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La ZNIEFF des "Zones humides de la crique Fouillée" (type II) constitue une continuité écologique de zones humides et milieux aquatiques au cœur de l'Île de Cayenne.
En effet, la crique Fouillée traverse d'Ouest en Est l'Île de Cayenne, depuis la rivière de Cayenne jusqu'à l'embouchure du Mahury (au niveau du Fort Trio). Cette crique et ses zones inondées connexes (marais de Cabassou, canal et pripris de Beauregard, partie basse du Canal nord-sud) sont classées inondables dans le Plan de Prévention des Risques d'Inondation. La crique Fouillée, qui possède deux sens d'écoulement en fonction des marées et des saisons, collecte une partie des eaux pluviales des zones urbanisées, notamment via la crique Cabassou et les autres canaux de drainage. Elle joue donc un rôle de tampon vis à vis des inondations en redistribuant l'eau dans les marais adjacents.
Aux extrémités de la crique, on trouve deux zones de mangrove à palétuviers blancs (Avicenia germinans), typique des embouchures des fleuves. Les Rhizophora racemosa et Rhizophora mangle sont aussi bien implantés à mesure que l’on s’éloigne des fleuves. En bordure de la mangrove, quelques patchs de forêt marécageuse à Euterpe oleracea et Symphonia globulifera persistent. En arrière de la mangrove se développe un cortège de plantes halophiles typique des marais saumâtres sub-littoraux. Il est composé d'herbacées (Typha domingensis, Eleocharis geniculata), de fougères (Acrostichum aureum, Blechnum serrulatum) et de plantes aquatiques flottantes dans les zones d'eau ouverte (Eichornia crassipes, Azolla caroliniana). Plus au centre de l'Île de Cayenne, les marais intérieurs herbacés à Eleocharis mutata et marais arbustifs à Montrichardia arborescens dominent la plaine inondable. Ces marais s'étendent parfois sur de vastes superficies bien conservées. C'est notamment le cas des Marais de la crique Cabassou, du pripri de Beauregard et des polders de l'ancienne Habitation Vidal.
Une dizaine de plantes déterminantes sont connues de ce secteur, parmi lesquelles certaines sont particulièrement liées à ces habitats humides : Crinum erubescens (Amaryllidaceae), Sesbania exasperata (Fabaceae), Vanilla palmarum (Orchidaceae), Cissus spinosa (Vitacdeae).
Paspalum delicatum (Poaceae) collecté dans les pripris Cabassou n'est connu en Guyane que de celle localité ainsi que de Rochambeau.
Par la présence d'habitats attractifs (fleuve, vasière, mangrove, et marais), cette ZNIEFF abrite un cortège d'oiseaux typiques du littoral : Amazone aourou (Amazona amazonica), Pic de Malherbe (Campephilus melanoleucos), Buse urubu (Buteogallus urubitinga), Ani des palétuviers (Crotophaga major), Grimpar talapiot (Dendroplex picus), Grimpar des cabosses (Xiphorhynchus guttatus), Batara huppé (Sakesphorus canadensis), Tyran audacieux (Myiodynastes maculatus) et Conirostre bicolore (Conirostrum bicolor).
Outre ces espèces classiques, les vasières, mangroves et marais accueillent de nombreuses espèces d'Ardéidés et de rapaces protégés, en particulier la Buse buson (Buteogallus aequinoctialis). La zone de vasière proprement dite peut accueillir aux mêmes époques des limicoles nord-américain migrateurs comme le Grand chevalier (Tringa melanoleuca) ou le Bécasseau semipalmé (Calidris pusilla), et des espèces locales comme l'Ibis rouge (Eudocimus ruber) ou la Spatule rosée (Platalea ajaja), utilisant ce biotope à la fois comme site d'alimentation et zone de repos/dortoir. Les marais herbacés abritent entre autres le Donacobe à miroir (Donacobius atricapilla) mais aussi des limicoles comme l'Echasse américaine (Himatopus mexicanus).
Les marais herbacés accueillent quelques reptiles peu courants ou devenus rares aux abords des agglomérations comme le Caïman à lunettes (Caiman crocodilus), le petit serpent Thamnodynastes pallidus ou encore l'Anaconda de Deschauense (Eunectes deschauenseei). Le pripris de Beauregard constitue seulement la troisième localité en Guyane pour cette dernière espèce. On note également la présence de deux espèces typiques des savanes humides et peu abondantes sur l'Île de Cayenne : la Rainette Hypsiboas raniceps et le petit lézard Anolis auratus.
Chez les mammifères, les principaux enjeux de conservation concernent des espèces liées à la mangrove avec comme espèce emblématique le Cerf des palétuviers (Odocoileus cariacou). On note aussi la présence d'une espèce de chauves-souris assez rare sur le littoral : Pteronotus parnellii
Un inventaire ichtyologique recense des espèces correspondant à un écotone entre milieu estuarien et zone humide littorale, avec la présence de quelques genres estuariens (Anchoviella, Lycengraulis) et des espèces purement continentales (Astyanax bimaculatus, Rivulus…). L'ensemble de ces espèces est adapté à des milieux peu oxygénés (Rivulus, Erythrinus…) et ne présente aucune espèce rare ou patrimoniale. Néanmoins, ces zones humides représentent un intérêt fonctionnel puisqu'elles servent de frayères pour de nombreuses espèces lors des épisodes de hautes eaux.
Ces habitats patrimoniaux sont des milieux humides très sensibles aux pollutions d'origines anthropiques (hydrocarbures, déchets, rejets sauvages). Ils sont actuellement menacés par l'extension de l'agglomération cayennaise.
La limite de la ZNIEFF est décrite comme suit:
N: La limite nord suit le trait de côte (SPOT 2009) depuis l'intersection entre la RN1 et la rive droite de la rivière de Cayenne, contourne le port du Larivot et poursuit jusqu'au Canal Laussat de Cayenne. Elle longe la côte en excluant les zones de forte urbanisation (Village Chinois, cité des pallétuviers, RN1).
E: la limite inclue la mangrove de la crique Fouillée puis longe la RN1 entre les giratoires Leblond et Maringouins; puis elle longe la zone Collery (en l'excluant pour passer la RN1 au niveau du rond point de la zone Terca afin d'inclure la zone humide au sud de Collery. Celle-ci s'étend le long de la crique Cabassou, passant au sud du Camp du Tigre, de la route de Raban et du Parc Lindor, traversant la RN3. Contournant le mont Cabassou par l'ouest, elle suit le canal de la crique Fouillée jusqu'au canal Beauregard, incluant la zone humide qui remonte jusqu'au carrefour Vidal. les zones humides forestières de l'habitation Vidal et du canal nord-sud sont inclues dans la zone.
S: la ZNIEFF inclue la zone humide qui s'étend entre la Matourienne et la rive gauche du Mahury au sud, du Dégrad des Cannes et port de plaisance (exclus) à l'est à la crique fouillée à l'ouest. Elle s'étend jusqu'au lotissement des Barbadines de Matoury.
W: Des Barbadines de Matoury, la limite remonte vers le nord en recoupant à plusieurs reprises la Matourienne jusqu'au centre de compostage de Cognau et les lotissement de la Rhumerie, Aquavilla jusqu'au coeur du lieu-dit "Cogneau la Mirande", excluant les zones urbanisées de ce dernier. Elle remonte jusqu'à la zone Terca, intersecte la RN1 au niveau du rond point du même nom puis longe la D19 et ses zones industrielles (exclues) jusqu'à la D191. Le zonage suit la D191 jusqu'à la RN1, longe celle-ci jusqu'à la rive droite de la Cayenne.
