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La ZNIEFF des marais de la Salle et des Vaux de Boeuf occupe d'une part un vallon encaissé et orienté nord situé sous la Forêt du Grand Formont et d'autre part plusieurs parties du vallon élargi des Vaux de Boeuf : quatre marais de pente et partiellement de fond de vallon constituent ainsi l'intérêt majeur de la végétation du site. Elle fait partie de la grande ZNIEFF de type II du massif forestier d'Auberive est et sud.
- Sur les pentes, une schoenaie typique à choin noirâtre et une moliniaie (très riche floristiquement) se partagent le territoire. Quelques noyaux de schoenaie à choin ferrugineux sont inclus dans la moliniaie. Des taches de fruticées se remarquent par endroits et en lisière, surtout en haut de pente. Localement la tremblaie est assez bien développée. La lisière à Pteridium aquilinum est bien caractérisée sur le pourtour supérieur du marais. Il s'agit de l'un des rares marais présentant une moliniaie intraforestière bien développée.
- Dans les fonds, sur les encroûtements tufeux, se localise la jonçaie très humide (à linaigrette à larges feuilles, en très forte régression et qui a presque disparu de la plaine française). Aux niveau des chenaux on rencontre la cariçaie mouillée à Carex rostrata (renfermant la linaigrette à feuilles étroites) et sur les marges la saulaie à saule cendrée. Au fond des reculées, on a un remarquable développement de la forêt riveraine (frênaie-érablaie hygrophile).
La végétation très caractéristique est bien adaptée aux conditions particulières des marais tufeux, une douzaine d'espèces rares s'y observent dont le choin ferrugineux, très rare et protégé en France (localisé dans l'est du pays), la swertie perenne, très localisée en plaine, ces deux espèces constituant ici (avec d'autres marais du Plateau de Langres et de Côte d'Or) un îlot très excentré par rapport à leur aire de répartition, l'orchis de Traunsteiner, espèce nord-préalpine qui se trouve surtout dans les montagnes et dans l'est du pays, la grande gentiane jaune dont les stations de Champagne-Ardenne (et de Bourgogne) sont les seules stations de plaine connues en France, l'aconit napel (il s'agit ici de l'une des populations principales de la sous-espèce néomontanum pour la plaine française) et la renoncule à segments étroits. Toutes ces espèces sont protégées au niveau régional et beaucoup sont inscrites sur la liste rouge des végétaux de Champagne-Ardenne, avec également la parnassie des marais, l'orchis incarnat et une petite fougère, l'ophioglosse.
Parmi les libellules et demoiselles fréquentant le site, plusieurs espèces sont remarquables et inscrites sur la liste rouge nationale ou régionale : il s'agit de l'agrion de Mercure, protégé en France et en Europe (convention de Berne), inscrit sur les listes de la directive Habitats (annexe II) et dans le livre rouge de la faune menacée en France (catégorie "en danger de disparition" dans la moitié nord de la France), du cordulégastre bidenté, d'origine montagnarde, rare dans toute la France, du cordulégastre annelé, de la cordulie à taches blanches et de l'orthétrum brun.
Le marais de la Salle est bien conservé, par contre les petits marais intraforestiers, à flore et à faune typiques, étaient beaucoup plus étendus au début du siècle et sont menacés par la fermeture de la forêt . Cette ZNIEFF est néanmoins en bon état de conservation.
La délimitation de la ZNIEFF, éclatée en quatre zones proches, suit les limites naturelles des marais les plus riches.
