La ZNIEFF de Bec de Mortagne se situe dans le site inscrit de la vallée de la Ganzeville, une des vallées les plus préservées du point de vue paysager de tout le Pays de Caux, car épargnée des sites industriels et non touchée par des constructions modernes.
Cette zone illustre bien tout l'intérêt de la vallée de la Ganzeville. Elle réunit des bois de pente thermophiles, ripisylves à aulnes (Alnus glutinosa) et saules (Salix sp.), mégaphorbiaies, et des fonds humides avec un complexe d'étangs en bordure de la rivière. Ici se développe le cortège floristique des prairies hygrophiles avec en particulier des espèces patrimoniales telles que l'orchis négligé (Dactylorhiza praetermissa) avec des centaines de pieds en bas du bois de la Scie, la prêle des bourbiers (Equisetum fluviatile), la bérule érigée (Berula erecta), et de beaux herbiers de zannichellie des marais (Zannichellia palustris) dans la Ganzeville.
En fond de vallée, on peut observer une zone de bois humides issue du boisement spontané des prés les plus engorgés, avec en particulier la présence de la dorine à feuilles opposées (Chrysosplenium oppositifolium) au niveau de la Source Rouge, sous le couvert d'une aulnaie déjà plus ancienne.
Les étangs accueillent le grèbe castagneux (Tachybaptus ruficollis), la foulque macroule (Fulica atra), la poule d'eau (Gallinula chloropus) et le canard colvert (Anas platyrhynchos) comme nicheurs, et le martin pêcheur (Alcedo atthis) qui y pêche régulièrement ; un recensement de l'avifaune hivernante et de passage reste encore à mener.
Les bois de pente environnants présentent une remarquable population de buis (Buxus sempervirens), une espèce thermophile ici en limite Nord de son aire naturelle. Diverses espèces d'orchidées sylvatiques dont l'ophrys moucheron (Ophrys insectifera), l'orchis mâle (Orchis mascula) et l'orchis pourpre (Orchis purpurea), ainsi que la parisette (Paris quadrifolia), rajoutent encore à l'intérêt de ces bois. La zone comporte également une ancienne carrière calcaire où se développe le genévrier commun (Juniperus communis) sur pelouses calcicoles maigres. Sur cette carrière se distinguent aussi de petites cavités susceptibles d'accueillir des chiroptères. Notons également la présence de la vipère péliade (Vipera berus), reptile rare et menacé.
Une partie des prairies de fond de vallon est actuellement à l'abandon, il serait souhaitable de revenir à une gestion conservatoire de ces milieux par fauchage et/ou pâturage.