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En bordure orientale de l’agglomération rouennaise, la znieff comprend les espaces ruraux et naturels de la vallée ; en aval, le fond urbain étendu de Saint-Aubin - Epinay et de Saint-Léger du Bourg-Denis est donc exclu. Cette petite vallée d’une dizaine de kilomètres est encore très boisée sur ses flancs plus ou moins pentus. Dans sa partie Nord, elle est caractérisée par un très long vallon secondaire perpendiculaire, orienté Nord - Sud, entièrement forestier.
L’Aubette est un petit affluent de la Seine. Prenant sa source à Saint-Aubin – Epinay, son cours est rapidement en zone urbaine ; il fut très tôt modifié en lien avec la vocation industrielle de la partie aval de la vallée (moulins, textile). Dans Darnétal puis Rouen, la rivière est canalisée et parallèle à celle du Robec.
L’intérêt écologique majeur de cette vallée repose sur la conservation des milieux forestiers et des pelouses calcicoles. Le fond de la vallée, fortement modifié (mise en culture, urbanisation, pompage des eaux souterraines) ne présente pas de zone humide pérenne dans la znieff.
Les versants des flancs Nord de la vallée et le rebord du plateau offrent un vaste continuum boisé de plusieurs kilomètres. Ces bois privés, aux multiples expositions et substrats, sont constitués de formations très variées en majorité feuillues : hêtraies et chênaies acidiphiles, chênaies-charmaies à Jacinthe des bois, chênaies-frênaies, frênaies-érablières à grandes fougères, fruticées à Buis, taillis de noisetiers, peupleraies, peuplements de conifères, clairières et lisières, etc. La superficie importante de cet ensemble permet d’accueillir une faune forestière et de lisière diversifiée, dont des espèces remarquables de papillons. Pour la grande et la petite faunes, ce massif est un corridor important dans les liaisons Nord-Sud au sein des milieux naturels de l’Est de l’agglomération rouennaise (échanges avec les vallées du Robec et de l’Andelle). Outre leur intérêt écologique, ces formations boisées ont une fonction majeure dans la préservation des sols, la lutte contre l’érosion et les ruissellements.
Le second intérêt écologique de la vallée est constitué par les pelouses sèches calcicoles de la Côte du Roule à Saint-Léger-du-Bourg-Denis. Ces formations thermophiles remarquables sont classées en Espace Naturel Sensible et gérées par le Conservatoire des Sites Naturels de Haute-Normandie depuis 1996.
Etant donné leur intérêt biologique, elles font partie du Site d’Importance Communautaire n°FR2300124 « Boucles de la Seine amont, coteaux de Saint-Adrien » (Zone Spéciale de Conservation du réseau européen Natura 2000). Outre une quinzaine d’espèces végétales remarquables, ces formations ouvertes et sèches abritent des insectes assez rares ou rares (papillons, criquets, sauterelles).
