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La ZNIEFF des étangs et bois de Lignières et de Saint-Phal est située en Champagne humide, à l'ouest du village de Bernon, dans le département de l'Aube. Etablie sur les couches argilo-sableuses du sud du département, la forêt est riche en secteurs humides (ruisseaux plus ou moins temporaires, mares et étangs de pêche).
Les types forestiers dominants sont très typiques de la Champagne humide : chênaie acidiphile (plus de la moitié de la superficie de la ZNIEFF) et plus localement chênaie-charmaie mésotrophe, chênaie-charmaie acidiphile, forêt linéaire hygrophile de bord des ruisseaux des Courus et de Lignières, bois de bouleaux sur sol paratourbeux (avec de nombreuses sphaignes et mousses), bois de pins dominants avec feuillus (chênes et bouleaux) et callune abondante et plantations résineuses (épicéas et pins mêlés). Les trois derniers types correspondent souvent à d'anciennes landes.
Les boisements sont essentiellement constitués par le chêne sessile, le chêne pédonculé, le pin sylvestre, accompagnés par le charme, l'alisier torminal, le sorbier des oiseleurs, le châtaigner, le bouleau verruqueux, le tilleul à petites feuilles, l'érable champêtre et le tremble. La strate herbacée des bois acidiphiles est caractérisée par la canche flexueuse, le mélampyre des prés, le millepertuis élégant, la laîche à pilules, la luzule des bois, la luzule multiflore... Dans la chênaie-charmaie mésotrophe, la strate herbacée se distingue par la présence d'espèces plus neutrophiles comme par exemple l'euphorbe faux-amandier, la laîche des bois, le sceau de Salomon multiflore, le lamier jaune, la véronique petit-chêne, etc.
Les zones à sphaignes (bois de bouleaux sur sol paratourbeux, moliniaie, chênaie claire à molinie des Bois communaux de Lignières) sont particulièrement riches en ptéridophytes et bryophytes (dont plusieurs espèces rares à très rares observées pour la première fois dans l'Aube). La blechnie en épi (deuxième population du département) et la laîche étoilée y sont fort bien représentées. L'osmonde royale, protégée au niveau régional s'y rencontre également: c'est une des deux seules stations connues actuellement dans l'Aube (découverte en 2002 par Patrice Lanfant).
Les Bois communaux de Lignières abritent une autre fougère protégée sur le plan régional, le polystic des montagnes : présent en France dans les montagnes siliceuses et très rare en plaine, il n'était connu, pour la région, que dans l'Ardenne primaire. Il s'agit de la seule population du département de l'Aube, représentée par deux stations comportant chacune deux à trois touffes de cette espèce (découvertes en 2002 par Patrice Lanfant).
En lisière, le long des chemins forestiers et vers les étangs subsistent des espèces de la lande mésophile à mésohygrophile : on peut ainsi y rencontrer la callune fausse-bruyère, la fougère aigle, la potentille tormentille, la germandrée scorodoine, la laîche vert-jaunâtre, l'épervière en ombelle, la véronique officinale, la luzule de Forster. Le genêt anglais (bénéficiant d'une protection régionale) présent dans le secteur il y a encore une dizaine d'années, n'y a pas été revu récemment.
En bordure des layons forestiers (notamment le long de la Ligne des Bois Brûlés) s'observe une végétation herbacée constituée par la flouve odorante, la fétuque filiforme, la bétoine officinale, le muguet, le lychnis fleur de coucou, l'orchis maculé, la laîche bleuâtre, la laîche des lièvres, la laîche pâle, la véronique officinale, par de nombreuses sphaignes (sphaigne frangée, sphaigne denticulée, sphaigne des marais, sphaigne flexueuse) et en compagnie de Scirpus atrovirens, rare en France et cetainement naturalisé ici. Au niveau de certaines cuvettes, ornières et mares temporaires des chemins se développe, au cours de la phase d'assèchement, un groupement amphibie constitué notamment par le jonc des marécages (protégé en Champagne-Ardenne où il est en très forte régression), la cicendie filiforme, la centenille minime, le jonc des crapauds, le scirpe sétacé, l'érythrée élégante, le gnaphale des mare, le millepertuis couché. Les trois premières espèces sont aussi inscrites sur la liste rouge régionale des végétaux.
Les bryophytes des talus, chemins et ruisseaux temporaires sont également très intéressants, avec certaines espèces rares comme par exmple Calopegia urguta, Cephalozia pleniceps, Trichocolea tomentella, Riccia glauca, Lepidozia reptans, Scapania nemorea, Scapania undulata pour les hépatiques, Sphagnum compactum pour les sphaignes, Fissidens bryoides, Homalia trichomanoides, Pogonatum nanum et Tetraphis pellucida pour les mousses.
Il existe au sud de la ZNIEFF deux étangs de pêche situés l'un à la suite de l'autre : leur pourtour ainsi que les rives sont très fragilisés par la pratique de la pêche. Leurs eaux mésotrophes portent une végétation flottante de petite lentille d'eau et de callitriche des eaux stagnantes. Des peuplements de grands hélophytes et des roselières se remarquent çà et là : typhaie (à massette à larges feuilles et massette à feuilles étroites), scirpaie à scirpe des lacs, ceintures internes à rubanier rameux et à joncs épars et jonc à tépales aigus. Des communautés amphibies se remarquent çà et là : on y observe le jonc couché, la patience maritime, la renoncule flammette, le jonc des marécages (espèce pionnière en très forte régression et protégé au niveau régional) et le millepertuis des marais (dont la population s'étend d'année en année sur la rive de l'étang situé le plus au nord). Ce dernier, inscrit sur la liste rouge régionale, possède ici sa seule station connue actuellement dans le département de l'Aube.
La diversité avifaunistique est bonne, avec trente espèces différentes contactées. Sans receler de raretés, elle est bien typique. Dans les bois se rencontrent certains pics (pic vert, pic épeichette, pic mar nicheur rare dans la région), des mésanges (charbonnière, nonnette, bleue, huppée), pouillots (pouillot fitis et pouillot siffleur), fauvettes (fauvette à tête noire, fauvette des jardins), le roitelet huppé, la sittelle torchepot, le troglodyte mignon, le grosbec casse-noyaux, la grive musicienne, etc. La cigogne noire est considérée comme nicheuse possible dans la ZNIEFF. Les milieux plus ouverts et broussailleux accueillent la linotte mélodieuse, le bouvreuil pivoine, le pipit des arbres...
La ZNIEFF est dans un bon état général, à l'exception des deux étangs de pêche qui sont gérés de façon trop brutale.
La ZNIEFF englobe les parties biologiquement les plus riches (notamment les plus acidiphiles et les plus hygrophiles) d'un vaste massif forestier.
