La ZNIEFF de la Haute vallée de Sinnamary (type II) est située à 40 km en amont du lac de barrage de Petit-Saut. Elle inclut la majeure partie du cours supérieur du fleuve Sinnamary sur une longueur de 50 km environ.
Dans ce secteur, le fleuve méandre sur des terrains métamorphiques, éruptifs et /ou d’origine volcanique (migmatites, diorites, granodiorites), les filons de dolérite étant responsables de nombreux sauts.
Les principaux milieux de cette ZNIEFF sont constitués de forêts inondables, ripicoles et marécageuses, ainsi que d'une végétation liée aux affleurements rocheux des nombreux sauts qui ponctuent la rivière.
Les rochers des sauts sont colonisés par plusieurs espèces. Dans les parties abritées, on rencontre Henriettea succosa, Calliandra surinamensis, Rhynchospora reptans, Panicum laxum, Sauvagesia erecta et Oldenlandia lancifolia. Dans le courant, on trouve particulièrement les Podostemaceae dont les espèces aux larges feuilles souples et résistantes sont bien adaptées à ce milieu. En amont du saut, la salade-coumarou (Mourera fluviatilis) est très abondante. En aval, on retrouve d'autres espèces de la même famille du genre Apinagia.
Les forêts marécageuses sont composées de Symphonia globulifera, Caryocar microcarpum, Eschweilera pedicellata, Lecythis corrugata et Couratari gloriosa. Le sous-bois est particulièrement riche en monocotylédones avec Rapatea paludosa et Rapatea ulei, plusieurs Marantacées, Heliconiacées et Arecacées comme Geonoma baculifera.
Les forêts inondables sont dominées par Quararibea lasiocalys et Heliconia acuminata. Le sous-bois est pauvre avec peu d'espèces adaptées à des submersions plus ou moins longues, comme Psychotria racemosa, Leandra agrestis. Les Ptéridophytes semblent bien adaptées à ce milieu, avec notamment la présence d’Adiantum windischii (Pteridaceae seulement connue à ce jour dans les bassins du Sinnamary et de la basse Mana) et de Thelypteris juruensis (Thelypteridaceae déterminante, relativement rare et présente dans la moitié sud de la Guyane). Les épiphytes peu nombreuses indiquent que ce milieu a un renouvellement rapide et sa durée de vie ne permet pas l'installation de ce type de plantes.
Cette région reste peu connue floristiquement. Toutefois près de quarante espèces déterminantes y ont déjà été recensées dont certaines particulièrement rares : Guatteria richardii (Annonaceae), Licania reticulata (Chrysobalanaceae), Miconia cacatin (Melastomataceae), Clidemia granvillei (Melastomataceae), Paullinia plagioptera (Sapindaceae).
Commelina obliqua (Commelinaceae) n'est à ce jour connue en Guyane française que d'une collecte ancienne sur le Saut Parasol.
Du point de vue faunistique, les inventaires ont porté plus particulièrement sur les poissons. Parmi eux, citons la présence de Nannacara aureocephalus, espèce endémique de Guyane ainsi que plusieurs autres espèces déterminantes : Lithoxus planquettei, Corydoras amapaensis, Corydoras heteromorphus, Hyphessobrycon simulatus, Leporinus fasciatus, Leporinus gossei, Microcharacidium eleotrioides, Chilodus zunevei.
Au niveau de l'avifaune, ce secteur s'illustre par la présence de grandes espèces liées aux rivières intérieures de bonne qualité : Onoré fascié (Tigrisoma fasciatum), Bihoreau blanc (Pilherodius pileatus), Héron cocoi (Ardea cocoi), Caurale-soleil (Eurypyga helias).
Le cours du Haut Sinnamary abrite également de petites populations d'Hoazin huppé (Opisthocomus hoazin), une espèce relictuelle devenue très rare en Guyane.
Les inventaires ONCFS/Kwata ont montré de belles populations de grands mammifères parmi lesquels les deux espèces de loutre (Pteronura brasiliensis et Lontra longicaudis), le Tapir (Tapirus terrestris), le jaguar (Panthera onca) et plusieurs espèces de singes tels que le singe Atèle (Ateles paniscus), le singe hurleur (Alouatta maconelli) ou le Saki à face pâle (Pithecia pithecia).
Cette ZNIEFF ne subit pas les perturbations du lac du barrage de Petit-Saut en aval. Elle apparaît donc comme une réserve de peuplement ichtyologique de grand intérêt.
La ZNIEFF de la haute vallée du Sinnamary est délimitée de la manière suivante :
S : Au Sud, la ZNIEFF est délimitée par une ligne distante de 1 km de part et d'autre du Sinnamary, du point A de confluence avec la crique Neptune au point B, situé en aval du point de confluence avec la crique Alaparoubo.
E : A l’Est, la limite suit un affluent du Sinnamary, depuis un point situé en ligne droite à environ 500m de son point de confluence avec le Sinnamary jusqu’à sa source (point C). La limite est continue ensuite par le talweg situé entre les points C et D, source d’un autre affluent du Sinnamary, que la limite suit alors jusqu’à sa source (point E). La délimitation de la ZNIEFF continue par le talweg menant au point F, source d’un affluent du Sinnamary, puis par cet affluent jusqu’à sa source (point G). La ZNIEFF poursuit ensuite en ligne droite jusqu’au point H, source d’un affluent du Sinnamary, que la limite longe jusqu’à son point de confluence avec le Sinnamary. La limite est de la ZNIEFF se termine en longeant la rive gauche du Sinnamary jusqu’au point I, point de confluence avec un autre affluent, situé en aval du Saut Dalles.
W : A l’Ouest, la ZNIEFF est délimitée par cet affluent jusqu’à sa source (point J), puis par le talweg qui rejoint le point K, situé sur un affluent de la crique Saül et enfin par cet affluent jusqu’au point L. La limite ouest de la ZNIEFF suit ensuite le talweg menant au point M, situé sur la crique Saül, que la limite suit ainsi que l’un de ses affluents jusqu’au point N. La limite ouest emprunte ensuite le talweg situé entre les points N et O, puis l’affluent du Sinnamary entre les points O et P ; puis prend de nouveau un talweg jusqu’au point Q, suit l’affluent du Sinnamary qui s’étend entre les points Q et R et enfin prend le talweg situé entre les points R et S et poursuit le long d’un autre affluent du Sinnamary jusqu’au point T. Enfin, la limite se poursuit par le talweg du point T au point U, puis suit un affluent du Sinnamary jusqu’à sa source (point V) et emprunte un dernier talweg jusqu’au point W. A partir du point W, la limite forme un coude qui passe par le point côté 81, et de là se retrouve de nouveau à environ 1km du Sinnamary.
Coordonnées des points mentionnés (WGS84, UTM 22 nord):
A (268335m; 449162m) - B (289871m; 489624m) - C (293499m; 489637m) - D (294406m; 490275m) - E (293492m; 497061m) - F (293534m; 497899m) - G (291983m; 502850m) - H (292211m; 503466m) - I (287385m; 506596m) - J (285626m; 504387m) - K (285660m; 503626m) - L (286450m; 503134m) - M (286360m; 502261m) - N (286588m; 501347m) - O (287773m; 500634m) - P (286027m; 498633m) - Q (285924m; 497040m) - R (286942m; 496652m) - S (287613m; 495814m) - T (286852m; 494845m) - U (287405m; 493522m) - V (286720m; 491092m) - W (287620m; 490683m)