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Les végétations forestières correspondent en majorité à des hêtraies collinéennes occidentales à Luzule et à des Hêtraies à Jacinthe des bois calciclines. La gestion sylvicole est menée en futaie (Hêtres notamment) et en taillis sous futaie.
Des reliques de pelouses calcicoles du Mesobromion crétacé du Bassin Parisien se maintiennent sur certaines lisières thermophiles, en bordure de la D 211 et au niveau du lieu-dit "les Carrières".
Le site englobe les Bois de Bovelles, d'Ailly, du Mont Saint-Bernard et de la Bucaille. Ces bois présentent un intérêt écologique important et accueillent une flore remarquable pour la région. Les lisières thermocalcicoles et les pelouses relictuelles sont également des milieux d'intérêt élevé. Les cultures d’un intérêt patrimonial limité ne sont pas incluses dans la ZNIEFF. Une languette de boisement entre la Vallée Tayon et le Fond de Saisseval a été ajoutée en 2018 car elle abrite une population importante de Muscari à toupet (espèce déterminante). La haie qui reliait la Bucaille au boisement à l’ouest a été retirée car une population très importante de Mahonia à feuilles de Houx y a été observée.
