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Les deux gîtes d'hibernation identifiés sur le domaine de Port-Royal-des-Champs abritent, durant l'hiver, cinq espèces de chauves-souris réunissant une quarantaine d'individus. Parmi celles-ci, le Grand Murin (PN/DH/AR) (Myotis myotis) est certainement l'espèce la plus remarquable. Dans presque toute l'Europe, il est considéré comme menacé et son aire de distribution tend localement à se restreindre, ce qui lui vaut d'ailleurs de figurer à l'annexe II de la Directive Européenne " Habitats ". En région Ile-de-France, la population hivernante connue est d'environ 220 individus et aucune colonie de reproduction n'a encore été localisée. Cette grande espèce, particulièrement sensible au dérangement, occupe préférentiellement des gîtes hivernaux spacieux comme les cavités souterraines où elle recherche habituellement les fissures pour se loger. Une colonie de reproduction comportant une centaine de femelles a été découverte en 2008 dans le Parc naturel régional de la Haute Vallée de Chevreuse. Il s'agit de la seule colonie connue actuellement en île-de-France.
L'Oreillard roux (PN/AR) (Plecotus auritus) est également peu fréquent en Ile-de-France puisque la population régionale hivernante connue est de seulement 75 individus. Ses gîtes d'hibernation sont de taille plus modeste et cette espèce peu frileuse s'accommode fréquemment d'une petite cave. Arboricole, la majeur partie des effectifs hibernants est probablement installée dans des cavités d'arbres.
Le Murin de Daubenton (PN/R) (Myotis daubentonii) est sans doute l'espèce la plus étroitement liée aux zones humides. Peu exigeante sur la nature des gîtes hivernaux, elle fréquente aussi bien de vastes carrières souterraines que la voûte d'un pont où elle se colle le long des parois, souvent à découvert. L'hygrométrie constitue en revanche un facteur déterminant dans le choix des sites, et elle ne s'installe jamais dans les secteurs où l'air est sec. La population régionale hivernante est estimée à quelque 235 individus. Une colonie de reproduction réunissant une soixantaine d'individus est connue dans le Vexin français (Val d'Oise).
Le Murin de Natterer (PN/AR) (Myotis nattererii) est une espèce encore très méconnue en raison de ses moeurs discrètes. Cette petite espèce, plutôt forestière, est en effet considérée comme " fissuricole ". A l'instar du Grand Murin, elle affectionne particulièrement les fissures étroites et autres interstices dans lesquels elle se dissimule profondément et passe souvent inaperçue. Ses gîtes hivernaux sont de nature très variés (carrières, ponts, caves, souterrains). La population régionale hivernante connue est de 210 à 220 individus mais elle est probablement sous-estimée pour les raisons évoquées précédemment. Une seule colonie de reproduction est connue en Ile-de-France sur la commune de Ponchartrain dans les Yvelines. Le site de Port-Royal des Champs, situé à une dizaine de kilomètres de ce gîte de mise-bas, pourrait abriter une partie des individus de cette colonie durant l'hiver.
Le Murin à moustaches (PN/AR) (Myotis mystacinus) bien qu'également en voie de raréfaction est toutefois beaucoup moins rare que les espèces précédentes. En hiver, cette petite espèce apprécie les petites cavités (grottes, caves, petits tunnels). La population régionale hivernante connue est d'environ 480 individus mais aucune colonie de reproduction n'a encore été localisée.
A l'échelle régionale, les gîtes d'hibernation du domaine de Port-Royal-des-Champs constituent un site de grand intérêt pour la préservation des chiroptères (effectif de population et diversité spécifique). Il est par ailleurs l'un des derniers sites des Yvelines à abriter encore le Grand Murin. Enfin, il constitue un gîte probable d'hivernage pour la seule colonie de reproduction connue actuellement en Ile-de-France du Murin de Natterer.
La délimitation proposée tient compte de l'occupation régulière des gîtes par les chiroptères. Les autres gîtes des communes concernées qui abritent de façon irrégulière et toujours en très faible effectif des chiroptères, n'ont pas été pris en compte dans cette délimitation. Eloignés d'une centaine de mètres seulement, ces deux gîtes constituent un réseau tout à fait fonctionnel pour l'hibernation et le transit des espèces observées. Il s'agit par conséquent d'une znieff de type polynucléaire constituée par deux entités distinctes présentant de fortes similitudes (nature du gîte, composition spécifique du peuplement de chiroptères). Au niveau cartographique, l'emplacement de ces petits caveaux est symbolisé à l’aide d’un triangle. Lors de la séance du 29/09/2011, le CSRPN a recommandé une représentation moins symbolique des gîtes à chiroptères, en traçant notamment le périmètre des bâtiments dont les combles abritent des colonies de reproduction, ou bien l'emprise des réseaux souterrain pour les aqueducs par exemple.
Cependant, dans le cas présents les caveaux sont ponctuels sans développement linéaire sous terre, et aucun bâtiment ne permet de les signaler précisément...
Dans ces cas particuliers de gîtes ponctuels enterrés, la représentation symbolique à l'aide d'un triangle a été maintenue faute de mieux.
