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Ilot situé dans la partie sud-est du lagon et couvert d'une végétation dégradée. Il est géré par le Conservatoire du Littoral. La ZNIEFF est documentée principalement sur son avifaune et accessoirement sur les tortues marines et la flore. Elle accueille deux espèces patrimoniales nicheuses, le phaéton à bec jaune et le martinet noir africain. Ces deux espèces sont déterminantes pour le classement ZNIEFF.
L’îlot Bandrélé est le seul site avéré de reproduction pour le Martinet noir africain classé « En danger » de disparition à Mayotte. 8 à 12 couples de phaéton à bec jaune seraient nicheurs. Il accueille également plusieurs espèces de limicoles dont la sterne voyageuse et la sterne huppée qui fréquentent le site pour se reposer et se nourrir.
L’îlot Bandrélé est très fréquenté pour les activités de loisirs (débarquements par kayaks et par bateaux puis pique-niques et PMT : palme-masque-tuba). Les plages sont toutes fréquentées (principalement plaisanciers et opérateurs locaux) même si celle du nord-ouest (« grande plage » abritée) reste le principal site de débarquement. Ces activités humaines sont facilitées du fait de la situation géographique de l’îlot, face à la plage de Sakouli. En effet, deux « bases nautiques » proposent des locations de kayaks au départ de cette plage et permettent de rejoindre l’îlot. Des bivouacs sont également régulièrement organisés sur le site.
