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La basse vallée de l’Indre était occupée historiquement par des surfaces conséquentes de prairies inondables. Celles-ci ont considérablement régressé et les prairies du Moulin de Perrée font partie des rares prairies humides en bon état de conservation. Ce site est situé intégralement sur des alluvions limono-argileuses de l’Indre. La côte topographique correspond quasiment à celle du niveau moyen de l’Indre, si bien que l’ensemble du site est très engorgé pendant une grande partie de l’année, donnant lieu à la formation d’un horizon réductique à faible profondeur (généralement moins de 20 cm). Par ailleurs, les apports de nutriments par les crues maintiennent un niveau trophique relativement élevé. Toutefois, l’eutrophisation est contenue par une gestion par fauche avec pâturage du regain. Ces conditions sont favorables au développement d’une flore typique des prairies de fauche hygrophiles. Sur le plan phytosociologique, la végétation dominante est typique de l’association du Senecioni aquatici-Oenanthetum mediae. Les zones les plus basses topographiquement sont quant à elles occupées par un cortège très hygrophile de l’association de l’Eleocharito palustris-Oenanthetum fistulosae.
Parmi les espèces végétales déterminantes, deux protégées en région Centre-Val de Loire (Fritillaria meleagris et Ophioglossum vulgatum). Il convient également de signaler la présence d’une belle population de plusieurs milliers de pieds de Trèfle étalé (Trifolium patens), une espèce considérée comme en danger à l’échelle régionale.
L’avifaune est bien représentée notamment par le Cisticole des joncs (Cisticola juncidis) et la Bouscarle de Cetti. Les dépressions humides parcourant les prairies sont favorables au Cuivré des marais. La faune relevée est représentative des prairies inondables de la vallée.
Le contour de la ZNIEFF est basé sur la répartition des prairies hygrophiles en bon état de conservation.
