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Le périmètre de la ZNIEFF est calé sur le cours de l'Iton et de certains de ses bras, en limite des berges (exclues de la ZNIEFF).
La ZNIEFF concerne une portion du cours de l'Iton où se succèdent des zones à cours rapides et des zones à cours plus lents. Ces dernières sont floristiquement plus riches. Au sein de cette ZNIEFF, se succèdent également des radiers et des mouillères.
Le cours rapide de l’Iton, mais aussi le caractère eutrophe de son eau à la sortie d’Evreux et le faible couvert de la ripisylve favorisent l'omniprésence de la Renoncule flottante (Ranunculus fluitans), à la floraison spectaculaire. Cette plante, considérée comme peu commune et déterminante ZNIEFF, forme également des populations denses, notamment aux lieux-dits «les Hautes Portes», «le Robichon» (Iton et bras convergeant), «le Moulin».
Le développement plus ou moins important de cette plante n’étouffe pas la croissance d’hydrophytes plus rares. Le Callitriche à crochets (Callitriche hamulata), très rare et déterminant ZNIEFF, a été recensé au sein de deux stations localisées aux lieux-dits «les Hautes Portes». L'une se localise au sein du cours de l'Iton (en amont du pont), la seconde dans le bras qui converge vers l'Iton, au niveau du pont qui prolonge la rue de l'Iton.
La portion de l'Iton (cours assez rapide) localisée en amont du pont de la rue de l'Iton (lieu-dit «les Hautes Portes»), accueille deux autres plantes remarquables : la Zannichellie des marais (Zannichellia palustris) et la Renoncule en pinceau (Ranunculus penicillatus), respectivement rare et exceptionnelle et toutes deux déterminantes ZNIEFF. La Renoncule en pinceau a également été observée dans l'un des bras de l'Iton en amont de la confluence du lieu-dit «le Robichon». Cette plante a aussi été recensée sur un bras de l'Iton au lieu-dit «le Moulin Heulin». La belle station observée en 2006 à ce niveau n'a pas été revue depuis. L'alimentation en intermittence du cours d'eau semble expliquer cette disparition temporaire.
Le linéaire de cours d'eau (Iton et ses bras) n'a pas été inventorié de manière systématique mais par de fréquents échantillonnages. De ce fait, la présence des plantes remarquables est probable sur la majeure partie du cours de l'Iton.
La plupart des plantes aquatiques, dont certaines remarquables, recensées au sein de la ZNIEFF peuvent se rattacher aux végétations des «rivières des étages planitiaires à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du callitrichio-Batrachion», habitat d'intérêt communautaire.
