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Le Marais d'Amblainville, également dénommé "Marais du Rabuais" si on englobe sa totalité hors des limites administratives, est situé à cheval sur les deux Régions Hauts-de-France et Ile-de-France. En 2015, le marais tourbeux situé au nord-est de la ZNIEFF a été inclus dans le périmètre.
La végétation du marais est dominée par des formations à grandes herbes : cariçaies , cladiaies, mégaphorbiaies et phragmitaies; par des reliques de formations prairiales, notamment au niveau des layons, et par des formations forestières : saulaies, aulnaies à Fougère des marais, bétulaies, frênaies...
De vastes plantations de peupliers y ont été effectuées, dont une bonne partie a été exploitée récemment (2019-2020).
La végétation aquatique n'existe désormais plus que dans les fossés, les rus et les quelques petites mares et ornières.
Le marais est bordé de cultures intensives et de peupleraies.
Les limites sud de la znieff "Marais d'Amblainville" sont définies par celles de la znieff "Marais de Rabuais" qui occupe le département du Val-d'Oise. La zone exclue depuis 2021 les cultures avoisinantes.
Les contours de la partie ouest de la ZNIEFF (marais du Rabuais) englobent les milieux les plus remarquables pour la flore et la faune.
Depuis 2015, trois entités au sud d’Amblainville (lieux dits du Fond de Cléry et du Prè Souris) intègrent la ZNIEFF. Les contours de ces entités prennent en compte les milieux boisés et ouverts qui abritent les habitats et la flore remarquables. Les cultures et les zones urbanisées ont été retirées en 2021.
Deux petites entités correspondent à des talus calcicoles en contexte agricole mais abritant encore de belles populations d’orchidées.
La haie au sud-est du site joue un rôle de corridor entre le boisement de la ZNIEFF et le boisement plus au sud (en Ile-de-France).
