FR4301342 - Vallée de la Saône

Site de la directive "Habitats, faune, flore"

Base de référence : juin 2020.

Mise à jour annuelle de la liste SIC - publication au JO UE : 28/11/19 (à partir de la base : octobre 2018)

Identification du site

Type : B (pSIC/SIC/ZSC)

Code du site : FR4301342

Compilation : 30/11/1995

Mise à jour : 04/07/2014

Appelation du site : Vallée de la Saône

Dates de désignation / classement :

  • pSIC : première proposition : 31/03/1999
  • pSIC : dernière évolution : 27/07/2020
  • SIC : Première publication au JO UE : 07/12/2004
  • SIC : Dernière publication au JO UE : 13/11/2007
  • ZSC : premier arrêté : 09/04/2014
  • ZSC : Dernier arrêté : 09/04/2014
Localisation du site
Coordonnées du centre (WGS 84) :
  • Longitude : 5,90389 (E 5�54'14'')
  • Latitude : 47,62056 (N 47�37'14'')
Superficie : 21 691 ha.
Pourcentage de superficie marine : 0 %
Altitude :
  • Min : 184 m.
  • Max : 347 m.
  • Moyenne : 207 m.
Régions biogéographiques :
Continentale : 100%

REGION : BOURGOGNE
DEPARTEMENT : Côte-d'Or (14%)
COMMUNES : Athée, Auxonne, Brazey-en-Plaine, Chambeire, Échenon, Jancigny, Labergement-Foigney, Lamarche-sur-Saône, Longchamp, Losne, Maxilly-sur-Saône, Poncey-lès-Athée, Saint-Jean-de-Losne, Saint-Sauveur, Saint-Symphorien-sur-Saône, Saint-Usage, Talmay, Tillenay, Villers-les-Pots, Vonges.

REGION : FRANCHE-COMTÉ
DEPARTEMENT : Haute-Saône (86%)
COMMUNES : Aisey-et-Richecourt, Amance, Amoncourt, Ancier, Apremont, Arc-lès-Gray, Autet, Battrans, Baulay, Beaujeu-Saint-Vallier-Pierrejux-et-Quitteur, Betaucourt, Bourbévelle, Broye-Aubigney-Montseugny, Bucey-lès-Traves, Cemboing, Cendrecourt, Champvans, Chantes, Chargey-lès-Port, Chassey-lès-Scey, Chaux-lès-Port, Chemilly, Conflandey, Corre, Dampierre-sur-Salon, Esmoulins, Essertenne-et-Cecey, Faverney, Fédry, Ferrières-lès-Ray, Ferrières-lès-Scey, Fleurey-lès-Faverney, Fouchécourt, Germigney, Gevigney-et-Mercey, Gray, Gray-la-Ville, Jonvelle, Jussey, Mantoche, Membrey, Mercey-sur-Saône, Montcourt, Montureux-et-Prantigny, Montureux-lès-Baulay, Ormoy, Ovanches, Pesmes, Pontcey, Port-sur-Saône, Purgerot, Ranzevelle, Ray-sur-Saône, Recologne, Rigny, Rupt-sur-Saône, Saint-Broing, Savoyeux, Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin, Seveux-Motey, Soing-Cubry-Charentenay, Tincey-et-Pontrebeau, Traves, Vanne, Vauchoux, Velesmes-Échevanne, Velet, Vellexon-Queutrey-et-Vaudey, Vereux, Vy-lès-Rupt.

Carte de localisation

Description du site

Caractère général du site

Classes d'habitats Couverture
Prairies semi-naturelles humides, Prairies mésophiles améliorées 32%
Prairies ameliorées 18%
Eaux douces intérieures (Eaux stagnantes, Eaux courantes) 10%
Forêts caducifoliées 10%
Cultures céréalières extensives (incluant les cultures en rotation avec une jachère régulière) 10%
Forêts mixtes 10%
Marais (vegetation de ceinture), Bas-marais, Tourbières, 5%
Landes, Broussailles, Recrus, Maquis et Garrigues, Phrygana 2%
Zones de plantations d'arbres (incluant les Vergers, Vignes, Dehesas) 1%
Forêt artificielle en monoculture (ex: Plantations de peupliers ou d'Arbres exotiques) 1%
Autres terres (incluant les Zones urbanisées et industrielles, Routes, Décharges, Mines) 1%

Autres caractéristiques du site

La vallée alluviale de la Saône (lit majeur et lit mineur) constitue ce site dominé par les prairies (fauche et pâture). En effet, les cultures dont la surface est globalement estimée à environ 15% restent localisées principalement à l'amont et à l'aval de Gray.

Concernant les chauves-souris, le site comprend également des gîtes de mise bas, le plus souvent situés en bâtiments ou infrastructures artificielles et les terrains de chasse associés pour les jeunes de 1 an, soit un rayon de 1 km autour des gîtes. Ces terrains de chasse sont sélectionnés en fonction de leur qualité en excluant les zones les plus artificialisées. Ils abritent également des habitats et d'autres espèces d'intérêt communautaire. 5 entités situées en Bourgogne sont ainsi intégrées au site : Talmay, Lamarche-sur-Saône, Auxonne, Saint-Jean-de-Losne et Longchamp.
Le site comprend également une grotte naturelle présentant un très grand intérêt pour la reproduction et l’hibernation de nombreuses espèces de chiroptères : la grotte du Caroussel à Port-sur-Saône et Conflandey. Une autre cavité particulièrement remarquable fait également partie du site : la mine de Fleurey située sur la commune de Fleurey-les-Faverney.

Qualité et importance

De Vioménil, où elle prend sa source dans les Vosges, à sa confluence avec le Rhône, la Saône traverse 6 départements sur 480 km dont 145 en Haute-Saône. L'axe de la vallée est d'orientation générale nord-est/sud-ouest. La rivière s'écoule sur des alluvions reposant sur des grès, des marnes et des calcaires argileux jusqu'à la confluence avec la Lanterne. Dès ce niveau, les calcaires constituent l'assise jusqu'à l'amont de Gray où leur succèdent des remplissages lacustres. Un système de terrasses étagées, témoin d'un ancien lit de la Saône, domine l'actuel lit majeur.

La nappe alluviale de la Saône est semi-captive. Les échanges, latéraux avec la rivière et verticaux avec la surface, sont en effet restreints en raison de l'imperméabilité des alluvions. L'infiltration très ralentie des eaux pluviales expose les sols aux pluies et aux crues principalement en hiver et au printemps. Il en résulte une hydromorphie marquée dans tous les secteurs de niveau topographique inférieur et dans ceux caractérisés par l'existence de nappes superficielles. Les sols sont mieux drainés (granulométrie assez grossière des matériaux) en bordure de rivière. Ces dispositions se modifient de l'amont à l'aval. 

Malgré la mise en culture de certains secteurs, les prairies inondables du lit majeur constituent encore des complexes fonctionnels bien typiques et bien individualisés dans lesquels les groupements végétaux aquatiques, prairiaux ou forestiers restent remarquables.
Parmi les groupements herbacés constituant le lit majeur de la vallée, on distingue :
- L'arrhénathéraie à colchique, prairie qui se développe sur les niveaux topographiques supérieurs. Elle est menacée par les cultures en raison du caractère temporaire et court de l'inondabilité du sol.
- Les prairies inondables à brome et à séneçon et pâture mésohygrophile occupent la plus grande partie de la surface alluviale*, sur les niveaux topographiques moyens et inondables. Elles présentent une grande diversité floristique, caractéristique des couloirs alluviaux. 
- Les prairies longuement inondables à Oenanthe fistuleuse et le groupement pâturé inondable à Vulpin genouillé sont des groupements rencontrés dans les dépressions mouillées une grande partie de l'année. Deux espèces végétales protégées leur sont associées : la Stellaire des marais et la Gratiole officinale. Ces groupements assurent la transition topographique entre les prairies de niveau moyen et les groupements plus humides ou aquatiques.
L'ensemble de ces prairies est actuellement géré en fauche, pâturage ou système mixte ; les apports de fertilisants sont généralement faibles à nuls. On peut considérer qu'il s'agit de milieux naturels fragiles, menacés par des processus d'intensification (amendement ou mise en culture) ou de conversion (plantation de peupliers) qui ont, jusqu'à présent, relativement épargné le site.
Des formations plus linéaires ou ponctuelles de mégaphorbiaies, cariçaies et roselières sont associées à ces ensembles prairiaux. En quelques endroits, ces groupements peuvent atteindre une extension importante (à Rupt-sur-Saône, par exemple).
 
Dans le lit majeur de la Saône, se développent également plusieurs types de forêts :
- La chênaie-frênaie-ormaie inondable est bien représentée dans la plaine d'inondation de la Saône. Seule cette vallée (et la zone de confluence avec l'Ognon) présente ce groupement en Franche-Comté. Elle est fragmentaire en amont de Gray (confluences de la Lanterne et de la Superbe, Rupt-sur-Saône, Mercey, Autet) pour devenir plus importante sur la partie basse où elle formait un continuum jusqu'à l'aval de Pontailler-sur-Saône. Ces forêts sont marquées par un régime d'inondation régulier (de quelques décimètres à plus d'un mètre) et sont installées sur des terrains fertiles. Marqués par une grande productivité, ce sont des milieux forestiers exceptionnels par la diversité des essences telles que l'Orme lisse ou le Frêne oxyphylle. Ce dernier est une espèce supra-méditerranéenne et ces secteurs constituent les stations les plus septentrionales de l'est de la France.
- Des aulnaies marécageuses apparaissent dans les secteurs engorgés du lit inondable. Elles sont très localisées (Chaux-les-Port par exemple).
- Les saulaies et aulnaies-frênaies de rives, malgré leur fonction stabilisatrice des berges et épuratrices des eaux, restent fragmentées car supplantées par les peupleraies. Elles restent malgré tout bien développées sur la basse vallée de la Lanterne. Quelquefois, ces aulnaies-frênaies forment des bois tels que le bois de la Vaivre à Ovanches et le bois des Vernes à Vauchoux.
- L'érablaie-tiliaie à Scolopendre est très localisée, de manière linéaire, sur les zones de pente en front de faille des plateaux calcaires sous-jacents. La diversité végétale y est très élevée.

L'intérêt des habitats prairiaux et forestiers est renforcé par la présence de bras secondaires, de bras morts et de mares temporaires ou non. Ces milieux abritent une végétation originale avec plusieurs espèces protégées. Entre autres, le groupement à Hydrocharis (faux-nénuphar), prioritaire, occupe de nombreux bras morts du Val de Saône lorsque l'eau est stagnante. Il héberge une espèce protégée régionalement : le Stratiotès faux-aloès.

L'axe fluvial constitue avant tout un lieu d'intérêt ornithologique remarquable. Il constitue une zone de nidification unique en Franche-Comté pour certaines espèces à très forte valeur patrimoniale. Citons le Râle des genêts, habitant des terrains humides à bonne couverture herbeuse, menacé par la disparition de son habitat et par la modernisation des pratiques agricoles, la fauche précoce en particulier, ou encore la Marouette ponctuée et le Blongios nain, oiseaux des zones marécageuses, bénéficiant eux-aussi d'une protection européenne. Le site abrite également de nombreux rapaces, dont 3 des 4 espèces de busards ainsi que la Pie-grièche écorcheur, le Martin pêcheur, ou la Pie-grièche à tête rousse. 

La vallée est aussi une voie de migration importante d'espèces liées aux prairies humides et menacées par leur raréfaction. La Grue cendrée, un des plus grands oiseaux d'Europe nichant à l'extrême nord des pays scandinaves, en est un exemple. 

Les milieux naturels du site sont aussi extrêmement favorables au développement des amphibiens parmi lesquels il convient de mentionner le Triton crêté et le crapaud Sonneur à ventre jaune, protégés au niveau européen. Quelques insectes également sont remarquables, comme le Lucane cerf-volant, plus grand coléoptère d'Europe, dont la larve se développe dans le bois mort des chênes, ou encore le Cuivré des marais, papillon des prés et clairières de forêts humides. Des libellules protégées au niveau européen, telles que l'Agrion de Mercure ou la Cordulie à corps fin, sont également présentes sur le site.

Toujours dans le domaine faunistique, il est intéressant de mentionner la présence de nombreux chiroptères (chauves-souris) inscrits à l'annexe II de la directive Habitats. Le développement de ces mammifères, strictement insectivores, est corrélé au maintien d'écosystèmes marqués par une bonne productivité (prairies alluviales inondables, forêts inondables, cours d'eau) et par un ensemble de gîtes permettant à ces espèces d’accomplir leur cycle annuel. En effet, située entre les premiers contreforts des Vosges, le plateau de Langres et le massif du Jura, la Haute-Saône offre un réseau karstique dont les galeries sont pour la plupart fréquentées par les chiroptères. Comme ces cavités karstiques*, des galeries d'anciennes mines offrent des conditions de vie particulières : obscurité permanente, humidité et température beaucoup moins variables qu'en surface et qui conviennent aux chiroptères.
De plus, la présence de certains bâtiments favorise également la présence de certaines espèces dites anthropophiles. 

Plusieurs colonies profitent donc d'un ensemble de conditions favorables. Parmi elles :
- deux colonies de Grand Murin d'importance régionale logent à Port-sur-Saône et à Gray
- la grotte du Carroussel à Port-sur-Saône et Conflandey abrite 10% des effectifs régionaux de Minioptères de Schreibers, ainsi qu’une cinquantaine de chauves-souris en hiver (Grand Rhinolophe principalement). Cette cavité est située en limite nord de l’aire de répartition de l’espèce en France
- A Vellexon, une colonie importante de Grand Rhinolophe est également présente. 
- La mine de Fleurey se situe à proximité de la plaine alluviale où conflue la Lanterne et la Saône. Elle sert de cavité mère à une population de l'ordre de 70 Petits Rhinolophes. Lors de l’hiver 2013/2014, 180 Petits Rhinolophes ont été comptabilisés. 

La qualité des eaux de la Saône et de ses affluents est correcte (classe 1B) sur 50 % de son linéaire et médiocre (classe 2) sur le reste. Compte-tenu de ses caractéristiques morpho-dynamiques, de la présence d'un lit majeur largement développé et de son régime hydrologique de type pluvial, caractérisé par des hautes eaux de début d'automne, poursuivies généralement jusqu'en février-mars, la Saône est un exemple type de rivière à Brochet. Cette espèce trouve, en effet, dans les prairies de bas niveau longuement inondées au début du printemps des frayères propices. Doit être impérativement mentionnée dans ce domaine, l'importance vitale des affluents pour la reproduction des poissons. De très nombreux espaces de ce type ont subi des travaux de correction assez importants. Certains ont cependant conservé, sur des territoires réduits, des caractéristiques favorables à certains poissons tels que la Bouvière, espèce polluo-sensible ou le Chabot, deux poissons des zones bien oxygénées, à fort courant. L'Ecrevisse à pieds blancs est présente sur les petits effluents forestiers du secteur de Rupt.

Vulnérabilité

Parmi les menaces, les points de vulnérabilité et les principaux enjeux ayant trait à la conservation des habitats naturels, de la faune et de la flore de la du site Vallée de la Saône, il convient
de retenir :
- la dégradation de la qualité des eaux provenant, par ordre décroissant, des apports de nitrates et de phosphore véhiculés par les affluents émissaires récepteurs des principales agglomérations ne disposant pas d'un traitement efficace des eaux usées, des apports de phosphore en provenance d'usine, d'un déficit d'assainissement des communes rurales et de la mise en culture de certains secteurs (plateaux karstiques en relation avec la nappe et plaine) ;
- la mise en culture de la vallée (disparition de prairies et de haies),
- le surpâturage qui constitue une menace importante puisque c’est environ 550 ha des milieux ouverts et boisement linéaires concernés  par le phénomène.
- La réduction de l’espace pour certaines formations est également un problème, les chemins, les routes et les activités anthropiques étant les principaux facteurs dégradants. 
- un certain "assèchement" des prairies inondables, le drainage de certaines parcelles,
- une diminution de la valeur piscicole de la rivière liée à une baisse de la qualité des eaux mais surtout à la chenalisation généralisée de tous les affluents de la Saône,
- la disparition des forêts alluviales typiques (chênaie ormaie notamment).
- la présence d’espèces exotiques envahissantes,
- la plantation de résineux (douglas, épicéa…) et de feuillus allochtones (Peuplier, Chêne rouge…).

Plus particulièrement concernant les chiroptères :
- Les chauves-souris sont très sensibles au dérangement pendant la période de mise bas ou d'hibernation. Un aménagement ou des dérangements répétés liés à une surfréquentation humaine des lieux de vie (travaux, aménagement touristique, spéléologie, reprise d'exploitation de carrières ) peuvent entraîner la mortalité de chauves-souris ou leur déplacement vers d'autres sites plus paisibles.
- La disparition des gîtes ou leur modification est une des causes du déclin des chauves-souris (travaux condamnant l'accès par les chauves-souris comme la pose de grillage dans les clochers d'églises, fermeture de mines ou carrières souterraines, rénovation de ponts et d'ouvrages d'art, coupe d'arbres creux ).
- Les milieux aquatiques offrent des habitats favorables au développement des insectes, source d'alimentation d'un cortège d'espèces dont les chauves-souris. Le maintien des ripisylves en bon état s'avére ainsi très important pour celui des chauve-souris. 
- Des pratiques agricoles et sylvicoles extensives sont garantes de leur maintien et de la bonne qualité des eaux. Une modification de ces pratiques risque d'en modifier la qualité. En revanche, les cultures intensives, la suppression de haies, de boqueteaux et de petits bois, ainsi que le retournement des prairies constituent des facteurs d'isolement des populations pour
de nombreuses espèces faunistiques (en particulier les amphibiens et les chauves-souris).