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La vallée de la Juine présent u intérêt certain tant pour le fond de vallée que pour ses versants.
Le fond de vallée se démarque par sa richesse en zones humides composées de marais, de prairies humides, de roselières, d’étangs et canaux et de boisements humides. La zone humide, qui s'étend le long de la rivière Juine, regroupe une variété d’habitats allant des formations pionnières présentes au niveau des berges des pièces d'eau, des roselières et cariçaies, jusqu'aux milieux boisés humides à tourbeux ; plusieurs de ces habitats sont en bon état de conservation (flore diversifiée et caractéristique). Ils permettent à une flore et une faune diversifiées de se développer. Parmi les espèces recensées, plusieurs présentent un intérêt certain (espèces déterminantes et/ou protégées). Tous les groupes (plantes, mammifères, poissons, amphibiens, reptiles et insectes) sont représentés. Le fond de vallée présente pour de nombreuses espèces un lieu de quiétude.
Les coteaux de la vallée présente également des habitats remarquables malgré une urbanisation et un développement d'infrastructures importants.
Les milieux diversifiés vont de la pelouse sur sables xériques jusqu'à la hêtraie calcicole, formation forestière rare en Essonne et en Île-de-France. Tout comme précédemment ces habitats hébergent des espèces rares, déterminantes et/ ou protégées. Là encore ces habitats accueillent une faune variée. Tous les groupes sont présents mais les plus fréquents concernent l’avifaune et les insectes.
Ces coteaux sont parsemés d'anciennes carrières d'exploitation du calcaire et des sables de Fontainebleau qui regroupe une flore et une entomofaune riche et diversifée. Plusieurs d’entre elles sont classées en ZNIEFF de type 1.
Les secteurs humides sont principalement menacés par l’urbanisation (fréquentation excessive, pêche avec cabanons, camping) et leur assèchement. L’arrêt de pratique pastorale engendre une fermeture progressive des milieux ouverts.
Les limites de la ZNIEFF permettent de prendre en compte l'ensemble des espaces et des espèces remarquables. Cette unité inclut le cours de la Juine et les milieux attenants (marais, boisements, prairies, pâtures…). Elle englobe plusieurs boisements qui sont utilisées pour le déplacement de la faune dont l’arc boisé constitué par le Bois du Potron, le Bois des Roches, la Forêt Régionale de Cheptainville, le Bois de Mongriffard, le Bois de Panserot, le Bois l’Abbé. Elle intègre aussi la vallée dite « les Vaugibourg » et les forêts régionales d’Étrechy et de Saint-Vrain et les boisements connexes.
Le périmètre de la ZNIEFF est délimité selon les contours des boisements, des pâtures, des prairies et des berges de la Juine. Le contour de la zone est établi de manière à exclure les zones fortement anthropiques (habitations, bâtiments, zones d’activités, complexes sportifs notamment) et dans la mesure du possible les axes de déplacement (routes, autoroutes). Lorsque le périmètre de la ZNIEFF s’appuie sur des routes ou des autoroutes, la bande de roulement (asphalte) est exclue de la ZNIEFF. Les bermes et les accotements sont inclus dans le périmètre de la ZNIEFF. Il en est de même pour les cours d’eau dont le lit et les rives sont incluses.
