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La ZNIEFF est constitué de 2 unités afin de pouvoir prendre en compte l'ensemble des espaces et espèces remarquables. La première concerne le cours de la Seine et les milieux connexes. La seconde concerne les étangs situés sur les communes de Viry-Châtillon et Grigny, en rive gauche de la Seine. La ZNIEFF inclut ainsi tous les secteurs d’intérêt écologique et les milieux connexes qui jouent un rôle reconnu in situ auprès de la faune. L’intérêt de la ZNIEFF est tant floristique que faunistique. Elle regroupe de nombreuses plantes déterminantes dont certaines protégées au niveau national et au niveau régional, et des espèces faunistiques déterminantes dont plusieurs protégées (chiroptères, oiseaux, insectes notamment). Ce cortège floristique s'enrichit fréquemment d'espèces considérées comme très rares à assez rares (plus de 75 recensées au sein de la ZNIEFF).
L’entité naturelle de la vallée de la Seine, située au nord-est du département de l’Essonne, s’étend sur plus de 26 km.
La vallée de la Seine s’ouvre entre des coteaux entaillés dans le plateau de Brie et surmontés par de grands ensembles boisés (forêts de Rougeau et de Sénart). Le fond de vallée est occupé par une urbanisation très dense avec les agglomérations d’Évry et de Corbeil-Essonnes notamment.
Toutefois, il subsiste des espaces non urbanisés. Il s’agit de boisements, de prairies, de pelouses, d’anciens sites industriels, d’anciennes sablières ou des parcs de châteaux. Ces espaces abritent des milieux naturels intéressants (ripisylves, frayères, friches, espaces agricoles, boisements, mares, étangs…) bien que souvent rudéralisés.
Bien que très affectée par le développement de l’urbanisation (agglomérations d’Évry et de Corbeil-Essonnes) et des voies de communication (N7, voie ferrée), cette portion de la vallée n’en constitue pas moins l’un des principaux corridors écologiques du département. C’est pourquoi elle a été retenue comme « Pôle naturel majeur » en mai 2005 par l’Assemblée départementale dans le cadre de sa nouvelle « Stratégie de préservation et de valorisation des espaces naturels et paysagers ».
La vallée de la Seine et ses abords bénéficient de plusieurs périmètres d’inventaires et de protection au titre de sa valeur paysagère et architecturale (châteaux et monuments) et de sa valeur écologique.
Certains sites naturels du secteur font l’objet d’une protection, d’une gestion et/ou d’une valorisation par différents acteurs. C’est le cas du Bois Chardon, propriété de l’Agence des Espaces Verts de la Région d’Île-de-France. Le Conseil général de l’Essonne s’est engagé dans la conservation de deux sites majeurs de la vallée de la Seine : la plaine des Coudrays à Etiolles et le coteau des Vignes à Athis-Mons.
Elle abrite également un arrêté préfectoral de protection de biotope (crée le 21/06/1999) : la Fosse aux Carpes, d’une surface de 26 ha environ. Il s’agit d’une ancienne sablière, aujourd’hui enserrée dans un contexte de forte urbanisation. Le site est en contact direct avec la Seine, à laquelle il est relié par un chenal. La Fosse aux Carpes comprend un vaste plan d’eau central, incisé par deux presqu’îles et une île boisées. Du point de vue botanique les inventaires ont permis de confirmer la présence d’une flore riche en terme quantitatif et parfois qualitatif, notamment par la présence de la Leersie faux-riz (Leersia oryzoides), très rare, déterminant et protégé au niveau régional, et la Prêle de Moore (Equisetum x moorei), exceptionnelle en Île-de-France.
Les cours d’eau de cette ZNIEFF présentent des berges relativement artificialisés. Trois espèces de poissons déterminants (Brochet, Bouvière, Able de Heckel) sont inventoriées dans la Seine.
Les limites de la ZNIEFF permettent de prendre en compte l'ensemble des espaces et des espèces remarquables. Cette unité inclut le cours de la Seine et les milieux attenants (boisements, prairies, friches…). Elle englobe également quelques pâtures et des cultures (très rarement) qui sont utilisées pour le déplacement de la faune.
Le périmètre de la ZNIEFF est délimité selon les contours des boisements, des pâtures, des prairies et des berges de la Seine. Le contour de la zone est établi de manière à exclure les zones fortement anthropiques (habitations, bâtiments, zones d’activités, complexes sportifs notamment) et dans la mesure du possible les axes de déplacement (routes, autoroutes). Lorsque le périmètre de la ZNIEFF s’appuie sur des routes ou des autoroutes, la bande de roulement (asphalte) est exclue de la ZNIEFF. Les bermes et les accotements sont inclus dans le périmètre de la ZNIEFF. Il en est de même pour les cours d’eau dont le lit et les rives sont incluses.
