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La haute vallée de la Rère possède encore des milieux en bon état de conservation et assez variés. Il est encore possible d'y rencontrer des landes sèches à Halimium lasianthum ssp. alyssoides, espèce ibéro-atlantique, qui arrive en limite de répartition nord-orientale et caractérise les landes de Sologne. Les prairies humides de fauche abritent un cortège important d'espèces dont Carex hartmanii, espèce plutôt continentale dont la répartition en France est singulière puisqu'il est possible de la rencontrer uniquement en Alsace et en Sologne, avec quelques populations toutefois en Ile-de-France. Les aulnaies-frênaies sont bien réparties le long du cours d'eau, il est possible d'y observer Osmunda regalis ou Chrysosplenium oppositifolium, toutes deux protégées au niveau régional. Quelques suintements et bas-marais sont aussi disséminés sur la zone, souvent de faible surface, ils abritent pourtant une flore particulièrement intéressante comme Drosera rotundifolia ou Eriophorum polystachion. Au total, quarante-cinq espèces déterminantes de ZNIEFF ont été recensées sur le site dont dix sont protégées au niveau régional et cinq au niveau national.
La zone a été délimitée sur orthophotoplan et scan 25 de manière à correspondre le plus étroitement possible aux milieux patrimoniaux en lien direct avec la vallée de la Rère.
