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L'île du Port se caractérise par un mélange de prairies mésophiles, de fourrés à aubépines et de jeunes frênes. Les berges, souvent abruptes, sont surtout dominées par le Saule blanc (Salix alba). Le Nord de l'île garde la trace d'une ancienne plantation de Peuplier noir (Populus nigra). Le sous-bois est dominé par l'Ortie dioïque (Urtica dioca), la Renoncule ficaire (Ranunculus ficaria), et on note la présence de l'Epipactis à feuille large (Epipactis helleborine) qui est peu commun. L'attrait de l'île se situe sur ces berges avec la présence de 3 espèces patrimoniales : l'Aristoloche (Aristolochia clematis), et dans les secteurs sablo-vaseux, le Scirpe maritime (Bolboschoenus (Scirpus) maritimus) et le Jonc comprimé (Juncus compressus).
La présence de quelques chèvres ne semble pas suffisante pour limiter l'extension des fourrés qui se développent au détriment des prairies. Les risques apparents sur les berges sont principalement liés à l’accumulation des déchets apportés par les Seine.
