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Ce site est structuré par la rivière de l'Indre et une partie de ses affluents.
La rivière serpente dans une large vallée alluviale, par endroits bordée de coteaux calcaires percés de vastes caves et d'anciennes extractions souterraines, associée à des formations ligneuses alluviales.
La rivière qui a conservé des bras annexes, anciens méandres et zones humides associées est intéressante pour de nombreuses espèces : odonates, frayères à brochets, Loutre et Castor en phase de recolonisation (reproduction supposée pour ces deux espèces). Des coquilles d’une moule d’eau douce, Pseudunio auricularia, ont été découvertes récemment. Son statut reste à préciser (espèce présumée rare).
Les caractéristiques du cours d’eau et de ses berges lui confèrent une fonction d’autoépuration certaine.
La zone alluviale assure une importante fonction d'expansion des crues hivernales. En raison de ses caractéristiques hydrologiques elle est surtout occupée par des prairies de fauche et de pâture dont la gestion reste généralement extensive (peu ou pas de fertilisation ou d’artificialisation). Nombre de secteurs ont conservé un caractère bocager typique de la vallée constituant une identité paysagère héritée des années 1950 et à préserver. Leur cortège floristique et entomologique s’avère riche et diversifié. Plusieurs localités fréquentées par le Damier de la succise (Euphydryas aurinia), papillon protégé, sont répertoriées, de même que pour le Cuivré des marais (Lycaena dispar). Des réseaux d’arbres têtards fixent le Pique-prune (Osmoderma eremita), coléoptère rare et protégé. Le site abrite également plusieurs espèces déterminantes de libellules, parmi lesquelles quatre sont protégées, le Gomphe de Graslin (Gomphus graslinii), le Gomphe à pattes jaunes (Gomphus flavipes), l'Agrion de mercure (Coenagrion mercuriale) et la Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii) et une considérée comme en danger critique en région Centre, la Grande Aeshne (Aeshna grandis).
Les coteaux calcaires en partie occupés par des formations calcicoles thermophiles recèlent encore quelques pelouses. Ces milieux qui bénéficiaient dans le passé d’un pâturage extensif sont aujourd’hui quasiment à l'abandon et tendent à se fermer par extension des ligneux.
Les caves à chauves-souris sont en partie protégées par une gestion conservatoire (propriété du CEN Centre).
Outre la création de plans d’eau de loisirs, les principales menaces qui pèsent sur la diversité biologique de cette zone sont liées à la mise en culture du fond de vallée, aux plantations de peupliers mais aussi à la déprise de certaines parties plus humides, aux cultures intensives : fertilisation, désherbage, etc.
Cette zone s’étend de l’autoroute A20 à l'amont à Loches à l’aval (inclus Espace Naturel Sensible "Prairies du Roy). Elle comprend trois parties, les sections de la traversée de Buzançais et de Châtillon-sur-Indre ayant été exclues (traversée de secteurs périurbains). Quelques confluences sont prises en compte comme celle du ruisseau de Rougeville (prairies en bon état). Les limites ont été calées le plus souvent possible sur des limites visibles et figurées sur le fond IGN au 1/25 000e : routes, chemins, cours d’eau, fossés, haies.
