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Cette vaste ZNIEFF de plus de 11000 hectares se compose d’une grande diversité d’habitats. Même si la forêt, et plus particulièrement la chênaie-charmaie domine, on peut noter la présence de plantations de conifères, de landes sèches, de prairies de fauche et pâturées, de vergers, de haies, de quelques cultures, de prairies humides et d'un linéaire de rivière bordé d’une belle ripisylve d’aulnes glutineux. Des mares, bassins et ballastières présents sur l'ensemble du site permettent le développement d'une végétation aquatique (potamots, joncs, massettes).
Le boisement sur les coteaux et le plateau est essentiellement une chênaie-charmaie où des espèces banales sont notées comme le chèvrefeuille, le noisetier, l’aubépine, la mélique à une fleur, l’euphorbe des bois… Le sous-bois, souvent clairsemé, peut dans certains secteurs devenir très dense. Sur la plupart du massif, le chêne est favorisé mais le hêtre est toutefois encore bien présent, essentiellement sur les plateaux. Au niveau du bois de Saint-Brice, par exemple, on note aussi une boulaie secondaire suivi d’un faciès de tillaie évoluant sur la frênaie-chênaie en bas de coteau. Une sous espèce déterminante de fougère a été recensée : la Dryoptéride écailleuse (Dryopteris affinis ssp. Affinis). Au niveau de la forêt de Beaumont, on remarque là aussi des bétulaies, des tillaies, des hêtraies, des chênaies acidiphiles mais c’est la chênaie-charmaie qui domine. Plusieurs espèces déterminantes sont notées : la Lathrée écailleuse (Lathraea squamaria), la Céphalanthère à grandes feuilles (Cephalanthera damasonium) ou encore l'Isopyre faux-pigamon (Isopyrum thalictroide) dans les secteurs plus humides. Quelques plantations d’épicéas sont toutefois à noter. Elles demeurent encore rares actuellement mais peuvent, si elles se multiplient, conduire à une diminution de l’intérêt floristique et faunistique des boisements.
Quelques rares landes sèches sont présentes ponctuellement sur le site. Elles se caractérisent par la présence de deux espèces déterminantes, à savoir, la Bruyère cendré (Erica cinerea) et l’Ajonc nain (Ulex minor).
L’intérêt de la zone repose aussi sur la présence de cavités souterraines qui abritent de nombreuses espèces de chiroptères en hibernation et lors de la reproduction, toutes déterminantes de znieff. Ont été notées : Le Murin de Bechstein (Myotis bechsteinii), le Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus), le Grand Murin (Myotis myotis), le Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) et le Murin de Natterer (Myotis nattereri). Les 4 premières étant de plus inscrites à l'annexe 2 de la directive habitats. Une cavité localisée sur la commune de Beaumont le Roger est inscrite au sein du réseau Natura 2000. Les espèces présentes ainsi que la Noctule de Leisler (Nyctalus leisleri), une chauve-souris arboricole et la Pipistrelle de Kuhl (Pipistrellus kuhlii), trouvent dans cette vaste zone des territoires de chasse, leur permettant de réaliser l'ensemble de leur cycle (reproduction, hibernation, parturition, chasse).
Les prairies sont le second habitat bien représenté ici. Elles sont souvent pâturées, mais quelques prairies de fauches sont présentes. En se rapprochant de la rivière, l’humidité permet à quelques rares prairies humides de se maintenir. Dans les secteurs les plus humides, quelques reliques de mégaphorbiaies sont encore présentes mais bien rares. Toutefois, la flore présente un réel intérêt et de nombreuses espèces déterminantes sont présentes comme le Souchet long (Cyperus longus) très rare dans la région, la Laîche vésiculeuse (Carex vesicaria), le Gaillet des fanges (Galium uliginosum), le Pigamon jaune (Thalictrum flavum) ou l'Achillée sternutatoire (Achillea ptarmica). Le Criquet ensanglanté (Stetophyma grossum), typique des prairies humides se rencontre dans toute la vallée. Ces prairies sont entrecoupées par quelques vergers, essentiellement de pommiers, et surtout d’importants linéaires de haies, d’un grand intérêt pour la faune (insectes, oiseaux…). L'ensemble apportant un habitat très favorable au Gazé (Aporia crataegi), un papillon devenu rare.
Un vaste plan d’eau servant de base de loisirs ainsi que diverses mares et fossés sont notés. Ces milieux favorisent le développement d’une végétation aquatique typique et sont d’un grand intérêt pour les libellules et les oiseaux. Les espèces déterminantes sont pour l’avifaune le Fuligule morillon (Aythya fuligula), le Héron cendré (Ardea cinerea) et pour les libellules, la Cordulie bronzée (Cordulia aenea), assez rare.
Enfin, la Risle et ses petits affluents forment un corridor indispensable pour la faune et offrent une source de nourriture abondante pour de nombreux oiseaux (martin-pêcheur, hirondelles…). Sur les rives, une végétation aquatique banale se développe (salicaire, iris, plantain d’eau…) mais on y note aussi plusieurs espèces déterminantes dont le catabrose aquatique (Catabrosa aquatica) devenu très rare, et le Pourpier d'eau (Lythrum portula). Dans le cours d’eau, plusieurs espèces déterminantes profitent des eaux courantes, plus ou moins rapides pour se développer tels que les Myriophulle verticillé (Myriophyllum verticillatum) et le Potamot capillaire ( Potamogeton trichoides),deux végétaux très rares, ainsi que la Renoncule aquatique (Ranunculus aquatilis), la Renoncule peltée (Ranunculus peltatus) et la Zanichellie des marais (Zannichellia palustris). L’Agrion de mercure (Coenagrion mercuriale) une demoiselle d'intérêt communautaire et protégé au niveau national et l’Orthétrum brun (Orthetrum brunneum) sont deux espèces très rares qui apprécient les cours d'eau rapides et frais. La Risle est intégrée au réseau Natura 2000 (ZSC Risle, Guiel et Charentonne) pour sa faune piscicole. Dans ce secteur, des zones de fraies ont été recensées pour les Lamproies de Planer et fluviatile (Lampetra planerii & L. fluviatilis) et pour le Saumon atlantique (Salmo salar), 3 espèces inscrites à l'annexe II de la directive habitats.
Une ripisylve d’aulnes est bien présente sur l’ensemble du linéaire de la rivière et offre des milieux ombragés et très humides, où se trouvent la Petite Pyrole (Pyrola minor), l'Ophioglosse commune (Ophioglossum vulgatum) et la Prèle des Bourbiers (Equisetum fluviatile), deux espèces rares et déterminantes qui trouvent ici des conditions idéales pour se développer.
Cet ensemble définit à la fois une trame verte continue, avec les boisements et les haies et une trame bleue de qualité avec la rivière et ses affluents. L’intérêt pour la faune et la flore est indéniable.
Toutefois, plusieurs problèmes sont notés : La sylviculture est bien présente et pas toujours compatible avec le maintien de la biodiversité. De nombreux déchets sont notés, particulièrement aux abords des parkings en forêt. En forêt de Beaumont, il existe un sureffectif de cerfs élaphes. La pression de pâturage est trop importante, banalisant les prairies. Les prairies naturelles, en fond de vallée, peuvent disparaître en raison du développement de l’urbanisation, des cultures (déjà bien présentes dans certains secteurs) et des plantations de peupliers. La qualité de l'eau en aval des agglomérations est souvent dégradée, à laquelle s'ajoute des pollutions agricoles. La libre circulation des poissons migrateurs est entravée par la présence de barrages et de seuils. L'intégration de la Risle au réseau Natura 2000 constitue néanmoins un atout pour cette ZNIEFF.
