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Cette ZNIEFF avait été proposée essentiellement pour son intérêt faunistique et particulièrement ornithologique dans l'inventaire de première génération. Les Etangs inclus à l'origine dans le contour, celui de Madagascar et celui des Chaumes, ont été visités à deux reprises pour des inventaires floristiques au cours de l'actualisation des ZNIEFF. Leur intérêt botanique s'est avéré assez limité, puisque les rives sont largement occupées par un cordon dense de saules, mais leur intérêt pour l'accueil des oiseaux reste potentiellement fort (en 2013, Héron pourpré et Guifette ont été observés en vol). En revanche, les étangs situés au Nord, au lieu-dit "Varennes" sont particulièrement riches en végétations amphibies. Ils ont donc été intégrés à la ZNIEFF. Treize espèces déterminantes ont été observées sur ces étangs, dont deux protégées au niveau national : Pilularia globulifera et Littorella uniflora. Juncus pygmaeus, rare en région Centre, est également présent localement en abondance.
Le contour englobe les Etangs de Madagascar, des Chaumes et ceux situés près du lieu-dit "Varennes". Le contour de première génération a été étendu pour inclure trois étangs situés au Nord de l'Etang de Madagascar car ils hébergent des communautés amphibies tout à fait intéressantes. L'intérêt floristique sur les Etangs de Madagascar et des Chaumes est en revanche beaucoup plus limité. Néanmoins, ils ont été maintenus dans la ZNIEFF car c'est leur intérêt ornithologique qui avait prévalu à leur classement. Des compléments faunistiques dans le cadre de l'inventaire permanent permettront donc éventuellement de resserrer les limites de la ZNIEFF. Les zones bâties et rudérales sont exclues du contour au maximum du contour. Les milieux adjacents aux étangs (friches, prairies et boisements) ont été inclus par soucis de cohérence écologique mais ne présente pas d'intérêt particulier identifié.
