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La ZNIEFF de type I située au sud-est de Marcilly-sur-Seine, d'une superficie de près de 100 hectares, comporte des bois humides qui recouvrent plus 60% de son territoire et plus localement des milieux marécageux (roselières, mégaphorbiaies et cariçaies). Le réseau hydrographique est constitué par la Seine alimentée à l'est par le canal des Moulins de Sauvage et au nord par l'Aube. Le site fait partie de la grande ZNIEFF de type II de la Bassée Auboise appelée "Milieux naturels et secondaires de la vallée de la Seine".
Les boisements regroupent essentiellement la frênaie-ormaie, la peupleraie plantée marécageuse et la ripisylve à saule blanc. La strate arborescente de la forêt alluviale est principalement constituée par le frêne commun, l'érable champêtre, l'orme champêtre, le chêne pédonculé (dont certains très gros et massifs avec un tronc pouvant atteindre 1,4 mètre de diamètre), l'orme lisse et le frêne oxyphylle (arbre méridional, exceptionnel dans la Marne). Ces deux derniers figurent sur la liste rouge des végétaux menacés de Champagne-Ardenne. La strate arbustive comprend le noisetier (toujours très abondant), le groseillier rouge et le cornouiller sanguin bien représentés, le troène, l'épine noire, la viorne mancienne. La strate herbacée est dominée par le lierre qu'accompagnent l'ail des ours, la primevère élevée, l'épiaire des bois, l'oseille sanguine, la laîche pendante, la laîche espacée, la laîche des bois, la parisette, l'euphorbe faux-amandier, l'anémone sylvie, la listère ovale, la clématite vigne blanche, le brachypode des bois…
Les peupleraies, souvent imbriquées dans la forêt alluviale couvrent 42% de la superficie totale du site. Elles ont été ici intégrées à la ZNIEFF car elles présentent un certain intérêt : l'évolution dynamique a permis par exemple à certaines espèces de la frênaie-ormaie de s'installer au sein de vieilles plantations et il subsiste dans les jeunes peupleraies plus ou moins claires de nombreuses espèces des groupements marécageux à hautes herbes. De plus, suite à la chute et à la disparition de nombreux peupliers, certains boisements se sont constitués en de véritables frênaies-ormaies à orme lisse, arbre qui est ici fréquent.
La ripisylve est surtout constituée de saule blanc, frêne commun, aulne glutineux, saule pourpre, saule à trois étamines et saule cendré.
Les bois sont bordés et entrecoupés de secteurs marécageux à végétation typique constituée par des magnocariçaies (à laîche des rives, laîche raide, laîche faux-souchet, laîche aiguë…), des mégaphorbiaies et des roselières (phragmitaies, phalaridaies, typhaies, glycéraies…).
Ces milieux marécageux recèlent le pâturin des marais, protégé au niveau régional et inscrit sur la liste rouge des végétaux menacés de Champagne, de même que l'euphorbe des marais. On y observe également le calamagrostis lancéolé, le gaillet des marais, l'épiaire des marais, le pigamon jaune, l'eupatoire chanvrine, la salicaire, le séneçon des marais, la prêle des eaux, la guimauve officinale, la patience des eaux, la baldingère…
Le long des berges de la Seine, se remarquent la grande consoude, le liseron des haies, la barbarée commune, la valériane herbe aux chats, la scrofulaire noueuse.
Certaines plages de sable en cours de colonisation végétale portent un groupement original constitué par le vélar fausse giroflée, le céraiste aquatique, la véronique mouron d'eau, le cresson jaune, le faux cresson, le poivre d'eau, la renoncule scélérate
Les noues et la Seine présentent une végétation aquatique typique (Nymphaeion, Potamion, Lemnion ) constituée par le nénuphar jaune, la lentille à trois lobes, le potamot à feuilles flottantes (inscrit sur la liste rouge régionale), le potamot à feuilles luisantes, le potamot à feuilles perfoliées, la renoncule flottante, le cératophylle épineux, le myriophylle en épis, le bident triparti, élodée du Canada, le rubanier simple, la renouée amphibie, etc.
La population avienne est bien diversifiée : 23 espèces d'oiseaux se nourrissent ou se reproduisent sur le site, avec des espèces plutôt forestières (grive musicienne, pic épeichette, fauvette à tête noire, pouillot véloce, tourterelle des bois, pigeon ramier), des oiseaux d'eau (cygne tuberculé, canard colvert, poule d'eau). Le martin pécheur niche également sur le site.
Le castor fréquente la ZNIEFF depuis 1989 : un barrage dû à cet animal ainsi que de nombreux arbres rongés sur pieds ont été observés sur quelques kilomètres de la rivière sur la commune de Marcilly-sur-Seine, entre la confluence Aube-Seine et le canal des Moulins de Sauvage. Des indices ont à nouveau été signalés (notamment l'abattage de deux saules) au même endroit en 1992. En 1993 une nouvelle prospection permet de confirmer la fréquentation du secteur par le castor. Malheureusement, il n'a pas été revu en 2002. Il est totalement protégé en France depuis 1981, inscrit sur les annexes II et IV de la directive Habitats, sur la liste rouge régionale (catégorie "en danger de disparition totale") et figure dans le livre rouge de la faune en danger en France (catégorie "à surveiller").
La zone est dans un bon état général.
La délimitation de la ZNIEFF suit les contours d'une zone humide très riche en faune et en flore situéeà la confluence de la Seine et de l'Aube (limite nord de la ZNIEFF) et le long de la Seine jusquaux environ du Canal des Moulins de Sauvage.
