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Des bancs de sable et de graviers se découvrent à chaque saison en amont et en aval du pont Thinat et sont occupés régulièrement (mais pas systématiquement tous les ans) par une petite colonie de Sternes naines (Sterna albifrons), espèce fragile, caractéristique des grèves de Loire sans végétation. En fin d’été, la flore qui colonise les grèves est caractéristique de la végétation des sables exondés avec des espèces comme Cyperus michelianus, Pulicaria vulgaris, Chenopodium glaucum, Chenopodium rubrum, espèces déjà identifiées sur le site par Jullien-Crosnier à la fin du XIXè siècle.
Grâce aux vasières qui entourent les îles, c’est un site de stationnement migratoire pour de nombreuses espèces de limicoles tels que Bécasseaux variable et minute, Bécassine des marais, Chevaliers gambette, guignette et culblanc ainsi que des passereaux tels que Pipit farlouse, Bergeronnettes printanière et des ruisseaux, Traquet motteux. Les grèves elles-mêmes servent à cette saison de reposoirs à de nombreux laridés (Goéland brun, Goéland leucophée avec un maximum observé de 940 individus, Mouettes rieuse, mélanocéphale et pygmée, Vanneau huppé, Grand Cormoran, etc).
En hiver, les courants d’eau libre sont propices à l’alimentation de nombreux anatidés tels que Oies cendrées, Sarcelles d'hiver, Tadornes de Belon, Canards souchets ou encore Harles bièvres.
Le long du duits d’Orléans, des grèves de formes variables se découvrent à chaque milieu de printemps entre l’aval de l’Ile Charlemagne (PK 327 rive gauche) et le seuil des Capucins (PK 328,5 rive gauche), constituant un paysage remarquable au coeur d’Orléans, lieu de stationnement de nombreux limicoles et laridés migrateurs et estivants. Au printemps, elles constituent le lieu de reproduction d’une colonie de Sternes naines : 40 couples en 2003 (arrêté de protection de biotope en préparation à la DIREN).
