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La ZNIEFF de type II de la vallée de l'Armance et de ses affluents est située entre Chaource et Saint-Florentin, dans les départements de l'Aube et de l'Yonne. Elle contient cinq ZNIEFF de type I qui prennent en compte certains des milieux les plus riches de ce vaste ensemble de 4383 hectares.
Elle présente une végétation remarquable à plus d'un titre : prairies mésophiles à inondables (Arrhenatherion elatioris, Bromion racemosi, Oenanthion fistulosae), de fauche ou pâturées bois alluviaux à orme lisse (aulnaie-frênaie-ormaie), chênaies pédonculées-frênaies hygrophiles et chênaies-charmaies, plus localement groupements marécageux (magnocariçaies, roselières, mégaphorbiaies). Des haies, des vergers, des plantations résineuses ou feuillues et des cultures enclavées complètent la végétation de la ZNIEFF. Le réseau hydrographique est constitué par l'Armance et ses affluents (ruisseaux du Boutois, de Bernon, des Croûtes, du Chêne Martin, du Laps, de Trémagne, du Landion, du Grillon, ). L'Armance se jette dans le l'Armançon au niveau de Saint-Florentin.
La prairie de fauche de plaine est caractérisée par l'abondance de l'avoine élevée, accompagnée par la houlque laineuse, la flouve odorante, l'agrostis blanc, le ray-grass commun, le dactyle aggloméré, le pâturin des prés, la brize intermédiaire, la crételle... On y rencontre également le crépis bisannuel, la berce sphondyle, l'oseille sauvage, le salsifis des prés, la carotte sauvage, la gesse des prés, la grande marguerite, la knautie des prés, le petit trèfle jaune, le plantain lancéolé, le lotier corniculé... Dans les pâtures se remarquent les renoncules âcre et rampante, le trèfle des prés, le trèfle blanc, le pissenlit, la brunelle vulgaire, le léontodon d'automne, la laîche hérissée.
Les prairies humides sont bien représentées, dans cette vallée restée très inondable malgré les travaux effectués. Les graminées sont très variées avec le brome en grappe, l'agrostis des chiens, le vulpin des prés, le vulpin genouillé, la fléole des prés, la flouve odorante, la fétuque rouge, la fétuque des prés, le pâturin commun, la houlque laineuse,... Les espèces hygrophiles sont nombreuses avec l'œnanthe fistuleuse, le séneçon aquatique, la renoncule rampante, le lychnis fleur de coucou, l'achillée sternutatoire, le silaüs des prés, le lotier des fanges, le myosotis cespiteux, le populage des marais, l'angélique sauvage, etc. On y remarque également plusieurs laîches (laîche distique, laîche bleuâtre, laîche des lièvres) et des joncs (jonc aggloméré, jonc épars, jonc glauque) dans les secteurs les plus hydromorphes
Les prairies de la vallée présentent un très grand intérêt en abritant une espèce protégée au niveau national, la gratiole officinale et deux espèces protégées à l'échelon régional, l'œnanthe intermédiaire (rare dans le département et en très forte régression) et l'orchis à fleurs lâches (d'origine subatlantique-subméditerrannéenne, il ne possède que deux stations dans l'Aube). Ils sont tous les trois inscrits sur la liste rouge des végétaux menacés de Champagne-Ardenne, de même que le trèfle de Micheli (d'origine atlantique et très éloigné de son aire de répartition générale, connu actuellement dans cinq localités de Champagne), le vulpin utriculé, l'orchis incarnat et une petite fougère l'ophioglosse.
Les milieux marécageux sont très localisés. Ils comprennent des roselières (à phragmite et baldingère), des magnocariçaies (à laîche des rives, laîche aiguë, laîche des marais, laîche raide, laîche d'Otruba, laîche distique, laîche des renards...) et des végétations de grands hélophytes (reine des prés, angélique sauvage, cirse des marais, lysimaque vulgaire, salicaire, guimauve officinale...). On y rencontre aussi la stellaire des marais, inscrite sur la liste rouge régionale et la germandrée des marais, protégée en Champagne-Ardenne.
Les boisements sont assez peu représentés sur le territoire de la ZNIEFF (8% de la superficie totale) ; ils sont représentés par l'aulnaie-frênaie à hautes herbes et dans les secteurs moins longuement inondés, la chênaie pédonculée-frênaie hygrophile ou la chênaie-charmaie (Bois du Parc). Les arbres les plus couramment rencontrés sont le chêne pédonculé, le frêne élevé, l'orme champêtre, le tremble, le charme et en sous étage le noisetier. La partie basse du bois du Parc (commune d'Evry-le-Chatel) abrite l'orme lisse (arbre très menacé actuellement) inscrit sur la liste rouge régionale.
Très ponctuellement, on rencontre dans la ZNIEFF une végétation de pelouses silicicoles sur terrains sablonneux relevant du Thero-Airion : elles recèlent notamment trois espèces de la liste rouge régionale, la canche caryophyllée, la cotonnière naine et le pied d'oiseau délicat.
D'un point de vue ornithologique, la vallée de l'Armance est l'une des vallées les plus riches de la région, la diversité avienne y étant très importante (près d'une soixantaine d'espèces recensées) avec six espèces inscrites sur la liste rouge des oiseaux menacés en Champagne-Ardenne.
Les rapaces sont bien représentés, avec la nidification de la bondrée apivore, de la buse variable, du faucon crécerelle, du faucon hobereau et du milan noir (ces deux derniers étant inscrits sur la liste rouge régionale).
Le bassin doit une partie de sa valeur faunistique aux inondations qui le recouvrent périodiquement, attirant en hiver et au début du printemps de multiples oiseaux, en migration vers les réservoirs Seine et Aube. On remarque en particulier différents échassiers et limicoles (courlis cendrés, vanneaux huppés, cigognes blanches et grues cendrées par exemple).
Au printemps, de nombreux oiseaux en voie de raréfaction ou de disparition trouvent là une des dernières vallées où ils peuvent nidifier en Champagne-Ardenne, notamment le râle des genêts (dont la population a désormais atteint un seuil critique en France), protégé au niveau national, inscrit à l'annexe I de la directive Oiseaux et à l'annexe II de la convention de Berne, figurant dans le livre rouge de la faune menacée en France et sur la liste rouge régionale des oiseaux (en tant que nicheur très rare et en régression inquiétante), le vanneau huppé, nicheur rare et en diminution, la pie-grièche écorcheur et la rousserolle verderolle. La cigogne noire (protégée en France, inscrite à l'annexe I de la directive Oiseaux et à l'annexe II de la convention de Berne, dans le livre rouge de la faune menacée en France, catégorie "vulnérable") niche aussi dans la ZNIEFF.
Le pipit farlouse, l'alouette des champs, le bruant proyer, la linotte mélodieuse, le traquet pâtre, la fauvette grisette fréquentent les milieux ouverts et bocagers de la ZNIEFF. Les hautes herbes des marécages accueillent les nids du bruant des roseaux et de la rousserolle effarvatte.
Dans les bois se rencontrent plus particulièrement le pic épeiche, le pigeon ramier, la tourterelle des bois, la grive musicienne, la fauvette à tête noire, le roitelet huppé, la sittelle torchepot, le pinson des arbres, le grosbec casse-noyaux, les mésanges nonnette et boréale, le pouillot véloce...
Les batraciens sont aussi représentés sur le site, notamment le sonneur à ventre jaune (Bois du Parc) : en régression en France et dans la plupart des pays d'Europe, il est protégé au niveau national (depuis 1993), international (annexe II de la convention de Berne, annexes II et IV de la directive Habitats), figure dans le livre rouge de la faune menacée en France (catégorie vulnérable) et dans la liste rouge régionale des amphibiens. Le triton palmé, la grenouille agile, la grenouille rousse et la grenouille verte fréquentent aussi la ZNIEFF.
Les mammifères notés ici sont le sanglier, le renard roux, la martre des pins ainsi que de nombreux petits rongeurs (campagnols, mulots) et musaraignes, notamment la crossope aquatique, inscrite sur la liste rouge régionale. Une colonie de grands murins se reproduit aussi sur le site : ils sont protégés en France comme toutes les chauves-sourids, inscrits à l'annexe II de la convention de Berne, aux annexes Ii et IV de la directive Habitats, dans le livre rouge de la faune menacée en France, catégorie "vulnérable".
Le site est très paysager. Il a été malheureusement dégradé localement par le retournement de certaines prairies mises en cultures et le recalibrage de la rivière.
Les limites de la ZNIEFF correspondent à l'essentiel du lit majeur de l'Armance et d'une partie de ses affluents, à l'exception des zones urbanisées, depuis Saint-Florentin dans l'Yonne jusqu'à Chaouce (département de l'Aube) : elles prennent en compte les milieux les plus riches du point de vue floristique et faunistique.
