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La ZNIEFF des Lagunes et de la Plage de Monjoly (type I) se situe en bord de mer entre le Mont Bourda et Montravel.
En dehors de la plage de Montjoly, elle est principalement constituée d'une lagune (Salines de Montjoly) d'une longueur d'environ 2 kilomètres et d'une largeur variant de quelques dizaines de mètres à 250 mètres, s'étendant ainsi sur environ 35 ha entre deux cordons dunaires.
Cette ZNIEFF présente en effet une association remarquable de milieux liés aux rivages de Guyane : plages et dunes récentes à végétation herbacée, fourrés arbustifs et forêt xéro-mésophile sur cordon dunaire, mangroves, lagune, marais à végétation herbacée.
Du bord de l'océan vers l'intérieur, on suit ainsi un gradient croissant d'hydromorphie et décroissant de salinité. Les sols évoluent avec un enrichissement en matière organique, passant d'un substrat totalement minéral (sable) à une tourbe acide (pégasse) sur laquelle se développent les marais.
Sur les plages et les dunes, la végétation rampante est caractérisée par un petit nombre d'espèces, pantropicales pour la plupart. Leur croissance rapide leur confère un important pouvoir colonisateur, permettant la fixation presque immédiate des cordons sableux. Citons principalement des Fabacées : Ipomoea pes-caprae et Ipomoea stolonifera, Canavalia maritima, Centrosoma brasilianum, Vigna luteola. Un autre groupement herbacé mais non rampant peut également y être observé avec, pour les espèces les plus fréquentes, Mariscus ligularis, Remirea maritima, Crotalaria retusa, Indigofera hirsuta, Cnidoscolus urens, Ipomoea tiliacea, Ipomoea mauritiana (commune ici alors qu'elle reste peu courante par ailleurs sur les rivages sableux de Guyane), Hyptis mutabilis, Borreria verticillata, Nepturia plena, Solanum subinerme, ainsi que l'espèce patrimoniale Crudia tomentosa.
Cette formation herbacée évolue en contrebas du cordon dunaire vers un faciès de fourrés arbustifs de 2 à 4 mètres de haut, transitoire avec la formation arborée. Les espèces les plus communes sont Hibiscus tiliaceus, aux fleurs à corolle distinctive ainsi que son écorce se déchirant en bande, l'amandier pays (Terminalia catappa), Machaerium lunatum, Muellera frutescens, Lugwigia octovalvis, Stigmaphyllon bannisteroïdes, Cordia curassavica, Cratavea tapia, et le prunier zicaque (Chrysobalanus icaco). Dodonaea viscosa, présent également dans ce groupement, est un petit arbuste peu commun sur le littoral guyanais. En lisière avec la végétation forestière, on trouve de grands cactus cierges (Cereus hexagonus) caracactéristiques.
Le cordon dunaire des Salines de Montjoly est récent et la forêt xéro-mésophile y est donc pauvre en espèces. La voûte relativement basse (15 à 25 mètres) est dominée par le courbaril (Hymenaea courbaril), le bois d’encens (Protium heptaphyllum) formant par endroits un peuplement monospécifique, le palmier awara (Astrocaryum vulgare), Parinari campestris, Tapirira guianensis, Anacardium occidentale, Terminalia lucida, Buchenavia tetraphylla, Eugenia wullschlaegeliana, Myrsine guianensis, Dalbergia ecastaphyllum. La strate moyenne est envahie par Phenakospermum guianensis aux feuilles semblables à celles du bananier et, dans une moindre mesure, par Coccoloba latifolia, le palmier maripa (Attalea maripa), et l’arbre à boulets de canon (Couroupita guianensis). Les lianes sont également très communes comme Entada plystachya et le "palmier liane" Desmoncus sp. Les épiphytes Philodendron acutatum et Monstera andersonii forment de véritables manchons le long des troncs. Une superbe Broméliacée (Bromelia plumieri) terrestre atteignant 2 mètres de hauteur marque la physionomie du sous-bois. Il faut encore noter la présence de Manilkara bidentata, une espèce typique de la forêt primaire de l'intérieur, retrouvée sur le mont Bourda proche et, ici, formant un petit ensemble monospécifique près de l'exutoire.
Plusieurs faciès de mangrove peuvent être rencontrés. En bordure de canal et des plans d'eau libre, une mangrove ripicole à palétuviers gris (Laguncularia racemosa) et blancs (Avicennia germinans), généralement typiques du front de mer, colonise les bancs de vases en espèces pionnières héliophiles.
Par endroits, la mangrove à palétuvier blanc forme des peuplements âgés monospécifiques, pouvant atteindre 20 mètres de hauteur, indiquant une étroite relation avec l'océan dans la partie proche de l'exutoire. Parmi les palétuviers, on trouve la grande fougère Acrostichum aureum et une Apocynacée lianescente Rhabdadenia biflora,
Dans les secteurs plus saumâtres, se développe une mangrove à palétuvier rouge (Rhizophora racemosa), formant parfois des peuplements denses monospécifiques pouvant atteindre une quinzaine de mètres de hauteur. Sur les racines-échasses des Rhizophora, poussent l’orchidée Dimerandra emarginata et la fougère Pleopeltis polypodioides var. burchellii.
L'arrière-mangrove, sur des argiles marines consolidées et salées, est le domaine du marais à Eleocharis mutata (ou lagune) qui couvre la majeure partie de la ZNIEFF. Cette formation précède l'installation des marais côtiers d'eau douce. La mort progressive des palétuviers, entraînée par l'apport d'eau douce en saison des pluies, marque le début d'une accumulation de matière organique en surface. La végétation herbacée qui s'y installe, encore pauvre en nombre d'espèces, est dominée par la Cypéracée Eleocharis mutata. Celle-ci fait preuve d'une grande tolérance à la salinité. C'est une plante grande productrice d'acide humique qui colore l'eau en brun foncé. Elle contribue également à la formation de tourbe, participant ainsi au comblement du milieu. Sur les berges, on peut noter également Cyperus articulatus, Sporobolus virginatus, Macherium lunatum, quelques moucous-moucous (Montrichardia arborescens), des pruniers-zicaques (Chrysobalanus icaco), et dans les zones d'eau libre, des nénuphars Nymphaea cf. rudgeana, des lentilles d'eau (Lemna cf. minor) et des jacinthes d'eau (Eichhornia crassipes).
Vers les plans d'eau les plus éloignés de l'exutoire, à l'est des Salines, les sols sont constitués d'argiles marines pratiquement dessalées lors de la saison des pluies et recouverts d'une épaisse couche de pégasse. La flore s'enrichit par rapport à la formation précédente. La physionomie est marquée par l'existence d'un tapis dense herbacé flottant avec la pégasse sur une hauteur d'eau variable selon la saison. De petits tapis herbacés ceinturent ainsi les plans d'eau où se mêlent de nombreuses espèces de Cypéracées, Eleocharis intersincta, E. mutata, Rhynchospora sp. pl., de Poacées, Panicum maximum, ainsi que d'Onagracées, Ludwigia sp., et Marantacées, Thalia geniculata.
Cet ensemble de végétation marécageuse et côtière est donc remarquable avec la présence, entre autres, des cactus cierges (Cereus hexagonus) et d'une forêt basse caractéristique des cordons dunaires. De plus, les cordons littoraux sableux étant rares en Guyane, les formations basses sur sables sont souvent relictuelles.
La Plage de Montjoly constitue le site de ponte pour les tortues marines le plus important pour l'île de Cayenne. On y retrouve les 4 espèces principalement la tortue luth (Dermochelys coriacea) et la tortue olivâtre (Lepidochelys olivacea). Dans une moindre mesure, la tortue verte (Chelonia mydas) et la tortue imbriquée (Eretmochelys imbricata) viennent y pondre également.
L'étang abrite encore quelques beaux spécimens de caïmans à lunettes (Caiman crocodilus) et du boa Epicrates maurus. Pour les amphibiens, notons encore la présence, dans le marais, de l'espèce patrimoniale Hypsiboas raniceps et surtout de Pipa snethlageae connu seulement de trois localités autour de Cayenne.
Concernant l'avifaune, la plage de Montjoly et la lagune sont le lieu d'accueil de nombreuses espèces d'oiseaux d'eau, en particulier les Ardeidés littoraux, l'ibis rouge (Eudocimus ruber), ainsi que des migrateurs comme la sarcelle à ailes bleues (Anas discors) et les limicoles nord-américains. Une espèce de passereau migratrice peu courante y a été observée, le tangara vermillon (Piranga rubra). La buse buson (Buteo aequinoctialis) chasse régulièrement les crabes sur la plage.
Malgré son enclavement dans l'agglomération de l'île de Cayenne, la lagune et la mangrove à palétuviers rouges abritent toujours quelques mammifères remarquables comme la loutre géante (Pteronura brasiliensis), la loutre néotropicale (Lontra longicaudis), mais aussi quelques chauves-souris ripicoles comme Rhynchonycteris naso et Noctilio leporinus.
La Lagune de Montjoly est depuis toujours le déversoir naturel des eaux pluviales des versants ceinturant Rémire-Montjoly, et joue ainsi un rôle régulateur très important dans l'écoulement des eaux. Cette zone marécageuse a connu une évolution importante depuis une dizaine d'années : la surface en eau libre considérable à l'époque, a diminué en raison du développement d'une végétation herbacée de milieu humide envahissante. Les lentilles et jacinthes d'eau, ainsi que la Poacée Panicum maximum, témoignent ici de l'eutrophisation de l'écosystème. Le canal de Montravel qui servait d'exutoire et de trop plein ne permet plus actuellement aucun écoulement et le lac voit ainsi son niveau d'eau monter sensiblement en saisons des pluies et lors des fortes marées. Des prélèvements de sable sont alors effectués dans le cordon afin d'éviter l'inondation de certaines maisons riveraines, mais entrainent ensuite un assèchement de la lagune et des conséquences importantes sur les équilibres biologiques du lac. L'urbanisation résidentielle autour de la lagune entraine également une pollution bactériologique non négligeable par le rejet des eaux usées, même si le milieu semble montrer une forte capacité à l'auto-épuration (lentilles et jacinthes d'eau). Panicum maximum est indicatrice des charges en nitrates et phosphates. Cette Poacée se retrouve ici avec une forte biomasse en aval des petites criques (principales entrées d'eaux pluviales à l'est des Salines).
En outre, les évolutions dynamiques du trait de côte provoquent actuellement une forte érosion de la plage conduisant à une diminution notable de la surface naturelle de cette ZNIEFF. Des projets d'aménagement existent en vue de régulariser le fonctionnement hydrologique, afin de trouver un équilibre écologique tout en limitant les risques d'inondation.
Afin de soustraire cette zone à la pression urbaine, le Conservatoire du Littoral a acquis 16 ha des secteurs les plus fragiles et souhaite favoriser l'accès du public.
La ZNIEFF inclut la lagune et la plage de Montjoly. Ainsi:
N: Le zonage s'étend sur la plage jusqu'au Mont Bourda, en étant limité par les zones d'habitations.
E: La limite de la zone inclue toute la plage, du pied du Mont Bourda aux rochers au pied de Montravel.
S: La zone s'arrête au pied des rochers marquant le début de la ZNIEFF "Côte rocheuse et colline de Montravel".
W: La limite longe les zones urbanisées des quartiers (du nord au sud:) Mont Bourda, Colibri, Almaric, Stanis, Nénuphars, Balisiers, Poupon, Eutrope, Amaryllis, Ste Rita et l'écloserie, les Mouettes et Montravel.
