Les coteaux de Beauregard à l'Echafaud forment un ensemble discontinu de boisements calcicoles entremêlés de cultures, dominant la vallée du Lunain. Leurs lisières, bien exposées, abritent un cortège diversifié d’espèces liées aux pelouses et ourlets calcicoles. La flore héliophile et thermophile qui s’y développe est ici implantée à l’interface entre les boisements et les cultures intensives. 19 espèces floristiques déterminantes ont été dénombrées, dont 6 sont menacées en Île-de-France :
- Le Grémil des champs (Buglossoides arvensis subsp. arvensis), la Koélérie du Valais (Koeleria vallesiana subsp. vallesiana), la Bugrane naine (Ononis pusilla), le Pigamon des rochers (Thalictrum minus subsp. saxatile), considérés comme en danger ;
- La Cuscute du thym (Cuscuta epithymum subsp. epithymum) et la Raiponce délicate (Phyteuma orbiculare subsp. tenerum), classés vulnérables.
La Koélérie du Valais, liée aux pelouses sèches calcicoles sur sol très peu épais, n’est connue en Île-de-France que dans la vallée du Lunain, dans seulement 4 communes après 2000. Ces populations se trouvent isolées de leur foyer principal et pratiquement en limite septentrionale de leur aire de répartition, qui se trouve en Eure-et-Loir.
La plupart des espèces du site sont menacées, aussi bien à l’échelle de la ZNIEFF que de la région, par la fragmentation et la dynamique naturelle de recolonisation forestière. En position résiduelle sur le site, elles s’y maintiennent grâce à une fauche régulière (lutte contre la progression des fruticées).
Aucune espèce floristique patrimoniale n’a été détectée dans les boisements mais ces derniers jouent un rôle essentiel de tampon avec les cultures du plateau situé en amont.