'autres dégradations d'origines diverses sont observées : installation de décharges non contrôlées, remblaiements des "mortes" et parfois fréquentation désordonnée par les plaisanciers.


Commentaires complémentaires :

Dans le cadre d'une vaste étude d'aménagement appuyée sur un diagnostic géomorphologique précis, mais également dans le cadre du Défi de l'Agence de l'eau RMC sur la confluence et du programme ATSR, des projets de renaturation sont à l'étude sur la Basse Vallée du Doubs et en particulier sur la confluence Doubs-Loue-Clauge afin de regagner de la dynamique alluviale et de promouvoir la recréation naturelle d'habitats alluviaux. C'est également sur ce secteur que se trouve la Réserve Naturelle Nationale de l'Ile du Girard qui recouvre 125 ha entre le Doubs actuel et le vieux Doubs. La RNN est le lieu d'une gestion patrimoniale exemplaire en terme de qualité des habitats et des espèces. C'est également un lieu prisé pour les visiteurs et les actions pédagogiques.

Le périmètre déjà proposé au titre de la directive habitats naturels dans le département du Jura, trouve une continuité logique en Saône et Loire avec un site pilote sur lequel a été expérimentée la démarche d'établissement des documents d'objectifs Natura 2000. Le site fait l'objet d'une démarche d'élaboration de son document d'objectif que le Jura en coordination avec la révision du Docob coté Saône-et-Loire. La partie bourguignonne est également proposée au titre de la directive oiseaux.

Les réflexions conduites dans le cadre de l'Avenir du Territoire entre Saône et Rhin sur la basse vallée du Doubs suite à l'abandon du projet de liaison à grand gabarit et du Défi de l'Agence de l'eau confèrent une dimension supplémentaire à l'application de la directive habitats. Les deux démarches intègrent non seulement le même objectif, celui d'un développement durable, mais aussi une même méthode participative. Enfin, une étude sur les forêts alluviales, leur intérêt écologique, sociologique et paysager a été lancé sur l'ensemble de la région mais avec une attention particulière sur ce secteur majeur.

Les grands enjeux du site ont trait aux éléments suivants : 
- maintenir et restaurer la dynamique alluviale du cours d'eau et la diversité des milieux engendrés par ce fonctionnement naturel dans l'espace et le temps,
- maintenir ou rétablir la qualité des eaux de la rivière et des milieux aquatiques annexes, notamment en contrôlant les apports d'effluents d'origine domestiques, agricoles ou autres,
- conserver les pelouses et les prairies alluviales,
- conserver la diversité structurale de l'ensemble pelouse-prairie-forêt alluviale,
- assurer la préservation de l'avifaune,
- repérer et préserver du dérangement les secteurs de nidification de certaines espèces très sensibles, comme la Sterne, le Guêpier, l'Hirondelle de rivage, le Bihoreau, le Râle des genêts, le Blongios nain, etc,
- préserver les ripisylves et les forêts alluviales (aulnaies-frênaies-saulaies), avec le maintien d'îlots de sénescence, d'arbres morts ou vieillissants (abritant certains pics),
- informer et sensibiliser les élus et les autres acteurs locaux