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La ZNIEFF du Marais de la Crique Macouria (type II) se situe au sud-ouest de Tonate-Macouria.
Elle correspond aux lits majeurs très étendus de la crique Macouria et de son affluent, la crique Trois-Rois. Elle se présente en de vastes zones marécageuses imbriquées dans un ensemble d'îlots à palmier-bâche, de digitations forestières inondables ou sur sable de plaine côtière ancienne.
De nombreuses zones d'eau libre ponctuent l'extrémité ouest du marais herbacé et arbustif.
La majeure partie de la ZNIEFF est occupée par des marais (" pripris tremblants "). Ils sont formés d'un tapis herbacé dense flottant avec une couche de tourbe acide (pégasse) sur une hauteur d'eau variable selon les saisons, recouvrant elle-même des argiles marines gris-bleu. Leur flore est relativement riche et les principales espèces qui caractérisent ce milieu sont le moucou-moucou (Montrichardia arborescens, abondant, les fougères (productrices de tourbe acidifiant le milieu) Blechnum serrulatum et Thelypteris interrupta, la Poacée Sacciolepis striata, les Cypéracées Cyperus articulatus, Eleocharis intersecta, Rhynchospora sp. ainsi que des Onagracées et des Convolvulacées.
De nombreuses espèces déterminantes sont connues dans cet habitat de cette zone humide : Scleria macrophylla et Rhynchospora velutina (Cyperaceae), Justicia laevilinguis (Acanthaceae), Crinum erubescens (Amaryllidaceae), Conocarpus erectus (Combretaceae), Eriocaulon guyanense (Eriocaulaceae), les 3 Fabaceae Crotalaria pilosa, Erythrina fusca et Sesbania exasperata, Curtia tenuifolia (Gentianaceae), les Melastomataceae Acisanthera bivalvis, Acisanthera rosulans et Miconia melinonis...
La fougère aquatique et protégée Marsilea polycarpa (Marsileaceae) est également connue du site, mais localisée dans des bassins artificiels.
Dans les plans d'eau libre de cette zone, un cortège caractéristique de plantes aquatiques s'y retrouve: Cabomba aquatica, Nénuphars, Nymphaea rudgeana, Lentilles d'eau, Lemna sp., Jacinthes d'eau, Eichornia & Pontederia sp.
La partie amont de la ZNIEFF offre de nombreuses formations de palmier-bâche (Mauritia flexuosa) qui constituent une forêt galerie le long des cours d'eau.
La forêt marécageuse se développe sur des sols hydromorphes temporairement et partiellement exondés. Les espèces les plus caractéristiques sont le palmier pinot (Euterpe oleracea), le yayamadou-marécage (Virola surinamensis), le manil (Symphonia globulifera), le moutouchi- marécage (Pterocarpus officinalis), et en sous-bois de nombreuses fougères et monocotylédones.
La partie aval présente un attrait paysager moindre du fait d'une plus faible diversité de formations végétales. Les bosquets de palmiers-bâches sont plus occasionnels. Le marnage y est nettement visible et dévoile à chaque marée des rives vaseuses. Les palétuviers rouges (Rhizophora mangle) sont peu fréquents, disséminés irrégulièrement en petits groupes.
La ZNIEFF comprend encore des îlots de forêt de plaine côtière ancienne sur sols sableux. Ceux-ci sont dominés par Parinari campestris et Protium heptaphyllum, Licania sp., Inga sp., Iryanthera hostmanii et de nombreux palmiers : maripa (Attalea maripa), comou (Oenocarpus bacaba), awara mon père (Socratea exorrhiza). En sous-bois abondent divers Ischnosiphon, Piperacées, Melastomatacées, et Phenakospermum guianense qui en marque la physionomie.
Les lisières constituées par les groupements paraforestiers périphériques sont caractérisées par le palmier awara (Astrocaryum vulgare) ainsi que Clusia nemorosa, Davilla aspera, Hirtella paniculata, Miconia ciliata et Tibouchina aspera.
Cet agencement d'écosystème offre un site de prédilection à une avifaune aquatique ou inféodée aux marais particulièrement riche et diversifiée : anhinga d'Amérique (Anhinga anhinga), canard musqué, (Cairina moschata), courlan brun (Aramus guarauna), échasse à cou noir (Himantopus mexicanus), grébifoulque (Heliornis fulica), onoré rayé (Trigrisoma lineatum), savacou huppé (Cochlearius cochlearius), héron cocoï (Ardea cocoi), macagua rieur (Herpetotheres cachinans), buse à tête blanche (Busarellus nigricollis), balbuzard pêcheur (Pandion haliaetus), milan des marais (Rosthramus sociabilis), martins-pêcheurs (4 espèces), colibri guainumbi (Polytmus guainumbi).
Les forêts galeries et les forêts marécageuses abritent encore le ara macavouanne (Ara manilata), l'ibis vert (Mesembrinibis cayennensis) et le pic jaune (Celeus flavus).
Au niveau herpétologique, deux espèces déterminantes en limite septentrionale de répartition néotropicale ont été trouvées dans la zone. La rainette Hyla raniceps est naturellement rare et sensible avec l'assèchement de son habitat constitué par les marais côtiers. Le lézard caïman (Crocodilurus amazonicus) a également été recensé de cette zone humide. Le statut de cette dernière espèce à affinité amazonienne reste imprécis à l'ouest de l'Ile de Cayenne.
Concernant les tortues palustres, Rhinoclemmys punctularia et Platemys platycephala sont connues de la zone.
Le singe hurleur (Alouatta macconnelli), se maintient encore dans les massifs forestiers marécageux. Les marais herbacés sont le domaine du cabiaï (Hydrochaeris hydrochaeris), et la crique abrite les deux espèces de loutres guyanaises (Lontra longicaudis et Pteronura brasiliensis).
Une zone encore non prospectée de cette ZNIEFF est constituée par un marais inclus dans un cirque forestier en extrémité amont de la crique Macouria. Cette zone, seulement accessible en saison de hautes eaux, devrait se révéler particulièrement intéressante sur le plan faunistique.
La ZNIEFF est classée au POS en zone ND. Sa limite correspond d'ailleurs à la limite des zones inondables et donc aménageables, définies au Plan d'Exposition aux Risques de Tonate-Macouria. L'ensemble du secteur fait l'objet d'une très forte pression foncière pour l'installation d'exploitation agricole. La forêt de plaine côtière ancienne et les savanes marécageuses sont soumises aux incendies d'origine anthropique pour le développement de l'agriculture sur brûlis. Ces abattis touchent particulièrement la zone de confluence entre la crique Macouria et la crique Trois-Rois, marquée par l'extension de la formation à palmier-bâche qui est ainsi soumise dans ce secteur à des dégradations importantes.
Des vestiges archéologiques d'habitations coloniales (anciennes plantations) peuvent être rencontrés sur une berge exondée, sous couvert forestier.
La ZNIEFF est limitée par la zone inondable + 50 cm telle que définie dans le PER de Macouria.
