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La Vallée des Vaux de Cernay constitue une entité naturelle encore bien préservée et relativement diversifiée. Elle se présente comme un continuum de milieux humides de fonds de vallée et de coteaux sablo-gréseux, établissant un lien hydrologique et forestier fonctionnel entre le massif de Rambouillet ouest et la vallée de l'Yvette.
Sa grande valeur patrimonial tient principalement à la présence d'habitats d'intérêt communautaire.
On y trouve notamment une grande mégaphorbiaie eutrophe (code natura 2000 : 6430) et un très beau bas-marais alcalin (code natura 2000 : 7230), ainsi que des grandes surfaces de bois d’aulnes marécageux mésotrophes (code natura 2000 : 91E0).
Forte de ces milieux, cette vallée abrite bon nombre d'espèces rares et protégées du point de vue régional voire national, toutes évoquées dans chacune des Znieff de type I y étant circonscrites.
A noter qu'une partie des prairies humides des Vaux de Cernay font l'objet d'un projet de pâturage extensif destiné à maintenir ou favoriser la diversité entomologique et botanique caractéristique des milieux ouverts de fonds de vallée.
Enfin, au cœur de ce site, au niveau des nombreux chaos gréseux situés autour de l'Etang des Roches, on peut observer plusieurs cortèges bryophytiques tout à fait exceptionnels. Une synthèse de ces données a permis de définir une nouvelle Znieff de type I sur ce secteur particulier.
Enfin, la partie aval de la Znieff, sur les communes de Senlisse et Dampierre, est caractérisée par de grandes étendues de prairies et friches humides souvent pâturées, qui hébergent entre autre la rarissime Renouée bistorte (Polygonum bistorta), ainsi que les deux espèces de Dorines (Chrysosplenium oppositifolium et alternifolium), plantes exceptionnelles et caractéristiques des fossés et suintements.
Le contour de la Znieff s'appuie sur celui de l'ancienne Znieff de type II, en proposant un calage plus précis et systématique sur les limites physiques (chemins notamment) ainsi que sur les lisières forestières, notamment en limite Forêt/zones agricoles, en utilisant les photos aériennes de 2008.
En tant qu'entité liée à la vallée du Ru des Vaux, les boisements situés sur les plateaux limitrophes ont en général été exclus. Un exception cependant, sur le secteur du Bois des Vindrins, qui reste dans la Znieff notamment pour permettre d'inclure aussi le Ru du Val Guérin, affluent du ru des Vaux sur la Commune d'Auffargis.
Les bourgs (Auffargis et Cernay) ont également été exclus, seule la partie urbanisée (plus diffuse) de la Commune de Senlisse reste incluse, pour permettre au périmètre de remonter jusque sur la Commune de Dampierre-en-Yvelines, et d'intégrer une Znieff de sources abritant notamment deux espèces de Dorines.
