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Au sein d'une zone urbanisée et agricole, l'île du Moulin conserve un caractère sauvage. Actuellement, l'île est principalement composée d'une prairie mésoxérophile envahie par le Brachypode penné (Brachypodium pinnatum), accompagné de la Knautie des Champs (Knautia arvensis), de l'Orchidée pourpre (Orchis purpurea), et du Millepertuis perfolié (Hypericum perfoliatum). L'homme a semble-t-il abandonné toute activité sur cette île. La prairie fait place par endroit à des fourrés de Prunier épineux (Prunus spinosa) et d’Aubépine à un style (Crataegus monogyna), annonçant sa disparition prochaine. Un petit bois humide existe encore au sud de l'île avec du Saule blanc (Salix alba) et de l'Aulne glutineux (Alnus glutinosa). Les zones les plus intéressantes sont un ancien bras mort envahi par la Grande Glycerie (Glyceria maxima), assez rare dans la région, et des berges. Ces dernières présentent par endroit de belles plages sablo-vaseuses. Ces secteurs plus calmes, permettent l'installation du Nénuphar jaune (Nuphar lutea), également assez rare. Les berges boisées sont quant à elles favorables à deux espèces patrimoniales : la Cardamine impatiente (Cardamine impatiens) et l'Aristoloche (Aristolocha clematis). A noter quelques alignements de vieux peupliers favorables à divers oiseaux.
Les déchets qui polluent le bras mort et les plages constituent la principale menace pour cette île. Des efforts devraient être engagés pour la préserver de tout aménagement comme c'est le cas pour l'île du Martinet située juste au sud. L'Aster lancéolée (Aster lanceolata), végétal invasif, pourrait, à long terme, constituer une menace pour les secteurs les plus humides.
