Concerné par une vaste superficie de domaine public maritime, le site de la baie du Mont Saint-Michel se développe au sein du golfe normand-breton, au niveau de l'angle formé par la Manche et l'Ille-et-Vilaine.
Le substratum profond, constitué de schistes, est recouvert de plusieurs mètres de sédiments meubles.
L'amplitude des marées, parmi les plus fortes au monde, atteint quinze mètres aux marées d'équinoxe, découvrant ainsi près de cinq cent cinquante kimomètres carré (55000 hectares) de grèves, de vasières et de bancs de sable. Les phénomènes de sédimentation et de géomorphologie marines de grande ampleur confèrent à la baie un intérêt majeur.
Cette Znieff de type II englobe près d'une vingtaine de Znieff de type I. Une grande partie de son périmètre est désignée en SIC au titre du dispositif Natura 2000 (FR2500077, désignation en ZSC en cours d'instruction), et sa totalité en Zone de Protection Spéciale (FR2510048) au titre de la Directive européenne Oiseaux.
FLORE
La variété et l'étendue des habitats naturels sont à l'origine de la présence d'espèces végétales remarquables dont beaucoup sont protégées au niveau national (**) ou régional (*).
Les prés salés sont très riches et présentent toutes les successions typiques des communautés atlantiques de plantes adaptées aux milieux salés, allant des zones peu végétalisées des vasières inondées à chaque marée (slikke), jusqu'au sommet de l'herbu (haut-schorre) à plus faible influence saline. Ils renferment notamment l'Obione pédonculée (Halimione pedunculata**), qui constitue l'une des espèces les plus intéressantes et les plus rares de la flore des prairies salées européennes, l'Orge maritime (Hordeum marinum*), l'Erythrée du littoral (Centaurium littorale*), l'Atropis fasciculé (Puccinellia fasciculata)...
L'habitat le plus important est représenté par les bancs de maërl dans le domaine subtidal (19319 ha).
Au niveau des marais périphériques dominés par les prairies humides, mentionnons parmi les espèces les plus rares, le Vulpin roux (Alopecurus aequalis), le Vulpin bulbeux (Alopecurus bulbosus*) et la Laîche luisante (Carex liparocarpos*). Ces prairies sont entrecoupées de canaux abritant la Ruppie maritime (Ruppia maritima*) et la Renoncule à petites fleurs (Ranunculus parviflorus).
Le cordon dunaire qui s'étend de Genêts au pied des falaises de St-Jean-le-Thomas regroupe des formations très diversifiées, depuis les dunes embryonnaires jusqu'aux dunes fixées avec, entre autres, l'Elyme des sables (Leymus arenarius**) et la Centaurée rude (Centaurea aspera).
Signalons également la présence sur les falaises de la Doradille marine (Asplenium marinum*), du Chou sauvage (Brassica oleracea*), de la Rue odorante (Ruta graveolens*), de la Romulée à petites fleurs (Romulea columnae*), de la Garance voyageuse (Rubia peregrina*) et de la Véronique en épi (Veronica spicata*).
Présence de deux espèces de la liste rouge des espèces rares et menacées du Massif Armoricain : la Chlore perfoliée (Blackstonia perfoliata) et l'Orchis bouc (Himantoglossum hircinum).
Les bryophytes comptent quelques raretés dont Schistidium maritimum et Trichostomum brachydontium.
Enfin, l'estran renferme une grande variété d'algues. Parmi les plus rares, citons l'Alarie verte (Alaria esculenta), la Dictyopteris membraneuse (Dictyopteris membranacea), la Padine queue de paon (Padina pavonia), la Taonie zonée (Taonia atomaria) et le Codium en bourse (Codium bursa).
Le site présente également la Crételle hérissée (Cynosurus echinatus*), le Polypogon de Montpellier (Polypogon monspeliensis*), la Centaurée chausse-trape (Centaurea calcitrapa), le Chou marin (Crambe maritima**), l'Inule faux-crithme (Inula crithmoides*), le Peigne de vénus (Scandix pecten-veneris), la Germandrée botryde (Teucrium botrys), le Trèfle à feuilles étroites (Trifolium angustifolium), la Renouée de ray (Polygonum oxyspermum subsp. raii**), et une espèce ayant ici son unique station de la Manche, le Tordyle majeur (Tordylium maximum).
FAUNE
La variété des habitats induit également une richesse et une diversité faunistiques qui s'expriment à travers la présence d'espèces d'intérêt patrimonial.
Des schorres aux falaises couvertes de landes, en passant par les dunes et les prairies humides, les insectes sont très nombreux et comptent quelques espèces qu'il convient de mentionner.
Les Orthoptères sont nombreux à animer de leurs stridulations les habitats du pourtour de la baie. Citons, parmi les plus rares, le Criquet de Barbarie (Calliptamus barbarus), le Criquet des ajoncs (Chorthippus binotatus), l'Ephippigère des vignes (Ephippiger ephippiger), le Criquet des mouillères (Euchorthippus declivus), la Dectique des brandes (Gampsocleis glabra), le Grillon d'Italie (Oecanthus pellucens), la Decticelle carroyée (Platycleis tessellata)...
Quatre espèces rares de cicindèles (Coléoptères) liées aux plages de sable ont été recensées en baie du Mont : Cicindela maritima, Cicindela germanica, Cicindela lunulata ssp. littoralis et Cicindela trisignata ssp. neustria.
Les papillons ont fait l'objet d'inventaires en plusieurs lieux et ont permis de recenser un grand nombre d'espèces dont certaines très rares comme Lampides boeticus, Operophtera fagata, Dysgonia algira...
L'estran est ici d'une grande richesse faunistique. Il accueille plusieurs récifs d'Hermelles (Sabellaria alveolata), dont l'un d'entre eux figure parmi les plus étendus d'Europe.
Les mollusques bivalves rencontrés dans ce milieu sont presque exclusivement des coques : (Cerastoderma edule et C. glaucum). Leurs densités sont parmi les plus fortes de celles observées dans les baies et estuaires des côtes ouest-européennes.
Le peuplement piscicole apparaît aussi d'une grande diversité puisqu'on estime à plus de quatre vingt le nombre d'espèces pêchées à ce jour sur cet estran. Mais son rôle halieutique essentiel est celui d'une vaste nurserie de poissons, notamment pour la Sole (Solea vulgaris) et la Plie (Pleuronectes platessa), ainsi qu'une frayère pour les Seiches (Sepia officinalis).
Les marais périphériques renferment de nombreuses espèces d'amphibiens, dont le très rare Crapaud calamite (Bufo calamita) et le non moins rare Pélodyte ponctué (Pelodytes punctatus), ainsi que la Rainette verte (Hyla arborea).
Le Lézard des murailles (Podarcis muralis) et le Lézard vert (Lacerta viridis) ont été observés dans les falaises.
Située le long de la voie de migration atlantique, la baie du Mont Saint-Michel est un site fréquenté tout au long de l'année par l'avifaune aquatique. La fréquentation est toutefois maximale en hiver avec des effectifs de 200 à 250 000 individus essentiellement composés par trois groupes d'oiseaux suivants : laridés, limicoles et anatidés.
Les laridés sont numériquement les mieux représentés pendant l'hiver, l'espèce ayant les plus forts effectifs étant la Mouette rieuse (Larus ridibundus), avec régulièrement plus de 100 000 individus.
Pour les limicoles, la baie du Mont Saint-Michel est une zone d'importance internationale pour l'hivernage de nombreuses espèces : l'Huîtrier-pie (Haematopus ostralegus) -en même temps que le premier site national pour cette espèce-, le Bécasseau variable (Calidris alpina), le Pluvier argenté (Pluvialis squatarola), la Barge à queue noire (Limosa limosa), la Barge rousse (Limosa lapponica), le Bécasseau maubèche (Calidris canutus). C'est aussi une zone d'importance nationale pour l'hivernage du Courlis cendré (Numenius arquata), du grand Gravelot (Charadrius hiaticula) et du Bécasseau sanderling (Calidris alba).
La baie du Mont Saint-Michel figure aussi parmi les premiers sites français pour l'hivernage des anatidés, et apparaît en même temps comme l'une des principales zones de refuge climatique en cas de vague de froid. Elle est d'importance internationale pour la Bernache cravant à ventre sombre (Branta bernicla), le Tadorne de Belon (Tadorna tadorna), la Macreuse noire (Melanitta nigra), la baie constituant le premier site français de mue pour cet oiseau. Notons également la présence en été du Puffin des Baléares (Puffinus puffinus mauretanicus) qui vient muer dans la baie. Toujours pour les anatidés, la baie est aussi d'importance nationale pour le Canard siffleur (Anas penelope) et le Canard colvert (Anas platyrhynchos). Le Canard souchet (Anas clypeata) et le Canard pilet (Anas acuta), hivernants réguliers en faible nombre, sont principalement observés en période de migration prénuptiale, atteignant alors régulièrement des effectifs dépassant le seuil de la valeur internationale.
Soulignons également la présence en hiver du grand Cormoran (Phalacrocorax carbo), de l'Avocette (Recurvirostra avosetta), du Chevalier combattant (Philomachus pugnax), de l'Aigrette garzette (Egretta garzetta), pour laquelle les cuvettes d'eau saumâtre constituent le lieu de pêche favori, du Hibou des marais (Asio flammeus), du Faucon pèlerin (Falco peregrinus) avec 3 à 4 individus, du Faucon émerillon (Falco columbarius) qui chasse sur les herbus et dans les terres proches du littoral, du Martin-pêcheur (Alcedo atthis)...
La Roche-Torin, au point estuarien de confluence de la Sée et de la Sélune, revêt un intérêt remarquable au regard de l'hivernage régulier de passereaux originaires du Grand Nord, dont le Bruant des neiges (Plectrophenax nivalis) et le Bruant lapon (Calcarius lapponicus). L'exceptionnelle nidification de la Gorge-bleue à miroir (Luscinia svecica) est constatée depuis 1997 dans la roselière de Genêts.
La Bernache nonnette (Branta leucopsis), les Cygnes sauvage (Cygnus olor) et de Bewick (C. Bewickii), ainsi que la grande Aigrette (Casmerodius albus) constituent des espèces hivernantes occasionnelles.
Notons par ailleurs le recensement du passage de l'Echasse blanche, de l'Avocette, du Chevalier combattant, de la Guifette noire, du Courlis corlieu, de la Mouette mélanocéphale, des Sternes naine, pierregarin, caugek et arctique, et plus occasionnellement de la Sterne hansel. Parmi les rapaces, citons le Balbuzard pêcheur (Pandion haliaetus) et le Busard cendré (Circus pygargus).
La découverte dans les dunes de Dragey de la Musaraigne aquatique (Neomys fodiens), espèce protégée au niveau national, constitue une donnée mammalogique intéressante.
Mentionnons enfin la présence tout au long de l'année d'une population de plusieurs dizaines de Phoques veau-marin (Phoca vitulina), avec reproduction observée (une quinzaine de naissances en 2013), ainsi que la présence de phoques gris (Halichoerus grypus), en dehors de leur période de reproduction, en repos estival.
Vaste écocomplexe dont les différentes unités écologiques (estran sableux, platier rocheux, prés salés, dunes, falaises, prairies humides...) fonctionnent en étroite relation et renferment nombre d'espèces animales et végétales rares et/ou protégées.