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La chapelle de Saint-Flavy est située au sud de la commune de Marcilly-le-Hayer, à la jonction des routes départementales 54 et 154, au pied d'un coteau escarpé dont la moitié supérieure est occupée par la forêt. La ZNIEFF regroupe les pelouses relictuelles situées sur le talus routier de la D. 154 ainsi que la lisière forestière et le coteau exposé au sud-ouest du Bois l'Abbesse. Elle fait partie de la grande ZNIEFF de type II du massif boisé entre Villadin, Pouy-sur-Vannes, Planty et Pâlis.
Les boisements sont constitués, d'une part par un jeune Carpinion mésoneutrophile (à fétuque hétérophylle, ornithogale des Pyrénées, luzule de Forster et aspérule odorante), une pinède de pins sylvestres et un jeune taillis clair (à chêne sessile, pin sylvestre, bouleau, alisier blanc) et d'autre part, par une chênaie-hêtraie thermophile à limodore à feuilles avortées (orchidée subméditéranéenne, inscrite sur la liste rouge des végétaux de Champagne-Ardenne et n'ayant que deux stations connues dans l'Aube).
Des groupements de lisières thermophiles (relevant du Geranion sanguinei) et de pelouses se sont développés, à la lisière du bois et dans les clairières pour les premières, le long des chemins et sur les talus crayeux pour les secondes. C'est ici que se rencontre une grande partie des espèces rares de la ZNIEFF, dont une protégée en Champagne-Ardenne, le peucédan d'Alsace (dont les localités auboises constituent un îlot très excentré situé à la limite absolue de répartition de l'espèce vers le nord-ouest). Il fait partie de la liste rouge des végétaux de Champagne-Ardenne, de même que le catapode rigide et le Gaillet de fleurot (endémique franco-britannique inscrite sur la liste prioritaire du livre rouge de la flore menacée en France). D'autres espèces de lisières (calament clinopode, genêt pileux, très abondant, buplèvre en faux, coronille bigarée, mélitte à feuilles de mélisse, marjolaine sauvage, violette hérissée) et de pelouses (hélianthème jaune, globulaire, laîche de Haller, thésion couché, coronille naine, germandrée petit-chêne, germandrée des montagnes, anémone pulsatille, lins à feuilles ténues, séséli des montagnes) s'y observent également.
Divers papillons très colorés égayent le site de leur présence, notamment le machaon, l'argus frêle, l'argus bleu céleste, le bleu commun, l'argus bleu nacré, le citron, le paon du jour, le petit nacré, la petite violette... Les Orthoptères sont bien représentés et possèdent cinq espèces de la liste rouge régionale : une sauterelle (l'éphippigère des vignes), le criquet italien, un criquet coloré (l'oedipode bleu turquoise), un criquet chanteur (criquet vagabond) et un criquet géophyte (Tetrix nutans). Ils sont accompagnés par des sauterelles (conocéphale bigarré, decticelle bariolée, decticelle bicolore, decticelle cendrée, sauterelle des chênes, sauterelle ponctuée, grande sauterelle verte), des grillons (grillon champêtre, grillon des bois, grillon d'Italie) et des criquets (criquet des clairières, criquet des pâtures, criquet duettiste...) plus communs. On y rencontre également la mante religieuse, espèce d'origine méridionale. Le lézard vert, en limite d'aire de répartition dans l'Aube, fréquente aussi le site.
La ZNIEFF est dans un bon état général de conservation.
La limite de la ZNIEFF suit les limites des milieux floristiquement intéressants du talus bordant une route départementale et une partie du Bois l'Abbesse.
