«Le Moulin Neuf» présente l’originalité de réunir en une seule zone une mosaïque de milieux devenant de plus en plus fragmentés et fragmentaires en vallée de la Charentonne.
Cet ensemble écologique est original à l’échelle de la vallée avec notamment la présence d’une aulnaie humide.
Quatre grands types de milieux peuvent être distingués : le cours principal de la Charentonne, une aulnaie humide à hautes herbes au bord du cours d’eau, une friche ponctuée de saules (Salix sp.) de type mégaphorbiaie mésohygrophile, une pâture du Bromion racemosi et des fossés plus ou moins humides.
Cinq espèces de plantes déterminantes ont été recensées : l’achillée sternutatoire (Achillea ptarmica R), la petite berle (Berula erecta R), la cardère poilue (Dipsacus pilosus AR) et le brome en grappe (Bromus racemosus AR ?).
L’avifaune y est diversifiée ainsi que l’entomofaune avec notamment une belle population de criquet ensanglanté (Stethophyma grossum AR).
Le pâturage, s’il s’intensifie, est susceptible de dégrader le groupement du Bromion racemosi. Au contraire, la fermeture du milieu par les saules menace la mégaphorbiaie.
Une gestion conservatoire pourrait être entreprise dans ce secteur de la vallée de la Charentonne jusqu’au Moulin Fouret plus en amont.
Toute cette zone est épargnée de l’agriculture intensive même si les prairies sont souvent enrichies et surpâturées.