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Cirque habité et fortement développé au niveau agricole, Cilaos a connu de nombreuses dégradations de sa faune et de sa flore, particulièrement en basse altitude. Toutefois, et malgré l'érosion active, les remparts sont encore bien conservés et accueillent des reliquats de forêt mésotherme et semi-xérophile. On y trouve des ligneux rares et menacés ainsi que de nombreux oiseaux endémiques et 2 des 3 espèces de papillons protégés de l'île. Le cirque abrite donc en basse altitude des reliques très menacées de végétation semi-sèche et en altitude des milieux en bon état de préservation.
Les 4 séries phytoécologiques décrites par Thérésien Cadet sont observables sur le gradient altitudinal : oligotherme, mésotherme hygrophile, mégatherme hygrophile, mégatherme semi xérophile.
19 ZNIEFF de type 1 décrites dans cette ZNIEFF de type 2 (cf. fiches).
Le cirque connaît aujourd'hui un développement touristique important privilégiant les activités de pleine nature.
Les cirques de par leur inaccessibilité ont moins été touchés par les activités humaines au début de la colonisation de l'île, mais ce sont rapidement développés par la suite. Ce sont des enclaves humaines au cœur des forêts des hauts de l'île. Les îlets habités ont été exclus de la ZNIEFF.
