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Le vallon du Pommeret regroupe un ensemble homogène de milieux hygrophiles caractéristiques des vallées de l'Yvette amont. Une grande diversité écologique est induite par la juxtaposition de boisements alluviaux, d’anciennes prairies humides et d’une roselière. L'attrait principal est principalement botanique, avec notamment de belles stations de la rarissime Lathrée clandestine (PR) (Lathraea clandestina), espèce d’affinité atlantique qui se trouve ici en limite de son aire de répartition. Protégée en région Ile-de-France la Lathrée clandestine est une petite plante parasite qui se développe sur les berges de rivières en forêt alluviale. Sur le site, de nombreuses stations ont été identifiées de part et d’autre du ru. Certaines d’entre elles sont constituées de populations denses capables de former, certaines années, un véritable tapis végétal sur plusieurs mètres carrés. La sauvegarde des populations de Lathrées clandestines dans ce vallon constitue un enjeu patrimonial de premier ordre pour la préservation de cette espèce en Ile-de-France.L’ambiance humide des sous-bois est également favorable au développement d’autres espèces peu communes comme le Dryoptéris écailleux (Dryopteris affinis subsp.borreri).
Les milieux ouverts semblent être plus propices à la faune, comme en témoigne la nidification de la Rousserolle verderolle (PN) (Acrocephalus palustris). Fauvette paludicole, cette espèce rare en Ile-de-France nidifie ici dans l'une des dernières grandes roselières de la haute vallée de l’Yvette.
A noter une espèce déterminante non revue depuis 1990 (pas de mention récente), l’Orchis négligé (PR) (Dactylorhiza praetermissa) se développait ici dans les sous-bois situés au niveau de l’émergence de la nappe des sables de Fontainebleau. Protégé en Ile-de-France, l’Orchis négligé reste une plante rare et menacée.
La délimitation proposée tient compte de la répartition des espèces végétales et animales remarquables, des habitats qui leur sont associés et de la fonctionnalité de cette zone humide de fond de vallée (écretage des crues, entité écologique cohérente). Certains milieux avoisinants présentant les mêmes caractéristiques écologiques ont été retenus en considérant leur potentialité pour les espèces déterminantes. Les espaces urbanisés ou trop fortement anthropisés ont été exclus du périmètre. Pour faciliter l’interprétation cartographique, certaines limites de la znieff sont calquées sur des limites administratives, sur des sentiers forestiers et sur des lignes de niveau.
