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La ZNIEFF de la Lagune de Caïman mouri (type I) est incluse dans la ZNIEFF des Mangroves et vasières du Maroni à l'Iracoubo (type II) assemblant des biotopes situés sur le littoral nord-ouest de la Guyane.
Cette ZNIEEF de type I, d'une superficie de 32 kilomètres carrés, concerne la rive droite de l'embouchure du fleuve Mana, des rizières jusqu'au cordon sableux en bord de mer. La délimitation de cette ZNIEFF est calée sur la cartographie des habitats de la réserve de l'Amana de 2010, elle même basée sur les images satellites SPOT 2008. Le trait de côte reste cependant en constante évolution. Le cordon dunaire, anciennement en bord de mer, est aujourd'hui en arrière plan d'une jeune mangrove à palétuviers colonisant un récent banc de vase.
En effet, les écosystèmes littoraux guyanais sont soumis à une forte dynamique côtière due au système de dispersion amazonien. La côte, orientée sud est - nord ouest, est longée par des courants océaniques de même direction. Ainsi, des millions de m3 de sédiments fins provenant de l'Amazone sont transportés le long des côtes par les courants. Il en résulte un système morphodynamique spécifique alternant l'accumulation de sédiments, formant des bancs de vases colonisés par la mangrove, et des phases d'érosion (cordons sableux ou mangroves en recul). Ces milieux littoraux sont donc soumis à une perpétuelle évolution.
Néanmoins, cette ZNIEFF concerne les habitats en arrière-plan du premier cordon dunaire. Ceux-ci sont relativement plus stables vis à vis de la mangrove mobile à Laguncularia racemosa. Il s'agit essentiellement d'une mangrove à Avicennia germinans matures, voire en dégénérescence à la suite d’une modification du régime hydrique et de la salinité. Celle-ci laisse la place à des lagunes, inondées à marée haute, aussi appelées marais saumâtres ou savanes à Palétuviers morts. Elles sont colonisées partiellement par des plantes aquatiques comme Nymphaea sp. (Nymphaeaceae) ainsi que Ruppia maritima (Ruppiaceae) dont il s'agit de l'unique localité connue dans le département. Viennent ensuite les marais à végétation herbacée qui constituent les formations les plus importantes de la plaine côtière récente. Ils sont dominés par des Cypéracées comme Eleocharis mutata, Cyperus articulatus et Cyperus giganteus, ou par des fougères comme Acrostichum aureum et Blechnum serrulatum. Ces marais peuvent être parsemés de bouquets d'arbres dont le plus fréquent est le " Prunier " Chrysobalanus icaco. Dans ces marais, comme dans les forêts marécageuses et le long des berges et des fleuves et rivières, le paysage est souvent marqué par des formations denses de Moucou-moucou (Montrichardia arborescens).
Plusieurs espèces végétales déterminantes sont inventoriées dans cette ZNIEFF : Canna glauca (Cannaceae), Tetralocularia pennellii (Convolvulaceae), Ipomoea pes-caprae (Convolvulaceae), Canavalia rosea (Fabaceae), Sesbania exasperata (Fabaceae), Cyathea macrocarpa (Cyatheaceae) et Setaria magna (Poaceae).
Le palmier protégé Elaeis oleifera est également connu du site.
Ces lagunes, d'une extension inégalée en Guyane, accueillent un grand nombre d'espèces d'oiseaux remarquables. Se situant en arrière des cordons littoraux, elles créent une complémentarité écologique avec les vasières et permettent l'accueil selon le niveau d'eau de très nombreux grands échassiers et limicoles tels que le Bécasseau à croupion blanc (Calidris fuscicollis), le Bécasseau semipalmé (Calidris pusilla), le Petit chevalier à pattes jaunes (Tringa flavipes). La lagune s'avère être la plus importante (en terme d'effectif) remise pour les anatidés locaux (Dendrocygna autumnalis, Cairina moschata, Anas Bahamensis) et nord-américains (Anas discors). La Buse buson (Buteogallus aequinoctialis) et le Grand-duc de Virginie (Bubo virginianus) profitent de la richesse de ces milieux pour chasser. Enfin, le Pic Dominicain (Melanerpes candidus) est une espèce caractéristique de ces milieux en Guyane où il n'est connu quasiment que de ce lieu.
Pour les mammifères, notons que ce territoire est parcouru par le Cerf des palétuviers (Odocoileus cariacou) et le Jaguar (Panthera onca).
Ces zones humides d'arrière-mangrove sont aussi d’une grande importance biologique puisqu'elles sont des nurseries naturelles pour les larves de crevettes et autres espèces marines utilisant ces milieux saumâtres pour leur croissance avant de repartir en mer.
Enfin, il est important de signaler que ce vaste secteur de marais côtiers, dénommé également " Savane Sarcelle " a en grande partie été transformé pour l'installation des rizières de Mana.
La ZNIEFF est délimitée comme suit:
N: Au nord, la ligne de niveau des plus basses eaux constituent la limite de ce zonage.
S et E: La limite sud-est est matérialisée par les polders rizicoles de Mana ainsi que les milieux dégradés environnants.
W: A l'ouest, la limite est matérialisée par la rive droite du fleuve la Mana et sa mangrove côtière
