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La Vallée alluviale du Rhodon intègre un ensemble de milieux tourbeux patrimoniaux (aulnaies marécageuses, bas-marais, mégaphorbiaies, roselières, mares...). Elle comporte également en tête de la vallée une grande zone humide propice à bon nombre d'espèces d'oiseaux : l'étang des Noës.
Depuis les fonds tourbeux de Port Royal des Champs, jusqu'aux limites de l'urbanisation dans la vallée plus en aval (quartier du Rhodon sur la Commune de Chevreuse), la vallée présente un continuum encore assez marqué de grandes prairies et zones humides ouvertes, gérées par le pâturage.
Si le pâturage équin est très présent, notons plusieurs prairies gérées par la fauche ou l'élevage bovin, ainsi qu'une grande prairie tourbeuse, la Gravelle (inscrite en ZSC), sur laquelle s'applique une gestion conservatoire à l'aide d'animaux rustiques (Highlands cattle et chevaux camarguais).
Les coteaux sont tous boisés jusqu'au haut des pentes, abritant quelques ravins forestiers riches en fougères.
A noter également la présence de gîtes anthropiques favorables aux Chiroptères ainsi qu'un milieu sablo-calcaire remarquable pour ces vallées: la pelouse de Champfailly (gérée par l'ONF). Les spécificités faunistiques et floristiques de cette vallée sont détaillées dans chacune des Znieff de type I la composant.
Le périmètre tracé inclus l'ensemble du tracé du Rhodon depuis l'Etang des Noés en amont, sur le plateau de Trappes ("sources" du Rhodon) jusqu'à la limite de l'urbanisation (hameau du Rhodon sur la Commune de Chevreuse en aval).
Dans la mesure du possible, les limites sont calées au plus près des versants de la vallée, en suivant des éléments facilement identifiables sur le terrain, comme les chemins forestiers, les routes, ou éventuellement des ruptures de végétation (lisières..). Dans ce cas le tracé est effectué en prenant comme référentiel la photographie aérienne de 2008.
