L’originalité du Loiret réside principalement dans son mode d’alimentation : la source principale est une résurgence de la Loire. Sur tout le cours de la rivière, le débit est augmenté par de nombreuses sources et résurgences, y compris dans le secteur aval considéré ici, ce qui améliore nettement la qualité de l’eau (faible turbidité et température fraîche).
Dans sa partie terminale, le Loiret présente un tronçon très représentatif des rivières de plaine à végétation de Renoncule flottante. Les grands radeaux monospécifiques composés par cette espèce sont complétés, dans les secteurs au courant moins vif, par des hydrophytes comme Elodea canadensis, Myriophyllum spicatum, Groenlandia densa, Potamogeton perfoliatus, Butomus umbellatus (forme immergée). Les secteurs moins profonds sont occupés par d’importants tapis de Nasturtium officinale. A noter que la Jussie n’a pas encore été observée sur le Loiret.
On trouve également deux secteurs d’Aulnaie-frênaie régulièrement inondés, des roselières à Phragmites australis faisant l’objet d’une gestion conservatoire, de petites mégaphorbiaies linéaires en bordure de roselières et des rives exondées riches en nitrates à Chénopodes.
Plusieurs diatomées rares ont été découvertes dans le secteur du pont Saint-Nicolas.
Les indices de Castor d’Europe sont visibles toute l’année, avec reproduction probable (terrier-hutte, castoréum). C’est aussi une zone de refuge pour des individus subadultes.
Les grands radeaux de Renoncule flottante abritent de très nombreuses libellules (pas d’espèce déterminante). Malgré une relative homogénéité des habitats aquatiques, 24 espèces de poissons ont été inventoriées, nombre élevé sur un linéaire aussi court (3,7 km) avec 6 espèces déterminantes, dont 4 inscrites à la directive Habitats. L’Anguille et le Chabot présentent des effectifs élevés, ce dernier étant particulièrement abondant dans la Pie (affluent de la rive gauche). La Truite fario est présente, sans doute introduite : elle ne semble pas se reproduire mais trouve là des conditions correctes de développement.
L’Orme lisse est présent, disséminé, à l’aval sur les deux rives. Un linéaire d’Orme lisse continu est en revanche présent au niveau du confluent, en rive gauche.
Le Loiret accueille en hivernage et surtout en migration postnuptiale une forte population de Grèbe castagneux (jusqu’à 500 individus en migration, 200 en moyenne à la mi-janvier). Quelques couples nichent, ainsi que la Bergeronnette des ruisseaux et le Martin-pêcheur d'Europe.
Sur le plan fonctionnel, l’amélioration de la qualité de l’eau dans la zone terminale, au courant plus rapide, indique la fonction autoépurative de la rivière.
Cette zone jouxte la forêt alluviale à bois durs de Courpain (dans la réserve naturelle de Saint-Mesmin). La rivière Loiret est pour partie dans le périmètre de protection de la réserve naturelle.
Limite amont : le moulin de Saint-Santin, dernier aménagement à l’aval sur la rivière, infranchissable pour les poissons. Ce moulin représente la limite entre le Loiret amont aménagé, composé d’une succession de bassins, et le Loiret aval aux écoulements libres.
Limite aval : aval de la confluence avec la Loire (mélange des eaux), manifestement très influencé par les eaux du Loiret : abondance de la Renoncule flottante, qualité de l’eau….
Limites latérales : ligne atteinte par les plus hautes eaux avant débordement.