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La ZNIEFF de type II Bois et vallées du Pays-Fort se situe dans un contexte valloné et pluvieux. Elle cerne essentiellement l’ensemble des hêtraies à Houx, quelques secteurs de hêtraies neutrophiles et certains fonds de vallon du Pays-Fort.
Les massifs reposent principalement sur des argiles à silex au niveau du plateau et sur des marnes pour les flancs au sud et à l'est. Dans cette région naturelle du Pays-Fort, les précipitations annuelles sont de l’ordre de 900 mm sur les points hauts. Il s'agit, avec le Perche, d’un des plus beaux secteurs de hêtraies de la région.
Sur ce site, les plus remarquables hêtraies sont celles des bois de Beaujeu, de Boucard et de Nancray. On note dans ce milieu la présence de diverses plantes d'intérêt, telles que l'Androsème officinal (Hypericum androsaemum) et diverses fougères, notamment deux en danger critique d'exctinction en Centre-Val de Loire : le Gymnocarpe de Robert (Gymnocarpium robertianum) observé ponctuellement sur une butte témoin et le Cystoptéris fragile (Cystopteris fragilis) présent sur deux talus de chemins.
Les habitats de sources et les écoulements sont riches d'une flore et d'une faune remarquables. Parmi la faune aquatique, y a été observé plusieurs populations d'espèces de fort intérêt : Écrevisse à pieds blancs, Lamproie de Planer, Chabot. Les aulnaies et végétations de sources et petits cours d'eau associées abritent diverses espèces protégées ou menacées en région, telle que la Dorine à feuilles opposées (Chrysosplenium oppositifolium) ou les bryophytes suivantes : Trochocolée cotonneuse (Trichocolea tomentella) et Hookeria lucens.
Les prairies attenantes au cours d'eau et sources abritent aussi de nombreuses espèces déterminantes, avec diverses orchidées, comme l'Orchis négligée (Dactylorhiza praetermissa), ou aussi le Narcisse des Poètes (Narcissus poeticus). Le Pays-Fort présente des secteurs reposant sur des argiles ou des marnes, ce qui diversifie le panel de végétations prairiales s'exprimant sur des sols acides à neutrobasiques. Enfin, selon le cours d'eau à proximité et la pratique agropastorale, les prairies les mieux préservées abritent des espèces oligotrophes à mésotrophes.
Le secteur du bois de la Borne a un intérêt tout particulier du fait du complexe de végétations turficoles dont il est composé (boulaies tourbeuses, buttes de sphaignes).
Le zonage cerne l’ensemble des buttes boisées du haut Pays-Fort (qui abritent majoritairement des Hêtraies à Houx), ainsi que le système de cours d’eau et de prairies liés à ces buttes (hauts bassins versants). Les limites sont calées sur les lisières boisées ainsi que les contours de prairies et zones humides, d’après l’orthophotoplan IGN.
Les massifs d’Allogny et de Saint-Palais, dont le caractère est différent, font l’objet d’autres zones de type 2.
