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La ZNIEFF "Criques Baboune et Aya" (type I) se situe au sud de la grande ZNIEFF de type II "Montagnes de la Trinité". Elle met en valeur les habitats ripicoles et marécageux du bassin versant de ces deux rivières.
La forêt primaire recouvre la quasi totalité de la ZNIEFF. On y distingue toutefois différents types forestiers.
La forêt marécageuse liée aux terrains mal drainés est concentrée essentiellement au niveau des bas-fonds et des pinotières. Quelques espèces arborescentes y sont bien adaptées telle Symphonia globulifera et Virola surinamensis ou encore le Palmier pinot ou "Wassai" (Euterpe oleracea). Dans ce milieu contraignant (conditions asphyxiantes du sol), les plantes monocotylédones et les fougères sont nombreuses. Les plantes épiphytes monocotylédones sont assez nombreuses par ailleurs dans les pinotières, notamment les Orchidées.
La forêt ripicole, localisée aux berges des criques les plus larges, est composée par des espèces particulièrement adaptées à ce milieu : les Eperua ou "Wapas" (E. falcata et E. schomburgkiana), beaucoup d'espèces d'Inga, le "Moutouchi" Pterocarpus officinalis, aux larges contreforts rubanés, le "Yayamadou-rivière" (Virola surinamensis) ou encore le "Moucou-moucou" (Montrichardia arborescens) ainsi que le "Cacao sauvage" (Pachira aquatica).
Des forêts drainées sont également bien représentées dans ce périmètre.
Une cinquantaine de plantes déterminantes sont inventoriées dans ces habitats.
Parmi celles-ci certaines sont particulièrement rares en Guyane : Aspidosperma schultesii (Apocynaceae), Licania caudata (Chrysobalanaceae), Licania irwinii (Chrysobalanaceae), Licania parvifructa (Chrysobalanaceae), Bocoa viridiflora (Fabaceae), Inga fanchoniana (Fabaceae), Inga loubryana (Fabaceae), Inga retinocarpa (Chrysobalanaceae), Monopteryx inpae (Fabaceae), Recordoxylon speciosum (Fabaceae), Heliconia chartacea (Heliconiaceae), Rhodostemonodaphne rufovirgata (Lauraceae), Pachira macrocalyx (Malvaceae), Calycolpus revolutus (Myrtaceae), Myrcianthes prodigiosa (Myrtaceae), Pagamea guianensis (Rubiaceae), Allophylus leucoclados (Sapindaceae), Talisia squarrosa (Sapindaceae), Pouteria benai (Sapotaceae), Pouteria cayennensis (Sapotaceae), Pouteria cicatricata (Sapotaceae), Pouteria flavilatex (Sapotaceae), Pouteria tenuisepala (Sapotaceae).
La présence de Licania albiflora (Chrysobalanaceae) constitue la seconde mention de cette espèce sur le territoire.
Le cortège ornithologique fréquentant ces habitats se caractérise par la présence de nombreuses espèces déterminantes. Citons le Ara vert (Ara severa), le Moucherolle d'Euler (Lathrotriccus euleri), l'Amazone de Dufresne (Amazona dufresniana), l'Anabate rubigineux, l'Ibijau roux (Nyctibius bracteatus), le Cotinga brun (Iodopleura fusca), la Sclérure à gorge rousse (Sclerurus mexicanus), le Todirostre de Joséphine (Hemitriccus josephinae).
Au niveau herpétologique ce secteur s'illustre par la présence de plusieurs espèces déterminantes.
Les poissons inventoriés au sein de cette ZNIEFF mettent aussi en évidence la présence d'un cortège varié d'espèces rares ou endémiques : Lithoxus planquettei, Astyanax validus, Steindachnerina varii, Moenkhausia moisae, Melanocharacidium dispilomma, Leporinus gossei, Krobia itanyi, Hypopygus lepturus, Guianacara owroewefi, Farlowella reticulata, Crenicichla albopunctata, Corydoras guianensis, Corydoras geoffroy, Microcharacidium eleotrioides.
La ZNIEFF des "Criques Baboune et Aya" bénéficie du statut de Réserve Naturelle depuis 1996.
L'isolement géographique de cette zone en fait un lieu d'étude privilégié. Le gestionnaire de la Réserve, l'Office National des Forêts a mis en place dans le cadre d'un plan de gestion quinquennal un programme d'étude pluridisciplinaire afin d'améliorer les connaissances du patrimoine naturel de la réserve, mais également d'étudier la structure de la végétation en corrélation avec celle des communautés faunistiques.
Les menaces concernant cette ZNIEFF sont essentiellement liées aux potentielles activités d'orpaillage clandestin.
La ZNIEFF est délimitée par une bande de 100m de part et d'autre des criques Aya et Baboune depuis leur confluence (point A) jusqu'à leur source. Les affluents inclus dans la RN de la Trinité sont également pris en compte.
Les cours d'eau sont englobés jusqu'à la courbe de niveau des 200m (scan50 IGN, 2012) qui constitue la limite avec le zonage "Inselberg et mont tabulaire de la Trinité".
Coordonnées des points mentionnés (WGS84, UTM 22 nord):
A (225253m; 508137m)
