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Cette ZNIEFF englobe toute la partie amont du Ruisseau des Fonds, depuis la limite du plateau agricole (Gometz-la-Ville) jusqu'à la partie urbanisée au sud sur la Commune de Gif-sur-Yvette. Sur le haut, en plus du ruisseau principal, deux profonds ravins sont taillés dans des argiles à meulières assez compactes, avec de nombreux chaos de gros blocs. Les zones les plus encaissées abritent de très abondantes stations de Polystic à soies (Polystichum setiferum), fougère d'affinité montagnarde favorisée par ces ravins froids exposés au nord. Sur le cour principal du ruisseau, les eaux de pluies qui se déversent depuis le plateau agricole sont suffisamment chargées en carbonates pour créer sur les premiers 50 mètres du ruisseau de petites cascades tuffeuses assez exceptionnelles dans le contexte géologique de la vallée de Chevreuse. Dans la partie basse du site, d'autres petites sources légèrement pétrifiantes sont présentes au lieu-dit Fontaine du Diable. L'ensemble du fond est occupé par une aulnaie-frênaie riche en Groseilliers rouges, en Ail des Ours..., dans laquelle on peut notamment observer le Millepertuis androsème (Hypericum androsaemum) ou la Lysimaque des bois (Lysimachia nemorum).
