Les anciens boisements de chêne du Bois de Vincennes présentent un intérêt pour les coléoptères et les chiroptères. La mise en place d'une fauche tardive a permis le développement récent d'une entomofaune des milieux prairiaux. Outre l'Alisier de Fontainebleau (protection nationale), les autres plantes remarquables sont le plus souvent recensées au sein de milieux artificiels : jardin d'Agronomie, Réserve ornithologique… ou de milieux temporaires (jachères, friches…).
Les limites sont calées sur le pourtour du Bois de Vincennes en excluant les milieux très anthropisés. Sont inclus des terrains de sport s'ils bénéficient d'une gestion différentiée sur leur pourtour (fauche tardive). Le Parc zoologique, le Parc floral, l'École d'horticulture et le jardin d'Agronomie tropicale sont inclus de par leur intérêt faunistique.