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Cette Znieff de type II de près de cinq mille hectares est principalement composée des deux Znieff de type I qu'elle englobe, le marais du Hode (3300 ha), et le marais de Cressenval (870 ha).
Plus précisément, ses limites englobent la haute slikke et le schorre situés entre le chenal de la Seine et la route de l’estuaire (prolongée par la digue en crochet et la digue de Port 2000 en limite méridionale de la zone industrialo-portuaire), ainsi que les milieux prairiaux saumâtres ou d’eau douce des marais cités ci-dessus, s’étendant entre la route de l’estuaire et les falaises de La Cerlangue (exclues). La Znieff inclut l’extrémité du Grand canal du Havre, quelques terrains en bordure de la zone industrielle au Nord du Grand canal, l’espace préservé et les décharges du Hode.
Interface entre le fleuve Seine, la Manche et la terre, l’estuaire est une zone de contacts fluctuants, très riche en habitats à fonctionnalités complémentaires et en espèces patrimoniales, et constitue le milieu naturel le plus vaste et le plus varié de Haute-Normandie.
Mais cette vaste zone humide est de moins en moins aquatique et de plus en plus terrestre. La dynamique naturelle d’ensablement, accentuée par les divers aménagements depuis une centaine d’années, a peu à peu mité et cloisonné l’espace estuarien. Parallèlement à l’évolution des milieux, on observe une régression de la biodiversité des espèces d’oiseaux.
Afin de préserver et de gérer ce patrimoine exceptionnel, une réserve naturelle nationale de huit mille cinq cent hectares -englobant la présente Znieff- fut instituée en 1998.
De plus, dans le cadre du dispositif Natura 2000, a été désignée la ZPS FR2310044 "Estuaire et marais de la base seine" (directive Oiseaux), mais également la ZSC FR2300121 "Estuaire de la Seine" (directive Habitats).
La partie marine et la zone intertidale font depuis 2015 l’objet d’une Znieff marine de type I (Vasière nord et filandres aval de l’estuaire de Seine) qui comporte de grands bancs sableux ou sablo-vaseux, des vasières nues et des filandres.
En termes d'habitats, la présente Znieff comporte, dans les zones terrestres soumises à la marée, la slikke à Spartine d’Angleterre et Scirpe maritime, et le schorre à Aster et Chiendent maritimes. Ces habitats sont très peu étendus, bien qu’en extension sur la vasière nue en raison des modifications hydrodynamiques liées aux aménagements de Port 2000 (350 ha en 16 ans : 1978-1994), et tronqués ou dominés par de vastes roselières ponctuées de nombreuses mares de chasse.
Un petit marais saumâtre pâturé par des chevaux camarguais se localise près de l’ancien bac du Hode.
Au Nord de la route de l’estuaire, les habitats consistent essentiellement en prairies humides plus ou moins saumâtres ou d’eau douce -fauchées ou pâturées-, quelques cultures, et des mares de chasse.
De nombreux fossés, petits canaux, filandres ou criques, ainsi que des haies, interpénètrent ou relient ces précédents habitats. Ces milieux interstitiels présentent un rôle important de corridor écologique au sein des vastes unités homogènes.
Près de l’écluse de Tancarville, et à l’ouest du pont de Normandie, dans des zones de dépôts sablo-vaseux issus du dragage, se sont développés des habitats complémentaires, des friches herbacées plus ou moins hygrophiles, des fourrés arbustifs et des saulaies claires à orchidées.
D’autres habitats enfin, très ponctuels et de faible superficie -mais d’intérêt patrimonial-, sont également présents : dune vive, cordon de galets à Crambe (Cramba maritima) -espèce bénéficiant d’une protection nationale-, friche halo-nitrophile de laisses de mer, diverses mégaphorbiaies,...
Il s'agit donc d'un ensemble d'habitats remarquables par leurs spécificités écologiques, et souvent par la surface importante qu’ils occupent, qui leur confère une forte capacité d’accueil de populations animales et végétales diversifiées. Beaucoup d’espèces rares à exceptionnelles, dont une partie protégées, sont présentes ici.
FLORE
La flore relictuelle des zones saumâtres est particulièrement remarquable car elle est en voie de disparition : Salicorne (Salicornia sp), Troscart maritime (Triglochin maritimum), Aster maritime (Aster tripolium), Scirpe maritime (Scirpus maritimus), Glaux maritime (Glaux maritima), Pourpier de mer (Honckenya peploides),... Des dépressions humides au sein de remblais sablo-vaseux abritent des plantes exceptionnelles et protégées telles que l'Orchis à fleurs lâches (Orchis laxiflora), l'Epipactide des marais (Epipactis palustris), ou encore la rare Grande Angélique (Angelica archangelica), ombellifère de plus de deux mètres de haut classée vulnérable. Présente en association avec l’Oenanthe safranée (Oenanthe crocata), autre ombellifère rare, il s'agit ici d'un groupement endémique unique en Europe. Citons enfin, présentes sur cette Znieff, les espèces suivantes, protégées au plan national : Pyrola rotundifolia, Pyrola rotundifolia var. arenaria, Ranunculus lingua, Leymus arenarius, et Liparis loeselii.
FAUNE
Une riche et abondante faune invertébrée benthique (vers, crustacés, mollusques,...) se développe à la faveur d’une forte production d’algues et de plancton. Elle constitue la base de la chaîne alimentaire en nourrissant oiseaux et poissons. De fait, cette Znieff, la Znieff marine de type II "Baie de Seine orientale" et son extension au large (domaine marin subtidal), et le fleuve Seine, constituent un tout cohérent en terme de fonctionnalité écologique.
L’intérêt ornithologique de l’estuaire dépasse largement les limites régionales. Environ deux cent soixante dix espèces d’oiseaux ont pu y être recensées. La diversité élevée des habitats permet la reproduction d’un grand nombre d’espèces qu’elles soient sédentaires ou migratrices. L’estuaire étant situé sur une voie majeure de migration, beaucoup d’espèces, et pour certaines en grandes populations, stationnent en halte migratoire. Enfin, l’estuaire accueille un nombre important d’oiseaux hivernants (anatidés, limicoles, laridés,...).
Les espèces les plus importantes au point de vue patrimonial sont énumérées ci-après, selon leur(s) période(s) de présence. Noter que les effectifs mentionnés plus bas dans le tableau présentent une valeur uniquement indicative (données ZPS de l'"embouchure de seine").
En période de reproduction uniquement, le Phragmite des joncs (Acrocephalus schoenobaenus), la Bergeronnette flavéole (Motacilla flavissima), et la Mésange à moustaches (Panurus biarmicus).
En période de reproduction et en hiver : le Butor étoilé (Botaurus stellaris), la Cigogne blanche (Ciconia ciconia), le Busard des roseaux (Circus aeruginosus), le Râle des genêts (Crex crex), l'Huîtrier-pie (Haematopus ostralegus), l'Avocette élégante (Platalea leucorodia), l'Aigrette garzette (Egretta garzetta).
En hivernants : le Hibou des marais (Asio flammeus), le Canard pilet (Anas acuta), le Goéland marin (Larus marinus), la Sarcelle d’hiver (Anas crecca).
En hivernants et migrateurs : l'Échasse blanche (Himantopus himantopus), la Gorgebleue à miroir (Luscinia svecica cyanecula), le Traquet tarier (Saxicola rubetra), la Spatule blanche (Platalea leucorodia), le Chevalier gambette (Tringa totanus).
En tant que nicheurs mais également présents le reste de l'année : la Barge à queue noire (Limosa limosa), le Tadorne de belon (Tadorna tadorna), le Vanneau huppé (Vanellus vanellus).
La batracho-faune comprend notamment le Triton crêté (Triturus cristatus), espèce de l’annexe II de la Directive «Habitats» de l’Union Européenne, et le Crapaud calamite (Bufo calamita) ainsi que le Pélodyte ponctué (Pelodytes punctatus) ; espèces très rares et menacées, classées VU sur LR Amphibiens de Normandie 2022, qui sont surtout présentes dans la partie aval, non loin du canal de Tancarville.En matière piscicole, noter la présence de plusieurs espèces déterminantes de Znieff, à savoir Eperlan européen, Truite de mer, Lamproies marine et fluviatile, et Alose feinte atlantique ; et d'espèces autres remarquables pour la région : l'Anguille, le Chabot, et le Flet.
Les insectes sont encore assez peu connus, mais comprennent tout de même plusieurs espèces remarquables ; en Odonates, parmi une quinzaine d'espèces déterminantes, l’Agrion mignon (Coenagrion scitulum), le Leste sauvage (Lestes barbarus), le Sympétrum méridional (Sympetrum meridionale), ou encore l'Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale), espèce protégée au plan national et classée NT sur la LR Odonates de Normandie 2022.
En Orthoptères, le Criquet marginé (Chorthippus albomarginatus) est bien représenté dans les prairies humides.
Les mammifères comprennent notamment la Pipistrelle de Nathusius (Pipistrellus nathusii), chiroptère migrateur dont les effectifs automnaux sont importants au-dessus des roselières.
Le périmètre de cette ZNIEFF a été adapté suite aux créations des ZNIEFF marines en juin 2015.
La partie subtidale de la ZNIEFF existante a été découpée et accolée à la nouvelle ZNIEFF baie de Seine orientale (N°NAT : 23M000004) pour respecter la méthodologie du MNHN.
