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Cette ZNIEFF présente des type I en bon état de conservation en ce qui concerne les milieux marécageux et les pelouses calcicoles. La vallée de l’Aigre est un des hauts lieux de la botanique en Eure-et-Loir avec des espèces emblématiques comme Sonchus palustris ou Oenanthe fluviatilis, espèces en extrême limite de répartition sud. D’autres espèces, tout aussi intéressante mais un peu plus répandues y possèdent de belles stations comme Thelypteris palustris ou Ranunculus lingua. Les pelouses calcicoles abritent un cortège quasi complet avec Carduncellus mitissimus, Phyteuma orbiculare, Prunella grandiflora, Coronilla minima et une quinzaine d’espèces d’orchidées. Au total, une soixantaine d’espèces déterminantes ont été référencées sur le site dont onze sont protégées au niveau régional et deux au niveau national.
La zone, définie sur orthophotoplan, suit les boisements marécageux et les contours type I déjà existant. Les zones urbanisées ont été exclues dans la mesure du possible. Les types I excentrées ont été reliées au cours de l’Aigre en suivant prioritairement les bassins versants des vallons adjacents.
