Cours d'eaux permanents constitués de la rivière Bouyouni et ses affluents et milieux humides associés de type ripisylve, forêt marécageuse, prairie humide, marais littoraux et arrière-mangrove. La ZNIEFF est documentée principalement sur sa flore avec 35 espèces déterminantes et sur sa faune aquatique avec 11 espèces déterminantes. On trouve également 3 espèces de reptiles et 3 espèces d'insectes déterminantes.
Ces milieux sont sous pression des activités agricoles (coupes d'arbres, prélèvements d'eau...) en zones rurales et sous pression de la pollution des eaux en zones urbaines.