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Le site de Beaugency est constitué d'un ensemble d'îles, îlots et grèves représentatifs des milieux ligériens en Loire moyenne. On y trouve la majorité des
habitats typiques ligériens : forêt alluviale de bois durs, saulaie, fructicée, prairies mésophiles et friches herbacées rudéralisées, grèves alluviales à chénopodes
et groupements sur limons vaseux. La flore est particulièrement bien connue avec plus de 300 espèces recensées. On y trouve sept habitats d'intérêt patrimonial dont quatre d'intérêt européen (inscrits à l'annexe I de la Directive Habitats). Au niveau de la faune, le site de Beaugency abrite 1 à 2 familles de Castors d'Europe ainsi qu'une colonie de Sternes naines et pierregarins.
La zone est constituée d'un tronçon de fleuve sur la commune de Beaugency. Elle est délimitée à l'amont par le pont de Beaugency, à l'aval par la limite communale, en rive gauche par la limite du lit mineur et, en rive droite, par l'agglomération de Beaugency.
