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Les pelouses du Bois des Roches sont situées au nord de Puiselet-le-Marais, au niveau d'un plateau et d'un flanc de vallée sèche. Le coteau est majoritairement boisé, entouré de part et d'autre de cultures. Les formations végétales sont établies sur des substrats calcaires où affleurent localement des sables de Fontainebleau. Les pelouses, malgré leur taille souvent réduite, y sont encore riches d'un point de vue floristique.
4 espèces végétales déterminantes sont recensées sur le site.
Les pelouses calcicoles méso-xérophiles, en mosaïque avec les stades d'ourlets se retrouvent principalement au niveau du plateau, en bordure des cultures et des chemins situés au sud du site. Ils sont caractérisés par la présence de la Cardoncelle molle (Carduncellus mitissimus, assez rare), protégée au niveau régional, et de Limodore à feuilles avortées (Limodorum abortivum, rare).
A l'ouest du site, au niveau du rebord de plateau à affleurements rocheux, de petites pelouses xérophiles se maintiennent, sans doute grâce à l'action des lapins, et permettent le développement d'espèces caractéristiques et de fort intérêt patrimonial comme la Violette des sables (Viola rupestris) et la Trinie glauque (Trinia glauca), toutes deux espèces rares et protégées au niveau régional, et la Bugrane naine (Ononis pusilla, rare).
Des données relatives à l'entomofaune existent sur la commune de Puiselet-le-Marais, mais ne concernent pas directement ce site. Il n'en reste pas moins que les espèces déterminantes citées pour des sites voisins, devraient se retrouver également ici.
L'exploitation du bois sur le site permet localement la réouverture des milieux, même si elle se fait par endroit de manière assez drastique et destructrice pour le sol. Les menaces principales restent cependant la fermeture des milieux ouverts et la rudéralisation des pelouses situées au sud du site, en liaison avec l'activité agricole.
La ZNIEFF se limite aux secteurs présentant des milieux ouverts (pelouses et ourlets) en bon état de conservation. Les coupes drastiques de bois sont importantes sur tout le coteau et perturbent considérablement les habitats.
